• How much virus does a person with COVID exhale ? New research has answers
    https://www.nature.com/articles/d41586-022-02202-z

    Article non encore accepté.

    Remarque : seules les particules inférieures ou égales à 5 microns ont été considérées comme des #aérosols par les auteurs

    The infected people faced into a cone-shaped apparatus and sang and shouted — with inevitable coughs and sneezes in between — for 30 minutes, while an attached machine collected the particles they exhaled. The device, called a Gesundheit-II, separated out the fine ‘aerosol’ droplets measuring 5 micrometres or less in diameter, which can linger in the air and leak through cloth and surgical masks.

    […]

    “This research showed that all three of those #variants that have won the infection race … come out of the body more efficiently when people talk or shout than the earliest strains of the coronavirus,” says John Volckens, a public-health engineer at Colorado State University in Fort Collins.

    Study co-author Kristen Coleman, who researches emerging infectious diseases at the University of Maryland in College Park, says this means that people should be “pushing governments to invest in improving indoor air quality by improving #ventilation and filtration systems”.

    […]

    The study also highlights variation between individuals in the amounts of exhaled virus, which ranged from non-detectable levels to those associated with ‘superspreaders’. One Omicron-infected participant, for example, shed 1,000 times as much viral RNA through fine aerosol as the maximum level observed in those with Alpha or Delta. The researchers say that the root of these discrepancies remains a mystery but could be related to biological factors such as a person’s age. Behaviour might play a part, too: the study’s superspreader coughed more frequently than others.

    If new variants are more prone to superspreading, that might drive them to dominate #COVID-19 cases. The team notes that people infected with SARS-CoV-2 exhale much lower amounts of viral RNA than do people infected with influenza, a comparable airborne disease. This suggests that #SARS-CoV-2 could spin off variants that transmit even more virus.

    “That is something to be concerned about,” says Alsved.

    #aération

  • Why call it BA.2.12.1? A guide to the tangled Omicron family
    https://www.nature.com/articles/d41586-022-01466-9

    Given all these #variants, is #SARS-CoV-2 evolving more rapidly than other viruses?

    Not necessarily, Rambaut says. Researchers are finding an incredible amount of diversity in SARS-CoV-2, but they’re also sequencing this virus at an unprecedented rate. A record 11 million SARS-CoV-2 genomes have been uploaded to the popular GISAID data platform since January 2020. By contrast, researchers have uploaded about 1.6 million sequences of the influenza virus to GISAID’s EpiFlu database since May 2008.

    Still, Rambaut says, many questions remain about how SARS-CoV-2 is evolving, because sequencing is nearly absent in some parts of the world, and some countries with raging outbreaks are scaling back genomic surveillance.

    Could Omicron’s subvariants, such as BA.4, eventually receive Greek names?

    Yes, although it hasn’t happened yet. Some researchers argue that the Omicron subvariants currently fuelling surges, such as BA.4 and BA.2.12.1, deserve simpler names to aid communication with governments and the public at a time when regard for COVID-19 control measures, such as face masks, is waning. They also point out that unlike Delta’s subvariants — which were not discussed much in the media — BA.4 and BA.2.12.1 can overcome immunity provided by earlier infections with other Omicron subvariants. This was unexpected, says Houriiyah Tegally, a bioinformatician at the Centre for Epidemic Response and Innovation in Stellenbosch, South Africa. “ Everyone thought that only new variants would cause new waves, but now that we’re seeing that Omicron can do it, maybe we should adapt the system of naming ,” she suggests.

    But the WHO is so far resisting this idea. WHO virologist Lorenzo Subissi says that the capacity for immune evasion isn’t wildly different between Omicron subvariants. He adds that the agency’s assessment could change if future studies prove that an Omicron subvariant causes more severe disease than other Omicron varieties. The technical lead of the WHO’s COVID-19 response, Maria Van Kerkhove, adds that the agency also doesn’t recommend swapping a technical label for a Greek name in the hope of spurring leaders to take the ongoing pandemic more seriously. “This is already a scary virus, it is still killing huge numbers of people unnecessarily,” she says, suggesting that world leaders should already be paying attention.

  • Après infection par #Omicron, quelle réponse immunitaire contre d’autres #variants chez les vaccinés et non-vaccinés ? – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/03/28/infection-par-omicron-quelle-reponse-contre-dautres-variants-chez-les-vaccin

    « Par conséquent, les personnes non vaccinées qui sont infectées par le variant BA.1 Omicron, sans avoir été antérieurement infectées par le #SARS-CoV-2, pourraient ne pas être suffisamment protégées contre une infection par un variant SARS-CoV-2 autre qu’Omicron. Pour une protection complète, la vaccination est requise ».

    Cette conclusion est similaire à celle à laquelle parviennent les scientifiques sud-africains dont les résultats, publiés Cell Host and Microbe, montrent qu’une infection par le variant Omicron après #vaccination (breakthrough infection) s’accompagne d’une augmentation de l’immunité neutralisante croisée vis-à-vis d’autres variants préoccupants. Selon les chercheurs de Johannesburg, leurs résultats suggèrent qu’il existe dans le groupe non vacciné un risque de réinfection par d’autres variants qui continuent de circuler et d’évoluer en Afrique du Sud. Cette conclusion est également celle à laquelle sont parvenus des chercheurs américains au terme d’une étude publiée le 17 mars 2002 dans Cell et que je relatais dans mon précédent billet de blog.

    Implications vaccinales

    Les résultats par les chercheurs sud-africains ont des implications concernant le développement de #vaccins anti-#Covid-19 de seconde génération qui seraient adaptés au variant Omicron. En effet, il semble qu’il y ait peu de bénéfices sur le plan immunitaire à en attendre sur d’autres variants du fait de la faible #immunité croisée mise en évidence chez des individus n’ayant jamais été infectés.

