Une enquête « cas témoins » de l’Institut Pasteur, menée entre le 23 mai et le 13 août, recense les principaux lieux et circonstances de contamination par le variant Delta.
Les moyens de transport ont été associés à un sur-risque de contamination, de + 30 % notamment pour les trains. PHILIPPE LOPEZ / AFPLes soirées entre amis et les bars chez les moins de 40 ans ; la présence d’un enfant au domicile pour les plus de 40 ans ; mais aussi l’avion, le train, la voiture partagée avec des proches et le métro : tels sont les principaux lieux et circonstances de contamination par le variant Delta du #SARS-CoV-2 identifiés en France, entre le 23 mai et le 13 août. Des constats qui ne sont pas tous transposables à la situation hivernale, en particulier pour les restaurants, qui, durant cette période, étaient surtout fréquentés en extérieur.
Pour reconstituer les scènes de ce « crime infectieux », les enquêteurs ont utilisé un protocole rôdé : celui de l’étude ComCor, menée par l’Institut Pasteur avec la Caisse nationale de l’assurance-maladie (CNAM), Santé publique France et l’institut Ipsos. Le 26 novembre, le quatrième volet de cette étude est publié dans la revue The Lancet Regional Health Europe.
Il s’agit d’une étude « cas témoins » conduite à l’échelle nationale. Entre le 23 mai et le 13 août, donc, les auteurs ont comparé 12 634 adultes infectés par le SARS-CoV-2 (« cas ») à 5 560 adultes non infectés (« témoins »), recrutés au sein d’un panel représentatif national. « Cas » et « témoins » étaient comparés durant les mêmes semaines d’exposition, les auteurs veillant à ce que l’âge et le sexe soient équivalents dans chaque duo comparé, tout comme la région et la densité de population du lieu d’habitation.
Les participants devaient remplir un questionnaire en ligne. Ensuite, une analyse statistique sophistiquée (dite de « régression logistique multivariée ») déterminait dans quelle mesure l’infection aiguë au SARS-CoV-2 était associée à des activités récentes les exposant au coronavirus, à des antécédents d’infection ainsi qu’au statut vaccinal.
« La période étudiée correspond à celle de la réouverture progressive des lieux publics, ainsi qu’à l’apparition du variant Delta sur le territoire métropolitain », explique l’Institut Pasteur. Parmi les 12 634 personnes testées positives, 8 644 (68 %), de fait, ont été diagnostiquées infectées par ce variant.
L’Euro de football a joué un rôle clé
Cette étude a d’abord permis d’identifier un des ressorts de la dynamique éclair de l’épidémie actuelle. Parmi les participants, 651 ont eu un contact unique avec le sujet qui les a infectés avec le variant Delta. L’analyse de ces personnes révèle que la durée d’incubation de ce variant est de 4,3 jours seulement : plus courte, donc, que les cinq jours d’incubation des variants précédents, mesurés chez les 8 442 individus ayant eu un contact unique avec la personne qui les a infectées.
« Avec une durée d’incubation plus courte, la chaîne de transmission du virus est plus rapide. Il faut donc réagir plus vite pour la casser. Quand il faut contacter les cas contacts et les isoler, on est pris de court », explique Mircea Sofonea, épidémiologiste à l’université de Montpellier, qui n’a pas participé à cette enquête. Une étude chinoise allait déjà dans ce sens, ajoute-t-il, mais « c’est bien de disposer de cette donnée pour la France. »
Autre apport de cette enquête : elle a permis d’évaluer la protection conférée par une infection antérieure. Quand une personne a été infectée depuis moins de six mois, son risque de réinfection diminue de 95 % ; si elle a été infectée depuis plus de six mois, elle n’est plus protégée qu’à 74 %.
