• Exclusive : Two variants have merged into heavily mutated coronavirus | New Scientist
    https://www.newscientist.com/article/2268014-exclusive-two-variants-have-merged-into-heavily-mutated-corona

    #SARS-Cov-2 : deux #variants dangereux se sont combinés en un nouveau virus
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-sars-cov-2-deux-variants-dangereux-sont-combines-nouvea

    Il s’agit pour l’heure d’un cas unique détecté parmi des milliers de séquences. De plus, la découverte n’a encore fait l’objet d’aucune publication, il faut donc rester méfiant sur cette affirmation, d’autant plus que les méthodes de détection des #recombinaisons ne sont pas toujours fiables. Mais, pour Sergei Pond, professeur de biologie à l’université de Temple de Pennsylvania, « la question n’est pas de savoir si le virus va subir une recombinaison, mais quand ». Après la vague de variants, bientôt la vague des #hybrides ?

  • #COVID19 : mutations, #variants, lignées, N501Y, E484K… de quoi parle-t-on ?
    https://www.vidal.fr/actualites/26672-covid-19-mutations-variants-lignees-n501y-e484k-de-quoi-parle-t-on.html

    Il semble évident que l’émergence de B.1.351 et P.1 (mais pas celle de B.1.1.7, du moins quand elle ne porte pas la mutation E484K) fait peser une menace sur les campagnes de #vaccination actuellement en cours. Les données sur les #vaccins Johnson & Johnson et Novavax, et surtout celles relatives au vaccin AstraZeneca, ne semblent pas rassurantes. Néanmoins, d’autres facteurs sont à considérer pour relativiser cette menace : en particulier, il n’existe aucune évidence à ce jour indiquant une perte d’efficacité de ces vaccins en termes de protection contre les formes sévères (et les hospitalisations). Les anticorps contre la protéine S ne sont pas l’unique forme d’#immunité engendrée par la vaccination : l’#immunité_cellulaire pourrait continuer à être active contre B.1.351 et P.1 (et protéger des hospitalisations).

    Les laboratoires producteurs de vaccins (par exemple Novavax, Pfizer ou Moderna) ont annoncé être déjà en cours de production de vaccins modifiés à partir de protéines S des lignées B.1.351 et P.1. Le scénario de rappels périodiques avec des vaccins adaptés aux lignées prédominantes du moment semble prendre corps.

  • COVID research updates: Viral #variant is less susceptible to a COVID vaccine’s effects
    https://www.nature.com/articles/d41586-020-00502-w

    The team pitted the B.1.351-like virus against blood serum from people who had received two doses of the vaccine made by Pfizer and BioNTech in Mainz, Germany. Antibodies elicited by the vaccine neutralized the virus only one-third as effectively as they did a strain lacking those mutations.

    The researchers traced most of the virus’s evasive ability to a trio of mutations in the portion of the spike protein that #SARS-CoV-2 uses to adhere to host cells. However, it is not clear whether these changes make the vaccine less effective at preventing #COVID-19.

    Source:
    Neutralizing Activity of BNT162b2-Elicited Serum — Preliminary Report | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2102017

    #vaccins #variants

  • How ‘killer’ T cells could boost COVID immunity in face of new variants
    https://www.nature.com/articles/d41586-021-00367-7

    T cells could also be more resistant than antibodies to threats posed by emerging #variants. Studies by Sette and his colleagues have shown that people who have been infected with #SARS-CoV-2 typically generate T cells that target at least 15–20 different fragments of coronavirus proteins1. But which protein snippets are used as targets can vary widely from person to person, meaning that a population will generate a large variety of T cells that could snare a virus. “That makes it very hard for the virus to mutate to escape cell recognition,” says Sette, “unlike the situation for antibodies.”

    So when laboratory tests showed that the 501Y.V2 variant identified in South Africa (also called B.1.351) is partially resistant to antibodies raised against previous coronavirus variants, researchers wondered whether T cells could be less vulnerable to its mutations.

    Early results suggest that this might be the case. In a preprint published on 9 February, researchers found that most T-cell responses to coronavirus vaccination or previous infection do not target regions that were mutated in two recently discovered variants, including 501Y.V22. Sette says that his group also has preliminary evidence that the vast majority of T-cell responses are unlikely to be affected by the mutations.

    [...]