    Si des vaccins basés sur la séquence d’Omicron peuvent représenter des rappels adéquats, il est donc en revanche peu probable qu’ils soient supérieurs aux vaccins actuels pour la primo-vaccination d’individus immunologiquement naïfs, autrement dit n’ayant jamais été auparavant infectés par le SARS-CoV-2, estiment les chercheurs sud-africains.

    Il a en effet été montré que des souris immunisées par Omicron ne développent pas une réponse immunitaire dirigée contre d’autres variants préoccupants. De plus, l’immunisation de souris avec un vaccin à ARN messager basé sur Omicron (séquence RBD, domaine de liaison au récepteur) n’entraîne qu’une réaction immunitaire ciblée sur ce variant. Enfin, une étude conduite sur des macaques rhésus a montré qu’un rappel avec un vaccin à ARN messager basé sur la séquence Omicron s’est montré moins efficace que le vaccin mRNA-1273 (celui de Moderna). Les titres en anticorps étaient moins élevés après administration d’un rappel avec un vaccin adapté à Omicron que lorsque celui-ci reposait à nouveau sur le vaccin mRNA-1273 (rappel homologue).

    « Globalement, ces données suggèrent qu’un rappel avec un vaccin spécifique d’Omicron chez des individus, ayant ou non une immunité préexistante [du fait d’une infection antérieure] n’est sans doute pas supérieur aux vaccins actuellement existants », concluent les chercheurs sud-africains.

  • Comment le variant Omicron BA.2 a repoussé les limites initiales du Covid-19
    https://theconversation.com/comment-le-variant-omicron-ba-2-a-repousse-les-limites-initiales-du

    Si l’épidémie de Covid est passée au second plan de l’actualité, elle n’en est pas finie pour autant. Le SARS-CoV-2 continue de circuler et d’évoluer rapidement. Chercheurs au sein de l’unité « Maladies infectieuses et vecteurs : Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle » (Université de Montpellier, CNRS, IRD), Mircea Sofonea, maître de conférences, et Samuel Alizon, directeur de recherche, spécialistes de l’épidémiologie et de l’évolution des maladies infectieuses, font le point sur Omicron maintenant qu’il a conquis le monde. Comment expliquer ses sous-variants, que sait-on désormais de ses capacités et de l’efficacité de notre système immunitaire face aux futurs variants ?

    #SARS-CoV2 #pandémie #coronavirus #omicron #variants

    • Le SARS-CoV-2 ne pouvant être éradiqué (contagiosité élevée, immunité imparfaite et déclinante, réservoirs animaux), de nouveaux variants émergeront, sélectionnés en particulier sur leur capacité à contourner la réponse immunitaire. Le moment de leur apparition et leurs propriétés antigéniques sont pour le moment imprédictibles.

      […]

      Il faut aussi se méfier de la croyance séculaire selon laquelle les virus deviendraient moins virulents avec le temps. Comme le montre la découverte cette année d’un variant de VIH plus virulent que la moyenne circulant depuis la fin des années 1990, c’est plutôt le contraire. Certes, la létalité des infections diminue, mais cela reflète avant tout l’amélioration de la réponse sanitaire, des vaccins ou des traitements.

      Un des enseignements de la modélisation est qu’il faut se méfier de nos biais de perception. En phase de croissance épidémique, l’inquiétude augmente, et, à l’inverse, en phase de décroissance, nous avons tendance à être plus optimistes… La difficulté pour les scientifiques est de s’en tenir aux faits.

  • Antigenic evolution will lead to new #SARS-CoV-2 #variants with unpredictable severity | Nature Reviews Microbiology
    https://www.nature.com/articles/s41579-022-00722-z

    The comparatively milder infections with the Omicron variant and higher levels of population immunity have raised hopes for a weakening of the pandemic. We argue that the lower severity of Omicron is a coincidence and that ongoing rapid antigenic evolution is likely to produce new variants that may escape immunity and be more severe.

  • #Omicron : une biologie et une dynamique virale différentes de celles observées chez les précédents variants – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/02/09/omicron-une-biologie-et-une-dynamique-virale-differentes-de-celles-observees

    Dans ce billet de blog, je vous invite, à travers les données issues d’articles publiés ces dernières semaines, à comprendre les moyens utilisés par la recherche pour explorer les propriétés biologiques et virologiques d’Omicron. Celles-ci révèlent en quoi ce nouveau variant du #SARS-CoV-2 est atypique.

    L’objectif des chercheurs est de comprendre comment les multiples mutations présentes dans sa protéine spike altèrent la structure de cet élément clé de la particule virale et modifient la biologie de ce variant en comparaison avec les autres. La connaissance de ces mécanismes moléculaires – qui sous-tendent à la fois sa transmissibilité, son attachement au récepteur cellulaire, sa capacité d’échappement immunitaire – est d’une importance capitale pour concevoir et développer des stratégies thérapeutiques et vaccinales contre ce variant et ceux qui continueront à émerger.

    Une origine hypothétique

    Depuis le début de la pandémie Covid-19, aucun variant préoccupant du SARS-CoV-2 n’avait accumulé autant de mutations et entraîné un tel échappement immunitaire qu’Omicron. Ce nouveau variant renferme 37 mutations sur sa protéine spike, en comparaison avec le variant Gamma qui en comporte 12 et qui représentait jusqu’à présent le variant le plus muté.

    Après avoir été identifié en novembre 2021 en Afrique australe, Omicron a rapidement diffusé à travers le monde, allant souvent jusqu’à prendre le pas sur Delta et infecter des personnes doublement vaccinées.

