Pandémies : l’éternel retour | CNRS Le journal
▻https://lejournal.cnrs.fr/articles/pandemies-leternel-retour
Les conditions restent propices à l’émergence de nouveaux pathogènes capables de causer des #pandémies. La dégradation environnementale et l’accélération des mouvements de personnes et de marchandises s’ajoutent à l’extraordinaire capacité d’adaptation des bactéries, virus et champignons.
Les épidémiologistes sont à nouveau sur le qui-vive. Au cours des derniers mois, des milliers d’otaries ont été retrouvés mortes sur les plages du Chili et du Pérou. La cause : #H5N1, la grippe aviaire, un virus que l’on surveille comme du lait sur le feu depuis vingt ans. Depuis sa réémergence en Chine en 2003, on craint qu’il ne soit à l’origine d’une pandémie de grande ampleur. Pour ce faire, il ne manque au virus qu’une chose : la capacité à se transmettre d’humain à humain de manière efficace. Jusqu’à présent, la plupart des infections humaines par cette souche provenaient de contacts avec des oiseaux contaminés.
C’est pourquoi la mort soudaine de tant d’otaries inquiète : une telle mortalité pourrait être le signe que la grippe aviaire s’est propagée d’un individu à l’autre. « Si cela se confirme, ce serait un fait de la plus haute importance, indique Martin Blackledge, directeur adjoint de l’Institut de biologie structurale. Cela voudrait dire que le virus est en train de s’adapter aux mammifères. » Et voilà que nos souvenirs de l’atroce année 2020 reviennent nous hanter.
La fin de l’optimisme
Qu’elle semble loin cette époque dorée, les années 1950 et 1960, lorsque les médecins et les autorités sanitaires des pays développés pensaient que la menace des maladies infectieuses serait bientôt du passé. « On voyait les progrès de l’hygiène, de l’infrastructure hospitalière, des vaccins et des antibiotiques. On venait d’un énorme succès contre la polio. C’était bon, on avait tout compris, il était temps de passer à autre chose », ironise Serge Morand, directeur de recherche au laboratoire Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle.
]]>Covid : une dixième vague se profile, mais avec peu d’incidence sur les hôpitaux | Les Echos
▻https://www.lesechos.fr/politique-societe/societe/covid-une-dixieme-vague-se-confirme-en-france-1920560
Cette nouvelle vague coïncide avec la progression d’un nouveau sous-variant d’#Omicron, #XBB.1.5, qui remplace progressivement BQ.1.1, responsable de la précédente vague. Le XBB.1.5 est désormais majoritaire, avec 59 % des séquences génétiques réalisées en France, contre 55 % début mars.
Santé publique France, dans un point sur les #variants émergents publié le 22 mars, souligne que le XBB.1.5 « semble bénéficier d’un avantage de croissance, qui pourrait être lié à un échappement immunitaire important (commun à tous les XBB) et à une augmentation de transmissibilité conférée par une mutation de sa protéine Spike ». « Il a cependant une sévérité similaire aux autres variants circulant », souligne l’agence publique.
Cette nouvelle vague n’a pour l’heure pas de conséquences sur l’hôpital. Au contraire, la semaine dernière alors que les passages aux urgences pour suspicions de Covid étaient en hausse de 14 %, les nouvelles hospitalisations étaient en baisse de 11 %, et les nouvelles admissions en service de soins critiques en recul de 30 %.
]]>How much virus does a person with COVID exhale ? New research has answers
▻https://www.nature.com/articles/d41586-022-02202-z
Article non encore accepté.
Remarque : seules les particules inférieures ou égales à 5 microns ont été considérées comme des #aérosols par les auteurs
The infected people faced into a cone-shaped apparatus and sang and shouted — with inevitable coughs and sneezes in between — for 30 minutes, while an attached machine collected the particles they exhaled. The device, called a Gesundheit-II, separated out the fine ‘aerosol’ droplets measuring 5 micrometres or less in diameter, which can linger in the air and leak through cloth and surgical masks.
[…]
“This research showed that all three of those #variants that have won the infection race … come out of the body more efficiently when people talk or shout than the earliest strains of the coronavirus,” says John Volckens, a public-health engineer at Colorado State University in Fort Collins.
Study co-author Kristen Coleman, who researches emerging infectious diseases at the University of Maryland in College Park, says this means that people should be “pushing governments to invest in improving indoor air quality by improving #ventilation and filtration systems”.
[…]
The study also highlights variation between individuals in the amounts of exhaled virus, which ranged from non-detectable levels to those associated with ‘superspreaders’. One Omicron-infected participant, for example, shed 1,000 times as much viral RNA through fine aerosol as the maximum level observed in those with Alpha or Delta. The researchers say that the root of these discrepancies remains a mystery but could be related to biological factors such as a person’s age. Behaviour might play a part, too: the study’s superspreader coughed more frequently than others.
