• EU could ban travellers from Britain to contain Covid variants | World news | The Guardian
    https://www.theguardian.com/world/2021/jan/21/eu-could-ban-travellers-from-britain-to-contain-covid-variants
    https://i.guim.co.uk/img/media/cbfda604e5f022b981a0bec7d42e3f41b7f23970/0_148_4425_2655/master/4425.jpg?width=1200&height=630&quality=85&auto=format&fit=crop&overlay-ali

    The European Union could ban travellers from Britain and restrict movement at the bloc’s own internal borders under proposals to be debated by leaders at a videoconference summit.The need to clamp down on the spread of the new variants of coronavirus will dominate discussions between the 27 heads of state and government on Thursday evening. The prevalence of the variants in any area, whether the country is in the EU or outside the bloc, would be sufficient to ban travel under one proposal paper drafted by the German government.For those outside the EU, such as the UK, the prohibition on movement would be countrywide, according to Berlin. “Where member states consider this necessary to protect public health, they are free to impose further-reaching temporary bans on entry and on transporting passengers entering from third countries with virus variant areas,” German officials write.On Thursday, Angela Merkel’s chief of staff, Helge Braun, told ARD television that the EU’s own internal borders would also need to be closed if the new, more transmissible, variants could not be brought under control.

    #Covid-19#migrant#migration#ue#grandebretagne#variant#propagation#sante#santepublique#frontiere#circulation

  • Covid-19 dans le monde : le variant britannique présent dans au moins 60 pays et territoires ; de premiers cas découverts à Pékin
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/01/20/covid-19-dans-le-monde-le-variant-anglais-du-sars-cov2-s-etend-a-au-moins-60

    Le variant britannique du virus qui donne le Covid-19 continue de se répandre à travers le monde. Il était présent la semaine dernière dans 60 pays et territoires, soit 10 de plus qu’au 12 janvier, a rapporté l’Organisation mondiale de la santé (OMS) mercredi. Le variant sud-africain qui, comme le britannique, est beaucoup plus contagieux que ne l’était le virus SARS-CoV-2 originellement, se diffuse, lui, plus lentement et est présent dans 23 pays et territoires, soit trois fois de plus qu’au 12 janvier, précise l’OMS.
    L’OMS a aussi expliqué suivre la diffusion de deux autres variants apparus au Brésil : le P1, apparu dans l’Etat de l’Amazonas et détecté aussi au Japon sur 4 personnes venues du Brésil et un autre variant. « Il y a actuellement peu d’informations disponibles pour évaluer si la transmissibilité ou la sévérité sont modifiées par ces nouveaux variants », note l’agence onusienne, mais elle souligne que leurs caractéristiques génétiques similaires aux variants britannique et sud-africain rendent nécessaires des études plus poussées. Mercredi, Pékin a annoncé le confinement strict de cinq quartiers de la banlieue sud de la capitale chinoise, après la découverte du variant anglais parmi une poignée de cas de contamination. Ces cas sont les premiers signalés dans la capitale, qui compte 21 millions d’habitants. La Chine avait déjà fait état de ce variant anglais à la fin de décembre chez une étudiante arrivée à Shanghaï (est) en provenance du Royaume-Uni.

    #Covid-19#migrant#migration#sante#variant#circulation#transmission

  • Can I be re-infected with the new #variant if I’ve had #COVID-19? | NICD
    https://www.nicd.ac.za/can-i-be-re-infected-with-the-new-variant-if-ive-had-covid-19

    The blood samples from half the people we tested showed that all neutralizing activity was lost. This suggests that they may no longer be protected from re-infection. In the other half, the levels of antibodies were reduced and so the risk of re-infection is not known.

    #afrique_du_sud #réinfection #anticorps #immunité

  • What we know about #covid-19 reinfection so far | The BMJ
    https://www.bmj.com/content/372/bmj.n99

    #Reinfection or #reactivation?
    [...]

    Research conducted at the Nuffield Department of Medicine at the University of Oxford purports that many of the cases of reinfection may actually be reactivation.5 Mossong points out that coronaviruses give long infections and their large genomic structures could cause them to remain in the body at low enough levels to remain undetected but ready to strike once more. “They could last longer in different parts of the body than respiratory areas,” Mossong told The BMJ, pointing to persistent loss of smell and taste as possible evidence that the virus remains within the body, replicating at a low level, for a long time.

    What do the new #variants mean for reinfection?

    SARS-CoV-2 variant B.117, first identified in the UK, has been shown to be more transmissible than previous variants, sparking a fresh wave of restrictions in the UK. But whether those who have already recovered from the virus are at risk is another unknown.

    “I don’t know how likely that is to increase the chance of reinfections,” Hunter told The BMJ. He assumes that reinfections will be more likely with the new strain because of an absolute increase in the number of infections in general but hopes they will be less likely and less virulent than first infections.

    Yet the emergence of a new SARS-CoV-2 variant, P.1, may throw that into question. A pre-print paper tracking the likelihood of being infected with the new variant, which emerged in #Manaus, Brazil, in late 2020, indicates that it “eludes the human immune response” triggered by previous variants. Reinfection is therefore likely.