    Some coronavirus vaccine developers are already looking at ways to develop next-generation vaccines that stimulate T cells more effectively. Antibodies detect only proteins outside cells, and many coronavirus vaccines target a protein called spike that decorates the surface of the virus. But the spike protein is “quite variable”, suggesting that it might be prone to mutating, says Karlsson, and raising the risk that emerging variants will be able to evade antibody detection.

    T cells, by contrast, can target viral proteins expressed inside infected cells, and some of those proteins are very stable, she says. This raises the possibility of designing vaccines against proteins that mutate less frequently than spike, and incorporating targets from multiple proteins into one vaccine.

    #covid-19 #immunité_cellulaire #vaccins

  • #Covid-19 : un recul mondial en trompe-l’œil ?
    https://www.france24.com/fr/europe/20210212-covid-19-un-recul-mondial-en-trompe-l-%C5%93il

    Mais ce spécialiste précise que ces données de l’#OMS ne racontent qu’une partie de l’histoire. Elles montrent essentiellement la trajectoire du #Sars-CoV-2 « historique »... sans refléter l’émergence des #variants. « Ce qui transparaît dans les chiffres, c’est l’évolution des cas de contamination à la #souche majoritaire du virus, qui est encore la forme originale du Covid-19 », résume-t-il.

    Pour lui, le monde pourrait être, en réalité, à un moment de bascule : le variant historique arrive en bout de course car les autorités ont réussi à le maîtriser, ce que montrent les chiffres de l’OMS, mais les nouvelles formes du Sars-CoV-2 sont prêtes à prendre le relais.

    Pour avoir une vision plus réaliste de l’évolution de l’épidémie, « il faudrait faire du #séquençage massif du virus dans la population contaminée pour savoir au plus vite quand un nouveau ‘#mutant’ apparaît et s’il est plus contagieux ou dangereux », assure Jean-Stéphane Dhersin. Sans ça, on risque de continuer à se fier aveuglément à des chiffres de l’OMS qui ne peuvent pas prendre en compte ces variants qui, petit à petit, deviennent moins petits.

  • #Covid-19 : quand le SARS-CoV-2 se déleste de petits fragments de son matériel génétique pour échapper aux anticorps – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/02/08/covid-19-quand-le-sars-cov-2-se-deleste-de-petits-fragments-de-son-materiel-

    Avec l’apparition de nouveaux #variants SARS-CoV-2, on sait désormais que ce coronavirus, dont le génome était considéré jusqu’à présent relativement stable, peut muter. Cette variabilité génétique repose sur l’apparition de mutations consistant en la substitution d’un nucléotide par un autre, autrement dit d’une « lettre » par une autre dans l’ARN viral.

    Comme pour tout virus à ARN, des erreurs surviennent de façon aléatoire lors de la réplication du génome du SARS-CoV-2. Celles-ci ont d’autant plus de chance de se produire que le génome des coronavirus est extrêmement long. Celui du SARS-CoV-2 comporte environ 30 000 bases, ce qui en fait le plus long des génomes des virus à ARN connus.

    Les coronavirus possèdent néanmoins un système de relecture et de correction qui procède au retrait des nucléotides erronés, autrement dit à l’excision des « lettres » introduites par erreur dans le génome viral. Sauf que toutes les mutations ne sont pas corrigées. Au total, le SARS-CoV-2 mute moins que d’autres virus à ARN. Le taux de substitution par nucléotide au sein du génome du SARS-CoV-2 est ainsi inférieur à celui observé pour le virus du sida (VIH) ou celui de la grippe (virus influenza), probablement du fait de cette activité enzymatique correctrice.

    [...]

    Il s’avère que l’étude des chercheurs américains mettant en évidence la capacité du SARS-CoV-2 à subir rapidement des délétions lui permettant d’échapper à la réponse immunitaire a précédé la découverte de l’émergence de variants plus transmissibles.

    Ces nouveaux variants sont porteurs de délétions RDR. C’est notamment le cas du variant isolé dans des fermes d’élevage de visons au Danemark (mink cluster 5, porteur de la délétion Δ69-70), ainsi que du variant identifié au Royaume-Uni (lignage B.1.1.7) qui renferme les délétions Δ69-70 et Δ144/145, ou encore du variant B.1.351 identifié en Afrique du Sud porteur de la délétion Δ242-244.

    Des délétions identifiées avant la description des nouveaux variants

    Avant même la description des nouveaux variants, l’étude des chercheurs de l’université de Pittsburgh a donc permis de montrer que des délétions récurrentes dans le domaine NTD de la protéine S désorganisent des motifs (épitopes) sur lesquels se fixent habituellement des anticorps neutralisants.