    À ce jour, on ignore comment le variant Omicron a pu émerger. Plusieurs hypothèses ont été proposées. Selon la première, ce variant est apparu chez une personne atteinte d’une infection chronique par le SARS-CoV-2. Cette situation s’observe chez des individus immunodéprimés, notamment ceux infectés par le virus du sida (VIH) ou ayant reçu une greffe nécessitant la prise d’un traitement immunosuppresseur. Deux équipes sud-africaines indépendantes ont notamment décrit le cas de deux femmes atteintes de sida, âgées d’une trentaine d’années et de 22 ans et dont la maladie à VIH n’était pas contrôlée par les antirétroviraux. Chez ces patientes immunodéprimées, l’infection prolongée par le SARS-CoV-2 a conduit à l’accumulation dans le génome du coronavirus d’une vingtaine et d’une trentaine de mutations.

    Autre hypothèse : Omicron serait la conséquence du passage du virus de l’homme à l’animal puis de l’animal à l’homme. (...)

    #covid-19 #variants

    • Tracking cryptic SARS-CoV-2 lineages detected in NYC wastewater
      https://www.nature.com/articles/s41467-022-28246-3

      Tracking SARS-CoV-2 genetic diversity is strongly indicated because diversifying selection may lead to the emergence of novel variants resistant to naturally acquired or vaccine-induced immunity. To monitor New York City (NYC) for the presence of novel variants, we deep sequence most of the receptor binding domain coding sequence of the S protein of SARS-CoV-2 isolated from the New York City wastewater. Here we report detecting increasing frequencies of novel cryptic SARS-CoV-2 lineages not recognized in GISAID’s EpiCoV database. These lineages contain mutations that had been rarely observed in clinical samples, including Q493K, Q498Y, E484A, and T572N and share many mutations with the Omicron variant of concern. Some of these mutations expand the tropism of SARS-CoV-2 pseudoviruses by allowing infection of cells expressing the human, mouse, or rat ACE2 receptor. Finally, pseudoviruses containing the spike amino acid sequence of these lineages were resistant to different classes of receptor binding domain neutralizing monoclonal antibodies. We offer several hypotheses for the anomalous presence of these lineages, including the possibility that these lineages are derived from unsampled human COVID-19 infections or that they indicate the presence of a non-human animal reservoir.

  • « Il était dommage de représenter les résultats des trois catégories vaccinales avec des axes différents ; j’en ai profité pour réfléchir à une visualisation alternative de ces mêmes données DREES, mettant l’accent sur l#'efficacité-vaccinale, puis sur la #comparaison entre #variants »


    https://twitter.com/flodebarre/status/1487378739172315137?cxt=HHwWgsCsrabFnaQpAAAA

    Interesting report (in French) about the relative risk of hospitalisation / death associated to infection with Delta and Omicron.
    Risk of death (in hospital). Upper panel: unvaxxed; middle: 2xdose; lower: 3xdose.
    Please note Y axes not to scale (!)
    https://drees.solidarites-sante.gouv.fr/sites/default/files/2022-01/2022-01-28%20-%20Appariements%20sivic-sidep-vacsi%20Dre


    https://twitter.com/BallouxFrancois/status/1487035279848390668

  • #conjoncture_covid : samedi 15 janvier 2022
    les journées se suivent sans se ressembler : correction à la hausse sur les 3 séries, plus marquée pour entrées en réanimation et décès

    • séries corrigées des variations hebdomadaires

    • les séries rejoignent l’extrapolation de référence,


    les baisses du début de la semaine restent acquises

    en regardant les prolongations des MM7, on note bien les inflexions sur les 3 séries, en gros à partir de samedi dernier
    pour les hospitalisations, un net ralentissement
    pour les réanimations, une légère baisse
    pour les décès, plutôt un plateau

  • BioNTech and AI start-up develop tool to predict high-risk coronavirus #variants | Financial Times
    https://www.ft.com/content/dc8f8040-c9ce-43be-9b6c-c276930064d4

    Thread by FLAHAULT on Thread Reader App – Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1481379139391217679.html

    1/10 - “A new early warning system can predict the highest-risk coronavirus variants simply from their genetic code, alerting health authorities and vaccine developers to the potential risks months before they spread, according to a study.”
    ft.com/content/dc8f80…

    2/10 - “The AI-based program, developed by BioNTech and north African AI start-up InstaDeep, identified more than 90% of VOCs, including the highly transmissible #Omicron strain, on average two months before their designation by the WHO.”

    3/10 - “The results from the study show that the program can evaluate the risks of new variants from their spike proteins within minutes, and monitor them as they evolve nearly in real time.”

    […]

    #IA

  • #Covid-19 : ce que l’on sait de la sévérité de l’infection à #Omicron – Marc Gozlan
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/01/03/covid-19-ce-que-lon-sait-de-la-severite-de-linfection-a-omicron

    Quel impact le variant Omicron a-t-il sur le taux des admissions et des hospitalisations ? Ce nouveau variant, initialement identifié au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, est-il aussi dangereux que le précédent variant Delta ? Plusieurs études, en provenance d’Afrique du Sud et du Royaume-Uni, ont été publiées. L’occasion de faire un point épidémiologique sur ce que l’on sait et sur ce qui reste à déterminer.

    en prenant pour indicateurs les hospitalisations, la réanimation, les décès plusieurs études donnent à penser qu’omicron pourrait être bien moins pathogène que les précédents, sous réserve des difficultés à évaluer cela en fonction du nombre de réinfection, des disparités de la couverture vaccinale, de pyramide des âges fort distinctes.

    #hospitalisations #réinfections #vaccins

  • US Army Creates Single Vaccine Against All #COVID & #SARS Variants, Researchers Say - Defense One
    https://www.defenseone.com/technology/2021/12/us-army-creates-single-vaccine-effective-against-all-covid-sars-variants/360089

    The achievement is the result of almost two years of work on the virus. The Army lab received its first DNA sequencing of the #COVID-19 virus in early 2020. Very early on, Walter Reed’s infectious diseases branch decided to focus on making a vaccine that would work against not just the existing strain but all of its potential #variants as well.