    “The question is how much genetic drift or change can happen in the virus, such that your immune system doesn’t recognise it anymore and doesn’t mount a protective immune response,” says Tuite, who spoke before the P.1 variant surfaced. Vaccine manufacturers have made assurances that their vaccines will stand up to the new B.117 variant, which according to Tuite suggests it hasn’t changed enough to make people more prone to reinfection because of the virus itself. (Vaccine reactions can be different to natural immune responses, although it’s too early to say what the differences are in the case of covid-19. Vaccine triggered immune responses are more consistent and could even be more powerful than those triggered naturally according to some studies.6)

    #vaccins #vaccination

  • La vérité est dans les égouts !


    « On ouvre les bouches d’égout, on prend l’eau et ensuite, on la teste ! » Le procédé décrit par Alexandre Lacoste est d’une simplicité presque enfantine. Ingénieur, il dirige le Comete (Covid Marseille environnemental testing expertise) du bataillon des marins-pompiers (BMP). Depuis plus de six mois, ces militaires récupèrent, via les services d’assainissement de la ville, des échantillons d’eaux usées pour y déceler la présence du coronavirus. Ainsi, grâce à une technique PCR, ils peuvent, en fonction de l’évolution du taux de concentration, anticiper une recrudescence de l’épidémie sur Marseille. Ou encore définir des points chauds dans certains quartiers.

    La semaine dernière, le bataillon présentait au grand public une carte illustrant ses résultats et prévenait les autorités d’une reprise de l’épidémie sur la ville. Des alertes prises très au sérieux. Mais qu’en est-il de l’utilisation concrète de ces données hyper-localisées par les autorités ? Elle serait limitée, concèdent, à regret, ses initiateurs.

    https://twitter.com/MarinsPompiers/status/1347146449511993344

    https://www.mediapart.fr/journal/france/160121/covid-19-les-donnees-des-marins-pompiers-marseillais-restent-bloquees-dans

    • Le ministère de la santé prépare pour sa part un dispositif similaire sur le plan national. Le projet Obépine (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées) vise à constituer un réseau de laboratoires sur le territoire afin de « promouvoir l’analyse des eaux usées pour y détecter d’éventuelles traces de virus SARS-CoV-2 dans le cadre d’un plan de lutte intégrée contre l’épidémie de Covid-19 ». Obépine vient d’obtenir la possibilité de publier en open data ses premiers résultats, et doit bénéficier d’un budget de 3 millions d’euros.

      « Bref, ils essayent de mettre en place un truc que nous faisons déjà », s’agace Alexandre Lacoste. Et cela alors que les données marseillaises ne sont « pas encore intégrées à proprement parler dans les indicateurs nationaux, ni dans nos indicateurs régionaux de suivi de l’épidémie à l’ARS (comme le sont les taux d’incidence et de positivité) », précise l’ARS à Marsactu.

      « L’État veut quelque chose d’unifié, avec le même process dans chaque labo, sinon il ne fait pas, mais il vaudrait mieux stimuler chaque initiative », regrette Alexandre Lacoste. Pour lui, il serait plus logique de demander des efforts en priorité aux populations des zones les plus touchées plutôt que d’imposer les mêmes règles sur tout le territoire. « Il faut une dynamique, nous ne sommes pas des robots à qui l’on peut demander des efforts à longueur de temps. Il faut cibler les gens, adapter des modules par zone. » Bref, partir du terrain pour agir. Une philosophie qui jusqu’à présent peine à être appliquée.

      comme d’hab, bloquage au niveau ARS

      Du côté de l’AP-HM, le sentiment d’urgence est le même. Et le dispositif des marins-pompiers est scruté de près. « C’est l’un des paramètres extrêmement importants, il donne presque une photographie à un instant T. Comme avec les passages aux urgences, on sait que ça monte quand il y a beaucoup de variations », considère le professeur Laurent Papazian, chargé de la coordination des services de réanimation dans la région. Mais ce dernier n’a pas directement accès aux informations des marins-pompiers, qui transitent d’abord par l’ARS.

    • Genome Sequencing of Sewage Detects Regionally Prevalent SARS-CoV-2 Variants | mBio
      https://mbio.asm.org/content/12/1/e02703-20

      COVID-19 : Séquencer les eaux usées pour suivre le virus et ses variantes à la trace | santé log
      https://www.santelog.com/actualites/covid-19-sequencer-les-eaux-usees-pour-suivre-le-virus-et-ses-variantes-la

      Si la technique est éprouvée, il reste néanmoins difficile de distinguer le signal génétique du SRAS-CoV-2 des milliards de bactéries et de virus que les humains excrètent chaque jour. Les chercheurs doivent pouvoir identifier le SRAS CoV-2 au milieu d’un mélange complexe d’autres matériels génomiques. Les chercheurs proposent donc tout un protocole permettant de préparer les échantillons pour le séquençage : au lieu de séquencer directement l’échantillon, ils commencent par amplifier l’ARN du coronavirus qui les intéresse. Ils combinent à cette amplication, une nouvelle approche d’analyse bioinformatique suffisamment sensible pour détecter une seule différence nucléotidique.