    #protéine_S #délétions #immunité

  • Arrêtez de l’appeler « le #variant sud-africain » ! - Sciences et Avenir
    https://www.sciencesetavenir.fr/sante/revue-de-presse-afrique-arretez-de-l-appeler-le-variant-sud-africai

    Le professeur Tulio de Oliveira, directeur du Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (Krisp) explique que ce variant aurait pu être découvert n’importe où, dans n’importe quel pays, mais c’est “grâce à [son] excellente surveillance génomique” que l’Afrique du Sud l’a repéré et étudié. Comme le souligne l’éditorial de la revue médicale The Lancet de ce début février : le #SARS-Co-V2 ne connaît pas de #frontières. La revue insiste sur la nécessité d’augmenter cette surveillance génomique qui permet de suivre les mutations du virus pour anticiper la progression de la pandémie. Dans le même édito, on apprend par exemple que trois pays africains, la Gambie, la Guinée équatoriale et le Sierra Leone séquencent beaucoup plus par nombre de cas recensés que la France, l’Italie ou les États-Unis.

  • How to redesign COVID vaccines so they protect against #variants
    https://www.nature.com/articles/d41586-021-00241-6

    How should we decide when to update vaccines?

    [...]

    How will the vaccines be updated?

    [...]

    How will vaccines be trialled and approved?

    [...]

    How will people respond to updated vaccines if they’ve already been immunized?

    [...]

    What are vaccine makers doing?

    [...]

    #vaccins #sars-cov2

  • Difference between a coronavirus variant and strain - Los Angeles Times
    https://www.latimes.com/science/story/2021-02-04/whats-difference-between-variant-strain-coronavirus

    Pas de définitions strictes semble-t-il, mais lesdits « #variants » britannique (parce qu’il est plus contagieux) et sud-africain (parce qu’il échappe partiellement aux précédents anticorps) devraient plutôt être appelés « #souches. »

    [...] a particular coronavirus specimen may contain one or more mutations that another specimen lacks. If there is no detectable functional difference, it is merely a variant.

    However, if those mutations make the specimen more transmissible than its predecessors, or endow it with an added ability to evade a drug or vaccine, or alters it in another meaningful way, then it qualifies as a distinct strain.

    #virus

  • Le variant sud-africain affaiblit un premier vaccin contre le Covid-19, celui de Novavax, Nathaniel Herzberg
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/01/29/covid-19-le-variant-sud-africain-affaiblit-un-premier-vaccin_6068052_3244.ht

    Les études conduites sur le candidat de la firme américaine confirment que le mutant présent dans près de 30 pays peut diminuer l’efficacité vaccinale.

    Cette fois, le doute n’est plus permis : les variants constituent une menace sérieuse pour l’efficacité des vaccins. Les scientifiques avaient accumulé les indices, ils disposent désormais d’une preuve. La firme américaine Novavax a annoncé, jeudi 28 janvier, à l’issue de son essai de phase 3, que la protection offerte par son candidat vaccin chutait de façon importante en présence du mutant B.1.351., apparu en Afrique du Sud.

    Les résultats de la jeune start-up, qui n’avait encore jamais commercialisé un produit pharmaceutique, étaient très attendus. Massivement soutenue par les pouvoirs publics américains, elle avait choisi la technologie des protéines recombinantes, la même que celle utilisée par le groupe Sanofi pour son candidat malheureux. Ce n’est pas du matériel génétique qui était donc injecté aux volontaires pour produire une réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2, comme dans les vaccins à ARN messager, mais directement des portions de la protéine Spike du virus. Une méthode éprouvée pour d’autres pathologies, susceptible de fournir un produit facile à stocker et à transporter.

    L’efficacité annoncée de 90 % par les résultats préliminaires d’un essai de phase 3, réalisé sur 15 000 personnes âgées de 18 à 84 ans, constitue donc un succès majeur pour cette entreprise. L’analyse intérimaire a montré que, sur 62 personnes ayant contracté la maladie au terme de leurs deux injections, 56 avaient reçu un placebo, 6 seulement le NVX-CoV2373 de Novavax. Une nouvelle d’autant plus réjouissante que cette portion de l’essai avait été conduite au Royaume-Uni, et que 50 % des personnes analysées avaient été contaminées par le variant B.1.1.7, repéré dans le Kent, en décembre 2020, et désormais présent dans plus de 60 pays du monde.
    « NVX-CoV2373 est le premier vaccin qui démontre non seulement une efficacité forte contre le Covid-19, mais aussi une efficacité significative contre les variants émergents britannique et sud-africain », a ainsi claironné la firme dans un communiqué.