    #vaccins

  • Covid-19 : on vous explique pourquoi le nouveau variant détecté en Afrique du Sud est considéré comme « une menace majeure » - ladepeche.fr
    https://www.ladepeche.fr/2021/11/25/covid-19-on-vous-explique-pourquoi-pour-le-nouveau-variant-detecte-en-afri

    Le variant B.1.1.529 présente un nombre « extrêmement élevé » de mutations et « nous pouvons voir qu’il a un potentiel de propagation très rapide », a déclaré le virologue Tulio de Oliveira, lors d’une conférence de presse en ligne chapeautée par le ministère de la Santé. Son équipe de l’institut de recherche KRISP, adossé à l’Université du Kwazulu-Natal, avait déjà découvert l’année dernière le variant Beta, très contagieux.

    #SARS-CoV2 #variants

    • C’est vraiment pas d’chance s’il y a des variants et si ça casse toute la dynamique positive mise en place par nos zélites. Comme dit l’autre, en même temps, c’est pas que c’est un échec, c’est que ça n’a pas marché.

      Le coup de la 3ème dose pour continuer à avoir le pass, j’avoue, hier soir, ça m’a rendu grognon. Parce que pour le coup, je voyais arriver la 4ème et 5ème dose... alors même que le monde de la recherche semble s’être totalement désintéressé du sujet.

    • Nouvelle souche virale. Thread by Pr_Logos
      https://threadreaderapp.com/thread/1463620077643829256.html

      1/ Nouvelle souche virale. Thread.
      Le mutant du Botswana, B.1.1.529, a 32 points de mutation à la protéine Spike. C’est beaucoup, et ça ouvre la possibilité qu’il soit mal reconnu par le système immunitaire…

      C’est le scenario redouté pour cet hiver.

      3/ Si le graphique du Financial Times est correct, c’est un monstre. Une transmissibilité accrue d’un facteur gigantesque.

      etc...

    • C’est pas pour se faire peur. C’est juste pour dire qu’on en parle depuis des mois. Comme l’aérosolisation dont la première étude explicite sur le sujet date du printemps 2020. Ou le Delta, dont la Grande Bretagne parle depuis Mars-Avril 2021.

      Notre super-équipe de vainqueurs, ils ont décidé que le pire de cette crise, c’était de porter le masque. Et que la meilleure récompense qu’ils pouvaient nous faire, c’était de ne plus nous « obliger » à le porter. Et le pire, c’est qu’ils y croient eux même. Heureux de pouvoir recevoir du monde dans les palais, sans masques ni distanciation.

      Ils ne se rendent pas compte de la violence du contre-choc que cela représente, d’avoir décidé de faire croire que c’était terminé cet été, d’avoir décidé que tout le monde pouvait faire comme si on pouvait tout refaire comme avant... et là, au bout d’un petit mois de vie « quasi-normale », constater que rien n’est résolu, et que même, d’ailleurs, ça va être encore pire, parce que « business as usual », on n’a toujours pas investi dans la santé, car c’est aux copains du privé de le faire et qu’en fait, on a continué à désinvestir, comme dans l’enseignement, d’ailleurs. On radote. Je radote. On ne cesse de répéter la même chose. Et il faut faire la 3ème dose, sinon couic, plus de vie sociale. J’ai envie de dire « pourritures ». J’ai des envies de batte de baseball et de pétage de genoux. Mais faut pas le dire. Faut juste le faire. Comme les flics qu’on envoie dans les Caraïbes, pour faire comprendre qu’il n’y a pas d’alternatives, faut laisser l’eau ne pas couler, faut laisser le chlordécone tuer les gens sans punir les coupables, faut laisser la misère, parce que. On radote. Et ils se serrent les coudes. Autour de Hulot, autour de Darmanin, autour de DSK. Jusqu’à ce qu’ils puent trop, et alors on les envoie à Cnews, où le patron nous emmerdent tous de très haut, nous les puritains qui ne supportons plus les prédateurs, à la Ma*, à la Mo*, à la Ze*. Où le patron les héberge et les met au boulot, protégé par des cordons de CRS, comme hier à la Guillotière à Lyon, provocation obscène sous protection policière. On radote. Et on s’y complait. On continue à faire comme s’il n’y avait pas de solution. Voter ? Non. Ils sont tous pareils. Ils sont trop. Pas assez. On radote.

    • Apparemment, on parlait aussi de reprise épidémique depuis 2 mois. Mais là encore, les épidémiologistes auto-proclamés se sont fait surprendre par l’effet de surprise. Fulgurant (qu’ils disaient) ...