      #variant

  • Covid-19 : le défi des nouveaux variants – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/01/18/covid-19-le-defi-des-nouveaux-variants

    Outre le Royaume-Uni (13018 sur 13699 séquences déposées), ces pays qui ont transmis le plus grand nombre de séquences sont, par ordre décroissant, le Danemark, les États-Unis, le Portugal, les Pays-Bas, Israël, l’Irlande, l’Italie, l’Australie, la Norvège, l’Espagne, la Nouvelle-Zélande, la France, la Finlande, Singapour, la Suède, la Slovaquie, l’Allemagne, l’Inde, la Suisse, la Belgique, le Brésil, la Jamaïque, la Grèce, le Luxembourg, Hong Kong, la Corée du Sud, le Pakistan, l’Équateur, le Canada, le Mexique, la Roumanie, le Sri-Lanka, Oman, le Liban. Au Danemark, le variant anglais B.1.1.7 représente actuellement 3,6 % des virus SARS-CoV-2 séquencés.
    Carte des vols internationaux en provenance des principaux aéroports de Londres (Heathrow, Gatwick, Luton, City, Stansted, Southend) au mois d’octobre 2020. L’épaisseur des traits est fonction du nombre des vols en partance depuis Londres. Publiée le 13 janvier sur le site virological.org, une équipe de recherche internationale, dirigée par Áine O’Toole (université d’Edimbourg) et Moritz Kraemer (université d’Oxford) a analysé les liaisons aériennes entre les principaux aéroports londoniens et chaque pays. Il ressort que 16 pays ayant reçu plus de 5 000 voyageurs en provenance de Londres ont rapporté la présence du variant anglais par le séquençage.
    Cartographie mondiale de la transmission du variant anglais VOC 202012/01 (lignage B.1.1.7). Source : OMS

    #Covid-19#migrant#migration#sante#variant#diffusion#volaerien#circulation#mondialisation

  • Covid-19 : la Martinique et Mayotte durcissent les conditions d’entrée sur leur territoire
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/01/17/covid-19-la-martinique-durcit-les-conditions-d-entree-sur-son-territoire_606

    Alors que plus de 100 000 voyageurs s’y étaient rendus pour les fêtes de fin 2020, la Martinique a décidé de durcir, à partir de lundi, les conditions d’entrée sur son territoire. Les voyageurs de toutes provenances devront se soumettre à un isolement de sept jours, en plus d’un test PCR négatif au Covid-19, a annoncé, samedi 16 janvier, le préfet Stanislas Cazelles.
    Désormais « les voyageurs de toutes les provenances notamment de l’Hexagone et de la Guyane » devront, en plus du test PCR négatif obligatoire, « rester au domicile pendant sept jours, réduire les sorties au strict minimum [courses alimentaires, rendez-vous médical], réaliser un test sept jours après l’arrivée sur le territoire », selon un communiqué du préfet.
    Pour le préfet, il s’agi surtout « d’éviter l’introduction du variant anglais par un voyageur qui serait porteur du virus mais qui n’aurait pas été testé positivement au départ ».
    Seuls les voyageurs en provenance de Guadeloupe ou s’y rendant depuis la Martinique n’auront pas à se soumettre à ces nouvelles mesures. En revanche, « les flux aériens avec la Guyane seront restreints » compte tenu de la situation sanitaire sur place.A Mayotte, c’est un cas détecté du variant sud-africain qui a décidé les autorités à suspendre les liaisons maritimes et aériennes internationales pour quinze jours à partir de dimanche. Les déplacements entre Mayotte, la métropole et La Réunion ne sont autorisés que pour « motifs impérieux », a annoncé samedi la préfecture dans un communiqué.

    #Covid-19#migrant#migration#guadeloupe#martinique#reunion#mayotte#france#sante#circulation#test#isolement#variant

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • #Écoles et #Covid : les compromis à faire pour éviter une troisième vague | Slate.fr
    http://www.slate.fr/story/199065/limiter-presence-eleves-enfants-ecoles-classes-urgence-covid-19-variant-anglai

    Un certain nombre d’études parues à ce jour montre que le rôle des #enfants a vraisemblablement été sous-estimé, sinon négligé. Testant de manière plus systématique les enfants ou mesurant leurs #anticorps, elles tendent à mettre en évidence le fait que les enfants sont au moins aussi infectés que les adultes par le SARS-CoV-2. Les enfants présentent également une #charge_virale aussi importante que celle des adultes. Dès lors, il n’y pas de raison qu’ils soient moins contagieux et aucune donnée ne va dans ce sens.

    [...]