Les lieux de transmission, maintenant. Chez les moins de 40 ans, la fréquentation des bars en intérieur et les soirées privées ont respectivement multiplié le risque de contamination par 1,9 et 3,4, entre le 9 juin et le 9 juillet. Il était plus élevé pour les hommes que pour les femmes. Cette période correspond à l’Euro de football, « ce qui laisse supposer que les réunions de supporteurs à l’occasion des matchs ont pu jouer un rôle dans la propagation du virus », note l’Institut Pasteur. Anecdotique ? Pas vraiment, quand on sait que cet événement sportif a joué un rôle clé au Royaume-Uni dans le démarrage de la vague liée au variant Delta. Après leur réouverture, le 9 juillet, les discothèques ont aussi été des lieux de transmission. [ça alors !]
Aucun sur-risque mesuré dans les lieux culturels
Sans surprise [et bien que Le Monde ne l’ai jamais évoqué] , de nombreux moyens de transport ont été associés à un sur-risque : le métro (+ 20 %), le train (+ 30 %), le taxi (+ 50 %), la voiture partagée avec des proches et des amis (+ 30 %, mais pas le covoiturage réservé sur plateformes), ainsi que l’avion (+ 70 %). Pour autant, « c’est la première fois qu’un tel risque est mis en évidence » en France, note Arnaud Fontanet, membre du conseil scientifique et responsable du laboratoire d’épidémiologie des maladies émergentes de l’Institut Pasteur, qui a coordonné cette étude ComCor.
En revanche, aucun sur-risque n’a été mesuré dans les lieux culturels, les commerces, sauf ceux de proximité pour lesquels une augmentation de 30 % est observée. Pas sûr cependant que cette absence de risque soit transposable à la situation actuelle, la fréquentation des musées ou des cinémas, par exemple, ayant passablement réaugmenté depuis cet été, même si elle n’atteint pas les niveaux de fréquentation pré-pandémique.
Pas de risque accru non plus pour les restaurants, durant cette période estivale, mais beaucoup opéraient en terrasse. Pas plus que dans les lieux de culte ni lors d’activités sportives, sauf celles en intérieur (+ 20 %). Les rassemblements familiaux de l’été n’ont pas favorisé les infections, sauf les mariages et les enterrements, qui ont accru de 70 % la probabilité d’être contaminé.
« En pleine reprise épidémique, avec des chiffres qui partent en vrille, alors qu’on sait que l’essentiel de la transmission se fait par les aérosols en milieu clos, il faut insister sur l’importance du port du masque et de l’aération, tout en évitant les rassemblements inutiles. Cela, même quand on est vacciné », martèle Arnaud Fontanet.
Les écoles au centre de toutes les attentions
Quid du rôle des enfants ? Aucun sur-risque n’a été identifié durant cette période pour les moins de 40 ans. Etait-ce parce que les plus jeunes avaient été confiés, en ces mois d’été, à leurs grands-parents ? L’étude n’offre pas de réponse. Mais pour les plus de 40 ans, la présence d’un ou de plusieurs enfants dans l’entourage a été associée à un sur-risque d’infection qui est de + 20 % pour les lycéens, de + 30 % pour les collégiens, de + 40 % pour les enfants en école élémentaire, de + 60 % pour les enfants en maternelle et de + 90 % pour les enfants en crèche.
« Cette étude confirme que les enfants ne sont pas une impasse pour la circulation du virus », souligne Mircea Sofonea. « Cela fait des mois que les scientifiques espèrent disposer de ce type d’étude sur les circonstances de contamination en vie réelle, en France, avec des données réactualisées face à l’émergence du variant Delta », ajoute l’épidémiologiste. Même si l’étude comporte des limites méthodologiques, inhérentes à toute enquête déclarative et à toute étude « cas témoins », elle livre des données « importantes pour la surveillance de l’épidémie, pour sa modélisation et pour l’aide à la décision en santé publique », précise Mircea Sofonea.
Le cas des écoles est au centre de toutes les attentions. Avec l’hiver qui vient, le risque de transmission à l’école – et la menace des jours d’école manqués qu’il fait peser – concentre les inquiétudes. « En Australie et au Royaume-Uni, 5 % des enfants de 6 à 11 ans étaient contaminés en octobre. Soit un enfant sur vingt : si l’on transpose cette situation à la France, cela signifie que toutes les classes devraient en permanence être fermées, selon le protocole jusqu’ici en vigueur », conclut Arnaud Fontanet.