      https://threadreaderapp.com/thread/1439939177357975558.html

      1/21
      Pourquoi le rebond épidémique automnal 2021 va être plus long à percevoir que l’an dernier ?
      Petit thread pour éviter les mauvaises surprises dans les semaines à venir...
      2/21
      Tout d’abord pourquoi s’attendre à un rebond !?
      A] Rentrée scolaire sans vaccination des enfants et sans sécurisation sanitaire des établissements
      B] Rentrée « socio-économique » avec densité+++ dans les transports, entreprises, commerces...
      3/21
      C] ↘ des activités de plein air et retour dans les espaces clos à une période de l’année où leur aération tend à ↘
      D] Persistance du variant Delta hautement transmissible au sein d’une pop majoritairement immunisée via vaccination donc sans immunité mucosale...
      4/21
      Alors pourquoi un rebond plus long à percevoir que l’an dernier ?
      A] Vaccination et ↘↘ des formes symptomatiques d’infection.
      En moyenne, les études récentes montrent une ↘ de 78% des formes symptomatiques d’infection induites par Delta
      cdc.gov/coronavirus/20…
      Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)
      CDC provides credible COVID-19 health information to the U.S.
      https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/fully-vaccinated-people.html
      5/21
      Cela signifie que la fréquence des formes d’infection conduisant le plus souvent à un dépistage, est ~4,5x plus faible que l’an dernier à la même période (avant vaccination).
      Ce n’est qu’un ordre de grandeur car Delta est plus virulent que les variants antérieurs...
      6/21
      Cette estimation ne tient pas compte non plus de l’atténuation immunitaire au cours du temps.
      C’est donc simplement un ordre de grandeur grossièrement estimé sur la seule efficacité vaccinale issues des données en « vie réelle ».
      7/21
      B] Vaccination et ↘↘ du dépistage
      Les motivations d’un dépistage sont triples :
      – infection symptomatique (maladie)
      – obligation réglementaire (pass, voyage...)
      – enquête de contact tracing
      8/21
      Avec désormais 64% de la population complètement vaccinée, nous avons au moins 64% de la population chez qui le dépistage s’est effondré :
      avec 4,5x moins de maladie chez les vaccinés, le recours au dépistage est au moins 4,5x faible...
      9/21
      L’obligation réglementaire de dépistage est levée du fait de la vaccination, ce qui réduit encore le recours au dépistage.
      Enfin, même si les vaccinés sont censés être inclus dans le contact tracing, l’ampleur du dépistage y est anecdotique (tracing déficient en France)...
      10/21
      Ainsi, on observe un fort ralentissement de l’activité de dépistage, malgré le pass sanitaire et les millions d’éligibles tjs pas vaccinés (ce qui interroge d’ailleurs sur l’application réelle de ce pass sanitaire)
      11/21
      On ne peut donc plus percevoir un rebond épidémique précocement via les indicateurs virologiques car l’activité de « testing » est désormais monopolisée par les asymptomatiques non-vaccinés qui valident leur pass sanitaire via des tests réguliers (cf. BEH)
      12/21
      Il va donc falloir attendre un impact de ce rebond sur la morbi-mortalité (↗ des formes symptomatiques, ↗ de la tension hospitalière...).
      Et pour cela il va au moins falloir attendre une circulation virale ~4,5x plus forte que celle qui « sonnait l’alerte » avant 💉
      13/21
      En reprenant le Re observé avec la vague estivale 2021 (Delta), on peut estimer ce retard à la détection.
      Cet été le Re a atteint 1,68.
      Avec une telle dynamique, le nombre de cas DÉTECTÉS double tous les ~7 à 10j...
      14/21
      Pour avoir une ↗ de ~4,5x sur le nombre de cas détectés, il faut donc un délai de ~19 jours.
      Ceci nous permet d’estimer grossièrement le « retard » à l’alerte...
      15/21
      Si avant la vaccination il fallait environ 3 semaines pour commencer à percevoir l’effet d’un évènement sur la progression épidémique, il faudrait désormais au moins 21+19 = 40 jours pour avoir la même perception !...
      16/21
      Tout ceci sous réserve que le Re soit au moins aussi fort que cet été, et que le recours au dépistage en cas d’infection symptomatique reste au même niveau (ce qui n’est pas garanti avec le déremboursement prochain des tests)...
      17/21
      Donc pour percevoir le rebond induit par la rentrée du 01/09/2021, il faudrait au moins attendre jusqu’au 12/10/2021...
      C’est ballot, on dérembourse les tests à partir du 15/10 ! 😅
      18/21
      L’allègement des mesures sanitaires est annoncé pour mercredi (décisions du Conseil de Défense), alors qu’on n’est même pas à la moitié de la période « critique » de surveillance épidémiologique post-rentrée !
      19/21
      Après >20 mois de pandémie, et la répétition inlassable des mêmes erreurs de relâchement quand il faut au contraire renforcer la prévention pour maintenir les bons résultats, et quand revient sans cesse le discours du « retour des jours heureux », il y a de quoi être agacé+++
      20/21
      Nous avons les tests, nous avons 4 vaccins efficaces+++, nous avons l’expérience de 20 mois décuplée par autant de pays qui ont été concernés, nous avons « l’habituation » aux mesures barrières, nous avons la connaissance des modes de transmission...
      21/21
      Avec tout ça, il serait légitime d’espérer ne pas avoir de nouveau rebond...
      Encore faut-il tenir compte de ces données et les exploiter à bon escient.

    • #B.1.1.529 : c’est la désignation scientifique du nouveau variant. Pour le grand public, il a été baptisé variant « nu » (de la lettre ν de l’alphabet grec correspondant au n de l’alphabet latin)

      Sur Twitter, il est qualifié d’horreur, de cauchemar absolu : 5 fois plus transmissible que « delta » et surtout possibilité d’échappement immunitaire.
      Les états membres de l’UE (dont la France) ferment leurs aéroports aux vols en provenance d’Afrique australe.
      Les indices boursiers plongent, tout comme le prix du baril de brent ...

      https://www.boursorama.com/bourse/actualites/vendredi-noir-les-investisseurs-saisis-par-la-peur-d-un-nouveau-variant-

      https://www.boursorama.com/actualite-economique/actualites/nouveau-variant-du-covid-19-les-cours-du-petrole-s-effondrent-48d66897f3

      C’est la #panique ...

      A une échelle proche : 4 cas détecté en Israël (dont un en provenance du Malawi), et un cas détecté en Belgique.
      On n’ose imaginer combien sont passés sous les radars ...