    La #mutation du #SARS-CoV-2 en Angleterre et la situation en Irlande ont d’abord conduit à penser que le nouveau #variant était plus transmissible par les enfants que par les adultes. Or, il est tout simplement plus contagieux. L’explication aujourd’hui envisagée est que s’il y a eu, entre septembre et aujourd’hui, une transmission accrue chez les enfants, c’est parce que les modalités de #confinement édictaient de garder les #écoles ouvertes : les plus jeunes ont été parmi les seuls #vecteurs sociaux subsistant dans une société d’adultes massivement confinés et en télétravail.

    #transmission #contagiosité

  • La mutation du coronavirus peut-elle compromettre les #vaccins de Pfizer, Moderna et AstraZeneca ?
    https://www.numerama.com/sciences/678958-la-mutation-du-coronavirus-peut-elle-compromettre-les-vaccins-de-pf

    Du côté de Pfizer, l’entreprise a apporté le même niveau de confiance que ces deux entreprises [Moderna et AstraZeneca], tout en ajoutant être capable de produire au besoin une nouvelle version du #vaccin, adapté à la #variante du #coronavirus, en six semaines. Ce délai n’est pas déraisonnable, car une fois le code génétique d’un virus synthétisé, un vaccin basé sur l’ARN messager est assez simple à concevoir.

  • A Q&A about the new #coronavirus variant with the Fred Hutch scientist who’s been tracking its spread | The Seattle Times
    https://www.seattletimes.com/seattle-news/health/a-qa-about-the-new-coronavirus-variant-with-the-fred-hutch-scientist-w

    Q: You’ve said the new variant might be slightly less susceptible to vaccine-induced immunity, but that it isn’t different enough to completely foil existing vaccines. Why?

    A: The main reason I think that is because there’s a particular mutation in the U.K. variant that removes two different (portions) of the spike protein, and that tucks in a bit of protein that was sticking out and was an antibody target. So it removes that target for antibodies.

    And there was a study from a lab in Cambridge where they took serum from people who had recovered from #COVID and measured it against wild type virus and against viruses that have this deletion. And they saw that the antibodies of the recovered individuals neutralize the mutated virus significantly less than the wild type virus.

    If I had to hazard a guess, I believe we could see a modest reduction, like from 95% vaccine effectiveness to 85% or so, but I don’t think it would really severely inhibit the vaccine.

    [...]

    Q: What does the rapid emergence of this new variant suggest about the future? Are we going to eventually see strains that are resistant to all of vaccines?

    A: It was surprising to me, and I think, to most evolutionary virologists. The evolutionary mechanism definitely appears to be selection for more transmissibility. The virus evolves to more transmissible because that’s what evolution is selecting for.

    Most people haven’t yet been infected and don’t have immunity, but as we have more and more individuals with immunity from natural infection or vaccination, you do have more evolutionary pressure on the virus to evolve in ways that escape from that immunity.

    However, my main expectation here comes from what we know about seasonal coronavirus, which account for 30% of common colds. We can look at their evolution and they seem to infect people every three years or so and evolve at a slightly slower rate than influenza. That suggests to me a kind of flu-like pattern where you might need to update the vaccine every two or three years, and where evolving strains might be able to reinfect people on that sort of time scale as well.

    #mutation #variante #vaccin #immunité #vaccination

    • Tu lis le texte, et en particulier :

      Most people haven’t yet been infected and don’t have immunity, but as we have more and more individuals with immunity from natural infection or vaccination, you do have more evolutionary pressure on the virus to evolve in ways that escape from that immunity .

      ...et tu te demandes comment qualifier les cerveaux qui ont pu décider qu’une immunité collective pouvait être souhaitable ou envisageable...

      A quand un mouvement de la société civile pour réclamer une politique d’éradication du virus dès maintenant, et sans attendre une campagne improbable de vaccination ?

  • Dr Emma Hodcroft sur Twitter :

    “[...] a new graph showing the proportion of different variants in selected countries is also up. Note the sharp in increase of N501 (bright pink) at the end of many graphs: this indicates increased interest in sequencing N501 samples. 7/8” / Twitter
    https://twitter.com/firefoxx66/status/1343859971222593541

    While more sequencing is great, you can see how switching to preferentially sequencing N501 samples will distort our ability to track other variants, both current & emerging.

    Long-term, we need coordinated & regular sequencing of many samples to track #SARSCoV2 #variants! 8/8

  • Coronavirus Variant Is Indeed More Transmissible, New Study Suggests - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/12/23/health/coronavirus-uk-variant.html

    To look at the impact of the current rate of #vaccinations, the researchers made a model in which 200,000 people were vaccinated each week. That pace was too slow to have much effect on the outbreak. “That kind of pace wouldn’t really be able to support much relaxation of any of the control measures,” Dr. Davies said.

    But when they raised the vaccinations to 2 million a week, they saw a reduction in the peak burden on I.C.U.s. Whether the U.K. can ramp up vaccinations by a factor of 10 is unknown.