    Résultats « préoccupants »

    Mais, aux Etats-Unis, où le variant sud-africain a été repéré pour la première fois jeudi, les résultats de Novavax ont été jugés au contraire « préoccupants », selon les termes de Florian Krammer, virologue à l’Icahn School of Medicine de l’hôpital du Mont-Sinaï, à New York. En effet, un second essai, conduit en Afrique du Sud sur un groupe de 4 400 volontaires, a relevé une efficacité de seulement 48 %.
    Le laboratoire indique qu’une partie d’entre eux, atteints par le virus du sida, présentaient un système immunitaire affaibli. Mais, même en les écartant du panel, la protection plafonne à 60 %. « L’efficacité contre B.1.351 apparaît nettement diminuée, mais elle est encore présente », poursuit le docteur Krammer. Il ajoute enfin que ce résultat concerne l’ensemble des cas symptomatiques de Covid, et « il est très probable que l’efficacité contre les formes sévères sera beaucoup plus haute ».

    Ce constat d’un échappement de certains variants à la protection des anticorps confirme les soupçons apparus depuis le début de l’année. Plusieurs études avaient relevé que le variant sud-africain, mais aussi son cousin brésilien, avec qui il partage plusieurs mutations, restait presque insensible aux anticorps contenus dans le sérum de convalescents.

    A Manaus, au Brésil, de nombreux cas de recontamination, relevés dans cette région où le variant flambe, nourrissaient les mêmes craintes. Mais beaucoup espéraient que la réponse immunitaire créée par les vaccins serait plus large et plus intense que celle des anciens malades. Ce n’est pas forcément le cas.

    Les scientifiques attendent maintenant de nouveaux résultats. A commencer par celui du candidat-vaccin de Johnson & Johnson. Le géant américain doit publier, ces jours-ci, la conclusion de son essai de phase 3, conduit dans plusieurs pays, dont le Brésil et l’Afrique du Sud. Pfizer, Moderna et AstraZeneca ont déjà annoncé qu’ils travaillaient sur une version adaptée de leur propre produit. La course entre vaccin et variant a décidément bien lieu.

    #vaccins #variants

  • Thread by florian_krammer on Thread Reader App – Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1353900984209182720.html

    30) Now, what does this all mean? [...]

    [...]

    32)....that high titers are not needed and that a reduction in titer might be OK. However, it further highlights that giving one vaccination only (and follow with the second shot after a long interval) is risky business since it is less likely that those low titers....

    #sars-cov2 #Variants #vaccins #vaccination

  • Prospective mapping of viral mutations that escape antibodies used to treat COVID-19 | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/22/science.abf9302.full

    Of course, our maps still do not answer the most pressing question: will SARS-CoV-2 evolve widespread resistance to these antibodies? But certainly, it is concerning that so many escape mutations impose little cost on RBD folding or receptor affinity, and that some are already present at low levels among circulating viruses. Ultimately, it will be necessary to wait and see what mutations spread as #SARS-CoV-2 circulates in the human population. Our work will help with the “seeing,” by enabling immediate interpretation of the effects of the mutations cataloged by viral genomic surveillance.

    #variants #vaccins

  • COVID research updates: COVID vaccines might lose potency against new viral #variants
    https://www.nature.com/articles/d41586-020-00502-w

    Michel Nussenzweig at the Rockefeller University in New York City and his colleagues analysed blood from 20 volunteers who received two doses of either the vaccine developed by Moderna or that developed by Pfizer–BioNTech (Z. Wang et al. Preprint at bioRxiv https://doi.org/frdn; 2021). Both vaccines carry RNA instructions that prompt human cells to make the spike protein that the virus uses to infect cells. This causes the body to generate immune molecules called antibodies that recognize the spike protein.

    Three to 14 weeks after the second jab, the study participants developed several types of antibody, including some that can block #SARS-CoV-2 from infecting cells. Some of these neutralizing antibodies were as effective against viruses carrying certain mutations in the spike protein as they were against widespread forms of the virus. But some were only one-third as effective at blocking the mutated variants.

    Some of the mutations that the team tested have been seen in coronavirus variants that were first identified in the United Kingdom, Brazil and South Africa; at least one of these variants is more easily transmitted than other forms of the virus now in wide circulation.