      La constellation des mutations de B.1.1.529 (il y en a plus d’une trentaine sur le spicule) est une galerie des horreurs, avec de multiples mutations associées à des gains en transmissibilité ou en échappement immunitaire.

      https://twitter.com/Panda31808732/status/1464197382221012993

      Took a look at the spike mutations in B.1.1.529 this evening, and colour coded them (details below)...there is...not much green.🧵 Image
      First the obviously bad stuff (red): nine mutations seen in previous VOCs. There’s a lot of overlap already among VOCs (convergent evolution), but this variant has an unprecedented sampling from mutations previously seen in Alpha, Beta, Gamma and Delta separately.
      In orange are three mutations that are probably meaningful biological changes for the virus, but not previously seen in VOCs. Two from VUI level lineages that likely had modest advantages over original virus, and E484A which is at a key site in the receptor binding domain.
      Next eleven things seen rarely or never before (blue) that may be functional and just new to us, or may be a side-effect of whatever process led to so many mutations in this lineage (i.e. either neutral or mildly deleterious). Need more data on these.
      In green is just D614G, which has been fixed in all SARS-CoV-2 since early 2020.
      Finally, three shades of purple which are new (not in previous VOCs) but have some other data to suggest they may be functional. First is a deletion/substitution/insertion hotspot in the N terminal domain, that may be further remodelling the protein structure there.
      Then there’s a group of 4 nearby substitutions (3 in the space of 5 amino acids) that have not been seen before, but are so close together that I doubt its coincidence. They are also very close to the (previously conserved) binding site of sotrovimab, a therapeutic antibody. Image
      Finally S477N and Q498R, predicted in an experimental evolution paper to substantially increase ACE2 binding together with N501Y, but only seen in the wild separately or rarely. Seeing this full combination now (along with everything else) is grim.
      SARS-CoV-2 variant prediction and antiviral drug design are enabled by RBD in vitro evolution - Nature Microbiology
      Evolution of the SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in vitro recapitulates SARS-CoV-2 variant emergence and produces an effective antiviral spike receptor-binding domain variant.
      https://www.nature.com/articles/s41564-021-00954-4
      There are also multiple (possibly funcitonal) mutations in genes other than spike: notably R203K and G204R in nucleocapsid, which were recently shown to be key in increasing transmissibility, and are present in all VOCs to date.
      AAAS
      https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl6184
      So the mutation profile is bad (as @PeacockFlu and others have already pointed out). We don’t yet know how they act together, or how a virus with so many changes will behave.
      We need to learn more, fast. To end on a hopeful note, it’s mind-blowing how quickly we’ve got this far. Kudos to @Tuliodna et al for getting this out, and setting the global scientific community onto experiments to answer more of these questions. Let’s get to work.

      https://pbs.twimg.com/media/FFETuhlXsAQKKHe?format=jpg&name=large

      https://twitter.com/jcbarret/status/1463975708770897923

    • D’après ce que j’ai entendu, l’Afrique du Sud est LE réservoir à variant planétaire en raison de la quantité d’immuno-déprimés en mesure de pratiquer un affinage longue durée du virus. Ils ont en particulier le plus haut taux de malades du VIH sans traitement.

      On peut toujours essayer de couper les ponts [aériens] directs avec eux, mais les voyages business ou tourisme indirects vont continuer à transporter du variant frais à travers le monde, j’imagine.

    • De toute façon, je pense que le mal est fait. Ce nouveau variant s’est déjà diffusé au niveau mondial. Perso, ça fait une semaine que j’ai vu passer l’info. Une semaine à mon humble niveau d’information. Combien de semaines précédentes se sont écoulées avant que l’alerte soit lancée ?

    • Quand est-ce que l’Union Européenne va cesser de s’opposer à la levée de la propriété industrielle sur les brevets des vaccins ? (cela peut être limité aux pays pauvres, sur lesquels les labos ne feront de toute façon jamais les profits qu’ils font dans les pays riches).
      Les dons de vaccins ne seront jamais suffisants, et l’Afrique du Sud a les usines pour fabriquer ces vaccins.

      Biden a demandé cette levée de la propriété industrielle sur les brevets des vaccins :

      https://www.reuters.com/article/sante-coronavirus-vaccins-derogations-idFRKBN2CN0BQ

      Actes criminels sur les populations migrantes, accaparement des vaccins, et refus de céder la propriété industrielle des vaccins aux pays pauvres : UNION EUROPÉENNE = UNION BARBARE.

  • Les traitements #anti-Covid-19 vont-ils créer des virus mutants ?
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-traitements-anti-covid-19-vont-ils-creer-virus-mutants-

    Le #molnupiravir agit contre le virus en créant de multiples erreurs dans son ADN, ce qui est censé aboutir à un virus non fonctionnel. Mais pour William Haseltin, un virologue de l’université de Harvard connu notamment pour ses recherches sur le virus du Sida, ce médicament pourrait induire des mutations dangereuses et ainsi faire le lit de nouveaux #variants plus résistants. « Le molnupiravir a le potentiel mutagène pour altérer les fonctions du virus, mais pas pour l’empêcher de se répliquer et donner naissance à un futur variant dominant ».

  • Nouveaux #variants du #Covid-19 : « Nous ne connaissons toujours pas le potentiel évolutif de ce virus » – Libération
    https://www.liberation.fr/societe/sante/nouveaux-variants-du-covid-19-nous-ne-connaissons-toujours-pas-le-potenti

    [Le virologue à l’Institut Pasteur] Etienne Simon-Lorière relève que « le risque d’apparition d’un #variant est réduit grâce à l’augmentation de la proportion de personnes immunisées. Les infections des personnes vaccinées – souvent plus de 5 ou 6 mois après la deuxième dose – sont de plus courte durée et intensité, ce qui réduit les occasions du virus de faire des erreurs et qu’un nouveau variant soit transmis ».

    « Ceci est à pondérer avec une partie de la population mondiale qui n’a pas eu la chance d’avoir accès au vaccin. Ensuite, on ne sait pas encore si ce coronavirus pourra évoluer pour échapper suffisamment au système immunitaire tout en conservant une bonne capacité de transmissibilité, et se diffuser de façon significative dans la pandémie », poursuit-il.