    En gros, si la #variante se répand bien comme elle a l’air de vouloir le faire, on est grave grave dans la merde.
    #covid

    Rappel → https://seenthis.net/messages/893449

    • Ce soir, on nous a dit que tout était sous contrôle et qu’ils attendaient la semaine prochaine pour décider s’il était nécessaire de faire ce qu’il est prévu de faire ou pas, en fonction des prochains chiffres et tout et tout. En gros ça continue de naviguer à vue, ou ça fait comme si... Histoire de donner le change et de donner l’impression de s’y intéresser... Je veux dire... qu’en fait ils s’en foutent.

    • On est a 2700 réas en cours au lieu de 7000 au printemps dernier. Le Titanic vogue vers les 100 mille maccabés et plus en dix-huit mois, si on sait bien atténuer, et la plupart des rameurs sont encore tranquilles. Pourquoi s’inquiéter ?
      Car oui, ça reste à vérifier, mais les hospitalisations #covid-19 débouchent sur beaucoup moins de morts (-50% ?)
      https://seenthis.net/messages/893619
      Travail, famille, Netflix, y a rien à voir (1 mort sur 1000), circulez !!

      Ce qui est spectaculaire (mais j’a vu que ça...), c’est Véran annonçant que la campagne de vaccination est sérieuse comme en Allemagne qui elle est allée trop vite pire que des latins (oh là là, les problèmes de chaines du froid, les vaccins jetés car pourris, incurie ! nous sommes loin du génie français) et que nous, le pays des lumières, est beaucoup plus pratique (Napoléon, ou Pétain, mais pas Hitler !!) que celui de la philosophie. On est aussi une Mercedes mais PAS dans la précipitation... Forcément. D’ailleurs, à ce rythme, c’est à l’hiver 2021/2022 que la vaccination produira entièrement ses effets.

  • Les maths permettent de toujours bien comprendre cette #pandémie.
    Ici, les maths te disent qu’une #variante + contagieuse de 50%, c’est une bien plus mauvaise nouvelle qu’une variante 50% + mortelle. #covid
    https://twitter.com/AdamJKucharski/status/1343567425107881986

    Why a SARS-CoV-2 variant that’s 50% more transmissible would in general be a much bigger problem than a variant that’s 50% more deadly. A short thread... 1/

    As an example, suppose current R=1.1, infection fatality risk is 0.8%, generation time is 6 days, and 10k people infected (plausible for many European cities recently). So we’d expect 10000 x 1.1^5 x 0.8% = 129 eventual new fatalities after a month of spread... 2/

    What happens if fatality risk increases by 50%? By above, we’d expect 10000 x 1.1^5 x (0.8% x 1.5) = 193 new fatalities. 3/

    Now suppose transmissibility increases by 50%. By above, we’d expect 10000 x (1.1 x 1.5)^5 x 0.8% = 978 eventual new fatalities after a month of spread. 4/

    The above is just an illustrative example, but the key message: an increase in something that grows exponentially (i.e. transmission) can have far more effect than the same proportional increase in something that just scales an outcome (i.e. severity). 5/5

  • #Covid-19 : ce que l’on sait de la nouvelle souche plus contagieuse du coronavirus - AFP
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/20/covid-19-ce-que-l-on-sait-de-la-nouvelle-souche-plus-contagieuse-du-coronavi

    Le Royaume-Uni a informé l’Organisation mondiale de la santé (OMS) de la propagation « jusqu’à 70 % » plus rapide de la nouvelle souche, selon le premier ministre, Boris Johnson.

    (...) Le ministre de la santé britannique, Matt Hancock, a estimé dimanche 20 décembre que cette variante était « hors de contrôle » , justifiant ainsi le #reconfinement de Londres et d’une partie de l’Angleterre, reconfinement qui pourrait selon lui durer jusqu’à la mise en place généralisée de la campagne de vaccination.

    « Nous devions reprendre le contrôle, et la seule manière de le faire est de restreindre les contacts sociaux », a déclaré Matt Hancock sur Sky News. « Ce sera très difficile de garder [cette souche] sous contrôle jusqu’à ce qu’un vaccin soit déployé », a-t-il ajouté. La nouvelle #souche du virus serait apparue mi-septembre, soit à Londres soit dans le Kent (sud-est), selon lui.

    Un virus plus contagieux, mais pas plus de mortalité constatée

    [...]

    L’information « concernant cette nouvelle souche est très préoccupante », renchérit le Pr Peter Openshaw, immunologiste à l’Imperial College de Londres et cité sur le site du Science Media Centre, notamment parce qu’ « elle semble de 40% à 70% plus [fortement] transmissible ». « C’est une très mauvaise nouvelle », ajoute le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, (...). Pour autant, « rien n’indique pour le moment que cette nouvelle souche cause un taux de mortalité plus élevé ni qu’elle affecte les vaccins et les traitements. Toutefois, des travaux urgents sont en cours pour confirmer cela », ajoute Chris Whitty.