    The findings suggest that vaccine-resistant variants might emerge, meaning that #COVID-19 vaccines could need an update. They have not yet been peer reviewed.

    #vaccins #vaccination #réinfection

  • What we know about #covid-19 reinfection so far | The BMJ
    https://www.bmj.com/content/372/bmj.n99

    #Reinfection or #reactivation?
    [...]

    Research conducted at the Nuffield Department of Medicine at the University of Oxford purports that many of the cases of reinfection may actually be reactivation.5 Mossong points out that coronaviruses give long infections and their large genomic structures could cause them to remain in the body at low enough levels to remain undetected but ready to strike once more. “They could last longer in different parts of the body than respiratory areas,” Mossong told The BMJ, pointing to persistent loss of smell and taste as possible evidence that the virus remains within the body, replicating at a low level, for a long time.

    What do the new #variants mean for reinfection?

    SARS-CoV-2 variant B.117, first identified in the UK, has been shown to be more transmissible than previous variants, sparking a fresh wave of restrictions in the UK. But whether those who have already recovered from the virus are at risk is another unknown.

    “I don’t know how likely that is to increase the chance of reinfections,” Hunter told The BMJ. He assumes that reinfections will be more likely with the new strain because of an absolute increase in the number of infections in general but hopes they will be less likely and less virulent than first infections.

    Yet the emergence of a new SARS-CoV-2 variant, P.1, may throw that into question. A pre-print paper tracking the likelihood of being infected with the new variant, which emerged in #Manaus, Brazil, in late 2020, indicates that it “eludes the human immune response” triggered by previous variants. Reinfection is therefore likely.

    “The question is how much genetic drift or change can happen in the virus, such that your immune system doesn’t recognise it anymore and doesn’t mount a protective immune response,” says Tuite, who spoke before the P.1 variant surfaced. Vaccine manufacturers have made assurances that their vaccines will stand up to the new B.117 variant, which according to Tuite suggests it hasn’t changed enough to make people more prone to reinfection because of the virus itself. (Vaccine reactions can be different to natural immune responses, although it’s too early to say what the differences are in the case of covid-19. Vaccine triggered immune responses are more consistent and could even be more powerful than those triggered naturally according to some studies.6)

    #vaccins #vaccination

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • Dr Emma Hodcroft sur Twitter :

    “[...] a new graph showing the proportion of different variants in selected countries is also up. Note the sharp in increase of N501 (bright pink) at the end of many graphs: this indicates increased interest in sequencing N501 samples. 7/8” / Twitter
    https://twitter.com/firefoxx66/status/1343859971222593541

    While more sequencing is great, you can see how switching to preferentially sequencing N501 samples will distort our ability to track other variants, both current & emerging.

    Long-term, we need coordinated & regular sequencing of many samples to track #SARSCoV2 #variants! 8/8

  • #Réinfection par le #sars-cov2 après une infection antérieure ou une vaccination.

    #COVID-19 : des chercheurs disent avoir découvert un premier cas de #réinfection | JDM
    https://www.journaldemontreal.com/2020/08/24/covid-19-des-chercheurs-disent-avoir-decouvert-un-premier-cas-de-

    « Ce n’est pas un motif pour s’alarmer : cela illustre à merveille la façon dont l’#immunité devrait fonctionner », a quant à elle souligné sur Twitter la Dre Akiko Iwasaki, spécialiste de l’immunité à l’université Yale.

    « La seconde infection était asymptomatique. Si l’immunité n’a pas été suffisante pour empêcher la réinfection, elle a protégé cette personne contre la maladie », a-t-elle développé.

    « Puisqu’une réinfection peut se produire, il est improbable que l’immunité collective acquise par les infections naturelles suffise à éliminer le SARS-CoV-2 . La seule manière d’aboutir à une immunité collective est la #vaccination », a-t-elle conclu.

    • Coronavirus. Des cas de réinfection signalés en Belgique et aux Pays-Bas
      https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/coronavirus-des-cas-de-reinfection-signales-en-belgique-et-aux-pays-bas

      Pour confirmer qu’il s’agit d’une véritable recontamination, des tests génétiques sont nécessaires pour déterminer si la première et la seconde infection ont éventuellement été provoquées par des souches différentes du virus. Que des cas de réinfection émergent, cela ne m’inquiète pas, a souligné Marion Koopmans. Nous devons voir si cela arrive souvent, a-t-elle ajouté.