    Les variants alpha et delta avaient pour point commun d’être 50% plus transmissibles que le variant dominant. Est-il vraiment possible de voir arriver un variant 50% plus transmissible que delta ? .

    « Il est difficile de répondre à cette question. Nous ne connaissons pas le potentiel évolutif de ce virus. Il est vrai que delta nous pose déjà beaucoup de problèmes. Plus le virus circule, plus le hasard peut générer des combinaisons de mutations et peut-être que l’une d’entre elles lui permettra de battre delta. Ou peut-être le pic a-t-il déjà été atteint… ».

    Pour un spécialiste de l’évolution des génomes des virus comme vous, cette pandémie est une grande première. Jamais l’émergence d’un virus n’a été aussi documentée. Quelle leçon en tirez-vous ?.

    « Dans beaucoup de pays, les efforts de séquençage ont atteint un volume très élevé. A tel point que l’on voit les limites des outils que l’on utilisait jusqu’ici. Jusqu’à présent les plus gros jeux de données dont nous disposions pour le VIH, Ebola, ou la grippe comportaient seulement quelques milliers de séquences. Pour le #Sars-CoV-2, on en a déjà presque 5 millions ! On est obligé de développer des nouveaux outils ; la communauté scientifique se demande si l’on a vraiment besoin d’autant de séquences, ou si l’on peut capturer les mêmes paramètres épidémiologiques et d’évolution avec une fraction de ces données ».

  • Evaluation of the relative virulence of novel #SARS-CoV-2 #variants: a retrospective cohort study in Ontario, Canada | CMAJ
    https://www.cmaj.ca/content/early/2021/10/04/cmaj.211248

    Results: Our cohort included 212 326 people. Compared with non-VOC SARS-CoV-2 strains, the adjusted elevation in risk associated with N501Y-positive variants was 52% (95% confidence interval [CI] 42%–63%) for hospitalization, 89% (95% CI 67%–117%) for ICU admission and 51% (95% CI 30%–78%) for death. Increased risk with the Delta variant was more pronounced at 108% (95% CI 78%–140%) for hospitalization, 235% (95% CI 160%–331%) for ICU admission and 133% (95% CI 54%–231%) for death.

    Interpretation: The increasing #virulence of SARS-CoV-2 VOCs will lead to a considerably larger, and more deadly, pandemic than would have occurred in the absence of the emergence of VOCs.

  • Effectiveness of mRNA BNT162b2 COVID-19 vaccine up to 6 months in a large integrated health system in the USA: a retrospective cohort study - The Lancet
    https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02183-8/abstract

    Findings

    Between Dec 14, 2020, and Aug 8, 2021, of 4 920 549 individuals assessed for eligibility, we included 3 436 957 (median age 45 years [IQR 29–61]; 1 799 395 [52·4%] female and 1 637 394 [47·6%] male). For fully vaccinated individuals, effectiveness against #SARS-CoV-2 infections was 73% (95% CI 72–74) and against #COVID-19-related hospital admissions was 90% (89–92).

    Effectiveness against infections declined from 88% (95% CI 86–89) during the first month after full vaccination to 47% (43–51) after 5 months. Among sequenced infections, vaccine effectiveness against infections of the #delta variant was high during the first month after full vaccination (93% [95% CI 85–97]) but declined to 53% [39–65] after 4 months.

    Effectiveness against other (non-delta) #variants the first month after full vaccination was also high at 97% (95% CI 95–99), but waned to 67% (45–80) at 4–5 months.

    Vaccine effectiveness against hospital admissions for infections with the delta variant for all ages was high overall (93% [95% CI 84–96]) up to 6 months.

    Interpretation

    Our results provide support for high effectiveness of BNT162b2 against hospital admissions up until around 6 months after being fully vaccinated, even in the face of widespread dissemination of the delta variant. Reduction in vaccine effectiveness against SARS-CoV-2 infections over time is probably primarily due to waning immunity with time rather than the delta variant escaping vaccine protection.

    Funding

    Pfizer.

  • #Covid-19 : étude sur l’efficacité de la mémoire immunitaire après #vaccination ARNm pour reconnaître les variants du #SARS-CoV2 – Salle de presse | Inserm
    https://presse.inserm.fr/covid-19-etude-sur-lefficacite-de-la-memoire-immunitaire-apres-vaccination-arnm-pour-reconnaitre-les-variants-du-sars-cov2/43817

    Cette étude démontre que les patients infectés lors de la première vague maintiennent une réponse mémoire stable jusqu’à 12 mois, et développent, après une dose de vaccin, une excellente mémoire sérologique et cellulaire capable de reconnaitre et de neutraliser les #variants Beta et Delta du SARS-Cov-2.

    Chez les patients « naïfs » de toute infection, c’est à dire n’ayant jamais été infectés par le virus, la qualité de la réponse sérologique est initialement moins efficace vis-à-vis de ces variants. Néanmoins le pool de cellules à mémoire généré après la vaccination s’améliore au cours du temps et surtout contient des cellules capables de reconnaître et de neutraliser les variants actuels du SARS-CoV-2.

    Source : mRNA vaccination of naive and COVID-19-recovered individuals elicits potent memory B cells that recognize SARS-CoV-2 variants : Immunity
    https://www.cell.com/immunity/abstract/S1074-7613(21)00396-4

    #immunité

    Le problème est qu’il n’y a pas eu une étude de corrélation entre le taux d’infections/#réinfections ( et leur sévérité ) et ces données biologiques.

  • Thread très intéressant de “OSS 117 : Helsinki se révolte”. Je vous mets la partie qui m’a intéressée, concernant l’immunité de groupe :
    https://twitter.com/OSS117_Helsinki/status/1434954780443615238

    […]

    Et il faut revenir sur le sketch que l’on nous fait sur l’immunité de groupe.