    Une souche qui gagne du terrain

    Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, avait estimé samedi 19 décembre que cette nouvelle variante du Sars-CoV-2, en plus de se propager rapidement, devenait aussi la forme « dominante » dans les régions concernées, ayant entraîné « une très forte hausse » des hospitalisations en décembre.
    Cet avis s’appuie sur le constat d’une « augmentation– laquelle semble être causée par la nouvelle souche – très forte des cas de contamination et des hospitalisations à Londres et dans le Sud-Est, par rapport au reste de l’Angleterre ces derniers jours », indique Paul Hunter, professeur de médecine à l’université d’East Anglia, lui aussi cité par le Science Media Centre.

    « Les coronavirus mutent tout le temps »

    Sur sa page Facebook, le généticien français Axel Kahn a rappelé que, à ce jour, « trois cent mille mutants de CoV-2 ont été séquencés dans le monde ». [d’autres, épidémiologistes, disent 4 000 variants séquencés, n’ai pas vérifié, ndc] La nouvelle souche porte notamment une mutation, nommée N501Y, dans la protéine du spicule du coronavirus, (la pointe qui se trouve à sa surface et lui permet de s’attacher aux cellules humaines pour les pénétrer). Selon le Dr Julian Tang, de l’université de Leicester, « cette mutation N501Y circulait déjà sporadiquement bien plus tôt cette année et en dehors du Royaume-Uni : en Australie en juin-juillet, aux Etats-Unis en juillet et au Brésil en avril ».

    (...) « Le plus important est de chercher à savoir si ce variant a des propriétés qui ont un impact sur la santé des humains, les diagnostics et les vaccins » . Comme le relève le Pr Axel Kahn :
    « Plus il y a de virus produits – et donc de personnes infectées –, plus il y a de mutations aléatoires, et plus grande est la fréquence de mutations avantageuses pour le virus. »

    L’association entre un nombre si élevé de mutations fait également dire à certains spécialistes que le virus aurait pu évoluer non seulement en sautant d’un hôte à l’autre, mais aussi au sein des cellules d’un même patient, qui aurait hébergé longtemps le SARS-CoV-2. Quoi qu’il en soit, comme un génome viral ne cesse de se transformer et d’évoluer, vivre avec le virus suppose qu’il faille vivre aussi avec les annonces relatives à ses inquiétantes mutations.

    Bon, beaucoup de « semble-t-il »... Mais si l’AFP publie une info qui met en cause la politique sanitaire française, ce n’est peut-être pas pour rien.

    De ce que j’avais vu, les mutations du virus étaient jusqu’ici infinitésimales, n’invalidaient ni les tests ni les vaccins, n’étaient pas non plus davantage contagieuses ou mortelles. Sauf que même à taux de mortalité constant, sans politique de suppression du virus, une contagiosité fortement accrue c’est davantage de risques de saturation/débordement des systèmes de santé, donc de mortalité (prises en charge au rabais, déprogrammations).

    Pendant ce temps, scènes d’exode à Londres avant le reconfinement, Eurostar et avions partent de GB vers le reste du monde.

    Cet excellent entretien (de juin dernier mais passé inaperçu ici) avec Isabelle Stengers aborde les mutations de virus, la crise des systèmes de santé et bien d’autres questions de façon très éclairante https://seenthis.net/messages/892363

    Edit

    L’Allemagne rejoint la liste des pays - Autriche, Pays-Bas, Belgique, Italie - qui interrompent les voyages depuis le Royaume-Uni. En France, un conseil de défense a lieu en ce moment sur la variante du Covid19
    https://www.lefigaro.fr/societes/inquiets-de-la-nouvelle-variante-du-covid-19-des-pays-coupent-leurs-liaison

    L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a de son côté appelé ses membres en Europe à « renforcer leurs contrôles ». Selon l’OMS, outre « des signes préliminaires que la variante pourrait être plus contagieuse », la variante « pourrait aussi affecter l’efficacité de certaines méthodes de diagnostic », là aussi selon « des informations préliminaires ». Il n’y a en revanche « aucune preuve d’un changement de la gravité de la maladie », même si ce point fait aussi l’objet de recherches.

    Pour autant, les scientifiques n’ont pas encore réussi à prouver en laboratoire que ce dernier est effectivement plus contagieux.
    https://www.lesechos.fr/monde/europe/coronavirus-ce-quon-sait-de-la-nouvelle-souche-apparue-au-royaume-uni-12756

    « Tout peut être expliqué par une expansion spontanée du virus, similaire à celle observée en France, en Allemagne ou en Suède, observe Patrick Berche, membre de l’Académie de médecine et ancien directeur général de l’Institut Pasteur à Lille.

    #mutation #contagiosité #protéine_Spike #spicule

    • Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear
      https://www.sciencemag.org/news/2020/12/mutant-coronavirus-united-kingdom-sets-alarms-its-importance-remains-unc

      #Christian_Drosten, a virologist at Charité University Hospital in Berlin, says that was premature. “There are too many unknowns to say something like that,” he says. For one thing, the rapid spread of B.1.1.7 might be down to chance. Scientists previously worried that a variant that spread rapidly from Spain to the rest of Europe—confusingly called B.1.177—might be more transmissible, but today they think it is not; it just happened to be carried all over Europe by travelers who spent their holidays in Spain. Something similar might be happening with B.1.1.7, says Angela Rasmussen, a virologist at Georgetown University. Drosten notes that the new mutant also carries a deletion in another viral gene, ORF8, that previous studies suggest might reduce the virus’s ability to spread.