      Aucun commentaire n’a pu être obtenu dans l’immédiat auprès du ministère néerlandais de la Santé.

      « Ce n’est pas une bonne nouvelle »

      En ce qui concerne le patient belge, le virologue Marc Van Ranst a précisé à la télévision publique belge VRT qu’il s’agissait d’une femme ayant été contaminée une première fois en mars, puis une seconde fois en juin.

      Je pense que dans les prochains jours nous verrons d’autres histoires comparables […] Il pourrait s’agir d’exceptions, mais ces cas existent et il n’y en a pas qu’un, a-t-il dit en jugeant que ce n’est pas une bonne nouvelle.

      Marc Van Ranst a expliqué que, dans le cas de la patiente belge, qui présentait des symptômes légers de Covid-19, les anticorps développés après l’infection initiale pourraient être insuffisants pour prévenir une nouvelle contamination par une souche légèrement différente du virus mais pourraient malgré tout contribuer à limiter la sévérité des symptômes.

    • Covid-19 News: Live Updates - The New York Times
      A Nevada lab confirmed the first coronavirus reinfection in the U.S., a case that included severe symptoms.
      https://www.nytimes.com/2020/08/28/world/covid-19-coronavirus.html

      A public health laboratory in Nevada has reported the first confirmed coronavirus reinfection in the United States, and the first in the world known to have brought on severe symptoms.

      The first three confirmed reinfections in the world were reported this week, one in Hong Kong and two in Europe, all mild.

      Reinfection does not surprise researchers, given the millions of cases around the world, but it is not yet clear if such cases — particularly severe ones — are anomalies or will prove common.

      The patient is a 25-year-old man in Reno who apparently experienced a second bout of infection just 48 days after his first, according to health officials in Nevada.

      Experts have said that even low levels of antibodies and T cells in response to infection should last for a few months and provide some protection against the virus, which appears to have been borne out in the other confirmed reinfections.

      The patient in Nevada had a sore throat, cough, nausea and diarrhea starting on March 25. He tested positive on April 18, recovered by April 27, and tested negative twice. He began to feel unwell again on May 28, and three days later sought help for a similar set of symptoms.

      He was hospitalized on June 5 for shortness of breath and needed oxygen; an X-ray showed the “ground-glass opacities” typical of Covid-19.

      Researchers genetically sequenced the viruses from each bout, and found they were too different to be accounted for by an extended first illness. The findings have been submitted for consideration to the Lancet Infectious Diseases journal.

      Mark Pandori, the director of Nevada’s state lab, said it wasn’t clear why the second bout was more severe. “There may be a biological reason for that, but we can’t sure at this time,” he said.

      The researchers did not test the man for antibodies after the first illness, but found that he had them after the second.

      Some experts said the severe symptoms could mean that the patient had not developed antibodies after the first infection, or that his immune response was overpowered by a massive dose of virus the second time. It is also possible that he suffered antibody-dependent enhancement, in which the immune response may worsen symptoms on a second encounter.

      The findings highlight the need for widespread testing and viral sequencing, said Angela Rasmussen, a virologist at Columbia University in New York who was not involved in the work. “You really are going to need to look at a lot of these cases to try to start to narrow down which hypothesis is probably right,” she said.

    • Several have been reinfected with Covid-19. Here’s what that means
      https://www.statnews.com/2020/08/28/covid-19-reinfection-implications

      It’s possible that these early cases of reinfection are outliers and have features that won’t apply to the tens of millions of other people who have already shaken off Covid-19.

      [...]

      “The most important question for reinfection, with the most serious implications for controlling the pandemic, is whether reinfected people can transmit the virus to others,” Columbia University virologist Angela Rasmussen wrote in Slate this week.

      Unfortunately, neither the Hong Kong nor the Reno studies looked at this question. But if most people who get reinfected don’t spread the virus, that’s obviously good news.

      [...]

      A crucial question for which there is not an answer yet is whether what happened to the man in Reno, where the second case was more severe than the first, remains a rare occurrence, as researchers expect and hope. As the Nevada researchers wrote, “the generalizability of this finding is unknown.”

    • Virologist Christian Drosten : "I Am Quite Apprehensive about What Might Otherwise Happen in Spring…
      https://seenthis.net/messages/898207

      Drosten : Antibodies are just one component of immune protection, another is T-cell immunity. That protects much more strongly against a serious progression of the illness. If the virus mutates, it doesn’t have an effect on T-cell immunity. As such, I don’t think that we have to fear that our vaccines will be ineffective.