    NON, LES SCIENTIFIQUES NE SE SONT PAS TROMPÉS SUR L’IMMUNITÉ DE GROUPE.

    Faut arrêter avec ça aussi.

    Déjà, l’immunité de groupe, par concept, est un taux pour lequel les non-vaccinés sont protégés par les vaccinés. Si vous êtes vaccinés, l’immunité de groupe, vous vous en moquez.

    A 100% de vaccinés, l’immunité de groupe ça n’existe pas.

    Donc les antivax qui ricanent sur l’absence d’immunité de groupe, en fait, c’est dommage pour vous car ça veut dire qu’il faudra vous faire vacciner car les vaccinés ne pourront pas compenser votre bêtise.

    Vous riez encore ?

    L’immunité de groupe était atteignable (atteinte ?) avec la souche ancestrale. Là les scientifiques ont vu juste.

    Possiblement, elle l’était aussi avec les variants SudAf, britannique et brésilien. Pas avec l’indien

    Et vous savez quoi ? Les scientifiques ne lisent pas l’avenir.

    Quand le vaccin a été fabriqué, le variant indien n’existait pas. Ce n’est pas pour rien qu’on vous dit que c’est une course contre la montre et qu’il faut se faire vacciner pour empêcher l’apparition des variants. Sinon, on aura un train de retard à chaque fois.

    On demande donc au vaccin aujourd’hui d’être efficace sur un variant pour lequel il n’a pas été positionné. C’est du repositionnement en quelque sorte 😈 (Mode troll activé).

    En attendant, les vaccins multivalents arrivent qui eux seront positionnés sur les variants. Là, il sera possible que l’on reparle à nouveau d’une immunité de groupe pour les non-vaccinés.

    Conclusion : pour l’instant, les vaccinés ne peuvent pas protèger les non-vaccinés avec un vaccin ciblant la souche ancestrale, à cause du variant delta. Les politiques de santé publique visent donc le 100% de vaccinés.

    Avec les multivalents, ces politiques pourrait être révisées

  • #Belgique : Mouscron : les salles de sport belges attirent un public français dépourvu de pass sanitaire
    https://www.rtbf.be/info/regions/hainaut/detail_mouscron-les-salles-de-sport-belges-attirent-un-public-francais-depourvu

    Ils sont Français, fans de sport et ils n’ont pas de pass sanitaire. Dans leur pays, les salles de sport leur sont inaccessibles. Comme ils n’habitent pas trop loin de la frontière, ils la traversent pour venir faire leurs exercices dans des salles belges, comme à Mouscron. « C’est super pratique » nous explique une cliente de la chaîne Basic-Fit. « Mon abonnement est également valable en Belgique. Je peux continuer à me maintenir en forme en venant ici. Sinon j’aurais dû résilier mon abonnement ».

    Cet afflux de Français ne concerne qu’"un nombre très limité de clubs frontaliers", précise Kevin Ayeni, responsable marketing Benelux de la célèbre chaîne de salles de sport. Dans ces lieux-là, les créneaux horaires se remplissent plus rapidement. "J’ai remarqué qu’il y avait énormément de places en France, du côté de Tourcoing, par exemple, note une cliente qui vit en Belgique. Par contre, ici, à Mouscron, j’ai dû m’y prendre deux jours à l’avance pour avoir un créneau ce matin. C’est compliqué".

    « Je me sens en sécurité »
    C’est davantage ce délai qui pose problème aux clients belges qu’une question de sécurité. « Personnellement, je me sens en sécurité », poursuit notre interlocutrice. "Tout le monde désinfecte sa zone. Avant, après, tout le monde porte le masque. Un appareil sur deux ne fonctionne pas pour qu’on puisse avoir de l’espace…"

    Chez Universal Fitness, une autre salle mouscronnoise, on accueille les nouveaux arrivants à bras ouverts : « On a des nouveaux inscrits pour la rentrée qui viennent de Lille ou même de plus loin », explique Deborah Devooght, propriétaire de l’établissement. "Certains sont prêts à faire près d’une heure de route pour faire leur sport sans pass sanitaire".

    Patron de salle, pas gendarme
    Ici, on sait que la frontière crée des appels d’air dans l’un ou l’autre sens. Et on ne voit pas pourquoi il faudrait faire preuve de discrimination avec ce public français. « On ne demande pas aux Belges s’ils sont vaccinés ou pas. Donc, les Français ne sont pas plus dangereux que les Belges. On ne va pas leur demander s’ils ont le pass ou pas. Ce n’est pas notre rôle d’enquêter. » Mais c’est leur responsabilité de limiter les risques de transmission. Et pour cela, « On appliquera des règles plus strictes, malgré les assouplissements en vigueur. »
    #Fitness #pass_sanitaire #frontiéres #covid-19 #variants #vaccins #vaccination #sars-cov-2 #vaccin #variant #coronavirus #sars-cov2 #santé #covid

  • Durability of mRNA-1273 vaccine–induced antibodies against #SARS-CoV-2 #variants | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/08/11/science.abj4176.full

    SARS-CoV-2 #mutations may diminish vaccine-induced protective immune responses, particularly as antibody titers wane over time. Here, we assess the impact of SARS-CoV-2 variants B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1 (Gamma), B.1.429 (Epsilon), B.1.526 (Iota), and B.1.617.2 (Delta) on binding, neutralizing, and ACE2-competing antibodies elicited by the vaccine mRNA-1273 over seven months. Cross-reactive neutralizing responses were rare after a single dose. At the peak of response to the second vaccine dose, all individuals had responses to all variants. Binding and functional antibodies against variants persisted in most subjects, albeit at low levels, for 6-months after the primary series of the mRNA-1273 vaccine. Across all assays, B.1.351 had the lowest antibody recognition. These data complement ongoing studies to inform the potential need for additional boost vaccinations.

    #immunité #vaccins #vaccination