      Une incertitude de plus. Bien que l’hypothèse de variants plus dangereux demeure (oui, ça nous pend... au nez), pas de vérification pour l’heure, y compris dans ce cas, comme le disait il y a peu @arno https://seenthis.net/messages/891532

      Par ailleurs, il semble qu’en France on séquence si peu le virus qu’il faille attendre des recherches faites ailleurs toute avancée de la connaissance sur ses mutations (avec dans la presse nawak, entre 4 000 et 300 000 variants identifiés, par les spécialistes les plus éminents). Au pays des Lumières éteintes, ca doit être comme les masques en mars dernier, sans intérêt.

    • Neuf questions sur le nouveau variant du SARS-CoV-2 observé au Royaume-Uni
      https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/12/21/neuf-questions-sur-le-nouveau-variant-du-sars-cov-2-observe-au-royaume-uni_6

      Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.

      Huit de ces 17 mutations impliquent la protéine de spicule présente sur la surface du virus, celle-là même qui donne au virus sa forme de couronne et qui lui permet d’infecter certaines cellules humaines (porteuses du récepteur ACE2).

      Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

      A cela s’ajoutent six mutations supplémentaires qui n’engendrent pas un changement de composition des protéines correspondantes, ce qui aboutit à 23 changements génétiques au total. Ce nombre est inédit par rapport à ce qui avait été observé auparavant : selon une étude publiée dans Annals of Surgery début novembre, le génome du SARS-CoV-2 accumule une à deux mutations par mois, un rythme deux fois moins élevé que celui de la grippe et quatre fois moins élevé que pour le VIH.

      On ne peut cependant pas vraiment parler de nouvelle souche [à l’inverse de l’article du même journal cité plus haut, ndc], car le nombre de mutations reste faible par rapport à la taille du génome du virus (23 sur 29 903 nucléotides), et que le comportement et les caractéristiques du virus n’ont pas changé. Il est pour l’instant plus adapté de parler de « #variant ».

      Quand et où est apparue cette mutation ?

      Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du séquençage des mutations du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommé ce variant le 13 décembre à la suite d’une hausse des cas dans le sud-est de l’Angleterre. Mais les premiers génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus (nommé B.1.1.7) ont été identifiés le 20 septembre dans le Kent et le 21 septembre dans le Grand Londres.

      Un nombre important de mutations ont été observées chez des patients #immunodéprimés, chez qui l’ARN du coronavirus reste détectable environ deux à quatre mois. Cette durée est suffisante pour que la population virale présente une plus grande diversité génétique. Il est donc possible, selon le rapport des chercheurs du COG-UK publié le 19 décembre, que ce lignage soit apparu chez un patient immunodéprimé atteint chroniquement du Covid-19.

      [...]

      « Les modélisations préliminaires montrent une forte association entre la présence de ce nouveau variant dans le Kent, les régions du sud-est de l’Angleterre et l’incidence en hausse de Covid-19 », écrivent les épidémiologistes du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) le 20 décembre. Elle n’est encore qu’une corrélation, non une cause, de l’accélération de l’épidémie dans ces régions.

      Ce qui est notable, en revanche, c’est que ce variant du virus est devenu dominant dans les cas détectés en quelques semaines. A Londres, ce variant était responsable de 28 % des infections début novembre et de 62 % au 9 décembre.

      De plus amples observations, in vitro et in vivo, sont nécessaires pour déterminer si ce nouveau variant a acquis des propriétés qui le rendent plus transmissible. Une des mutations connues, N501Y, est suspectée d’améliorer nettement la stabilité de la liaison chimique entre le virus (précisément le domaine de liaison de sa protéine de spicule) et le récepteur ACE2, la porte d’entrée du virus dans les cellules humaines, selon des travaux publiés dans la revue Cell en août 2020 et confirmés chez la souris un mois plus tard.

      « Les données dont on dispose aujourd’hui sont épidémiologiques, mais des données virologiques sont indispensables pour mieux caractériser ce variant et ses éventuelles conséquences sur les infections et la #vaccination, souligne Vincent Enouf, directeur adjoint du centre de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur. Nos collègues anglais sont en train d’isoler ces nouveaux virus [sur des malades]. Ensuite, ils les mettront au contact d’une collection de sérums provenant de patients infectés à différents moments de l’épidémie, voire de personnes vaccinées. Grâce à une technique dite de microneutralisation, on pourra vérifier pour chacun des types de sérum si les anticorps neutralisent ou pas ce variant anglais. Les résultats devraient être connus d’ici environ une semaine. »

      (...)« Il n’existe aucune preuve que le nouveau virus est plus ou moins dangereux. Malheureusement, nous allons devoir attendre et voir si les hospitalisations et les décès évoluent dans un sens ou un autre pour le savoir », a expliqué Simon Clarke, professeur de microbiologie à l’université de Reading, au Science Media Center britannique.

      (...) « Pour le moment, il n’existe aucune preuve suggérant que ce vaccin ne soit pas efficace contre la nouvelle variante », a déclaré lundi Emer Cooke, la directrice générale de l’Agence européenne des médicaments, en donnant le feu vert au produit développé par Pfizer-BioNTech. Sur Europe 1, le ministre de la santé, Olivier Véran, a expliqué que « les anticorps développés par les deux principaux vaccins qui arrivent, Pfizer-BioNTech et Moderna, ne ciblent pas cette zone mutée du virus ».

      C’est aussi la conclusion de travaux publiés dans la revue Cell en septembre par une équipe chinoise, qui ont montré que cette mutation N501Y n’avait pas eu, chez les souris, d’effet sur la capacité neutralisante ou la quantité des anticorps fabriqués contre le virus.

      Les mutations du gène codant la protéine de spicule concernent 9 nucléotides sur les 3 821 que contient le gène au total. Les vaccins produisent des anticorps dont l’action neutralisante est dirigée contre de nombreuses régions de la protéine de spicule. Même si on ne peut l’exclure, ce risque est jugé très limité.
      « L’idée du vaccin est que la protéine Spike dans son ensemble est montrée à votre système immunitaire et vous apprenez donc à en reconnaître de nombreuses parties différentes », explique Emma Hodcroft, épidémiologiste à l’université de Berne interrogée par l’AFP. Du coup, « même si quelques parties changent, vous avez toujours toutes les autres parties pour reconnaître » le virus, selon elle.

      Ce variant circule-t-il déjà en France ?

      Lundi 21 décembre, aucun cas positif avec ce nouveau variant n’avait été détecté en France et les cas repérés ailleurs en Europe sont limités : selon le rapport de l’ECDC du 20 décembre, 20 cas avaient été identifiés au Pays de Galles au 14 décembre, 9 au Danemark, 3 aux Pays-Bas et un en Australie. Les médias belges ont rapporté quatre cas.

      Il n’est pas étonnant que le variant ait été observé au Royaume-Uni et au Danemark, deux pays où les efforts de #séquençage à partir des prélèvements de tests positifs sont importants et continus.
      « On ne sait pas si on va tenir très longtemps sans identifier ce nouveau variant en France. Il serait utile que les personnes rentrées d’Angleterre récemment se fassent tester et que ce nouveau variant soit recherché », relève le virologue Vincent Enouf, en précisant que les laboratoires qui séquencent les virus du Covid (dont le laboratoire de référence de Pasteur) partagent leurs données sur la base internationale Gisaid, ce qui permet de repérer rapidement l’apparition de nouvelles mutations.

      D’autres chercheurs estiment cependant que le travail de séquençage est relativement dispersé entre plusieurs acteurs (IHU de Marseille, CNR Pasteur, services de virologie des CHU, etc.), qui ne se partagent pas les séquences obtenues et ne mettent pas en commun leurs efforts pour identifier les lieux et moments où apparaissent les variants en circulation. Une désorganisation qui « conduit à diminuer très fortement l’impact de ce travail », selon une note rédigée par plusieurs chercheurs du collectif FranceTest à l’intention du ministre de la santé, Olivier Véran, à sa demande et transmise lundi 21 décembre à Emmanuel Macron. Ces chercheurs appellent à la création d’un consortium national appelé Senticov, « qui aurait la tâche de mettre en place le séquençage permanent des génomes viraux ».

      Les tests PCR peuvent-ils le détecter ?

      Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Dans leur rapport, les experts de l’ECDC recommandent de ne plus se fier uniquement aux RT-PCR ciblant le gène de la protéine S « pour la détection primaire de l’infection au SARS-CoV-2 », car « les mutations sont plus susceptibles de se produire dans ce gène ». Mais d’autres tests PCR peuvent détecter le virus en ciblant d’autres régions dans le génome, qui sont insensibles au variant. Le gouvernement britannique a indiqué que les « tests pouvaient être adaptés rapidement pour répondre à ce nouveau variant ».

      Edit Après les avertissements d’arno, un rappel par @kassem, citant Antoine FLAHAULT
      https://seenthis.net/messages/892557

      Durant les épidémies de virus émergents un peu longues, les mutations du virus sont souvent sur-interprétées pour expliquer l’évolution de la situation épidémiologique.

    • Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Plusieurs connaissances ont eu depuis octobre des symptômes correspondants aux nombreux symptômes potentiels du virus, mais avec des retours de tests négatifs.

    • Le Doc, @Le___Doc
      https://twitter.com/Le___Doc/status/1344422158844497922

      50% d’augmentation des cas en une semaine en Angleterre , +15% d’hospitalisations. 1000 décès en 24h.
      Ce que l’on sait, c’est que le variant B117 prédomine désormais, à 80%. Pour le reste...

      une #variante + contagieuse de 50%, c’est une bien plus mauvaise nouvelle qu’une variante 50% + mortelle
      https://seenthis.net/messages/893449