If new variants are more prone to superspreading, that might drive them to dominate #COVID-19 cases. The team notes that people infected with SARS-CoV-2 exhale much lower amounts of viral RNA than do people infected with influenza, a comparable airborne disease. This suggests that #SARS-CoV-2 could spin off variants that transmit even more virus.
“That is something to be concerned about,” says Alsved.
]]>Why call it BA.2.12.1? A guide to the tangled Omicron family
▻https://www.nature.com/articles/d41586-022-01466-9
Given all these #variants, is #SARS-CoV-2 evolving more rapidly than other viruses?
Not necessarily, Rambaut says. Researchers are finding an incredible amount of diversity in SARS-CoV-2, but they’re also sequencing this virus at an unprecedented rate. A record 11 million SARS-CoV-2 genomes have been uploaded to the popular GISAID data platform since January 2020. By contrast, researchers have uploaded about 1.6 million sequences of the influenza virus to GISAID’s EpiFlu database since May 2008.
Still, Rambaut says, many questions remain about how SARS-CoV-2 is evolving, because sequencing is nearly absent in some parts of the world, and some countries with raging outbreaks are scaling back genomic surveillance.
Could Omicron’s subvariants, such as BA.4, eventually receive Greek names?
Yes, although it hasn’t happened yet. Some researchers argue that the Omicron subvariants currently fuelling surges, such as BA.4 and BA.2.12.1, deserve simpler names to aid communication with governments and the public at a time when regard for COVID-19 control measures, such as face masks, is waning. They also point out that unlike Delta’s subvariants — which were not discussed much in the media — BA.4 and BA.2.12.1 can overcome immunity provided by earlier infections with other Omicron subvariants. This was unexpected, says Houriiyah Tegally, a bioinformatician at the Centre for Epidemic Response and Innovation in Stellenbosch, South Africa. “ Everyone thought that only new variants would cause new waves, but now that we’re seeing that Omicron can do it, maybe we should adapt the system of naming ,” she suggests.
But the WHO is so far resisting this idea. WHO virologist Lorenzo Subissi says that the capacity for immune evasion isn’t wildly different between Omicron subvariants. He adds that the agency’s assessment could change if future studies prove that an Omicron subvariant causes more severe disease than other Omicron varieties. The technical lead of the WHO’s COVID-19 response, Maria Van Kerkhove, adds that the agency also doesn’t recommend swapping a technical label for a Greek name in the hope of spurring leaders to take the ongoing pandemic more seriously. “This is already a scary virus, it is still killing huge numbers of people unnecessarily,” she says, suggesting that world leaders should already be paying attention.
]]>Après infection par #Omicron, quelle réponse immunitaire contre d’autres #variants chez les vaccinés et non-vaccinés ? – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/03/28/infection-par-omicron-quelle-reponse-contre-dautres-variants-chez-les-vaccin
« Par conséquent, les personnes non vaccinées qui sont infectées par le variant BA.1 Omicron, sans avoir été antérieurement infectées par le #SARS-CoV-2, pourraient ne pas être suffisamment protégées contre une infection par un variant SARS-CoV-2 autre qu’Omicron. Pour une protection complète, la vaccination est requise ».
Cette conclusion est similaire à celle à laquelle parviennent les scientifiques sud-africains dont les résultats, publiés Cell Host and Microbe, montrent qu’une infection par le variant Omicron après #vaccination (breakthrough infection) s’accompagne d’une augmentation de l’immunité neutralisante croisée vis-à-vis d’autres variants préoccupants. Selon les chercheurs de Johannesburg, leurs résultats suggèrent qu’il existe dans le groupe non vacciné un risque de réinfection par d’autres variants qui continuent de circuler et d’évoluer en Afrique du Sud. Cette conclusion est également celle à laquelle sont parvenus des chercheurs américains au terme d’une étude publiée le 17 mars 2002 dans Cell et que je relatais dans mon précédent billet de blog.
Implications vaccinales
Les résultats par les chercheurs sud-africains ont des implications concernant le développement de #vaccins anti-#Covid-19 de seconde génération qui seraient adaptés au variant Omicron. En effet, il semble qu’il y ait peu de bénéfices sur le plan immunitaire à en attendre sur d’autres variants du fait de la faible #immunité croisée mise en évidence chez des individus n’ayant jamais été infectés.
Si des vaccins basés sur la séquence d’Omicron peuvent représenter des rappels adéquats, il est donc en revanche peu probable qu’ils soient supérieurs aux vaccins actuels pour la primo-vaccination d’individus immunologiquement naïfs, autrement dit n’ayant jamais été auparavant infectés par le SARS-CoV-2, estiment les chercheurs sud-africains.
Il a en effet été montré que des souris immunisées par Omicron ne développent pas une réponse immunitaire dirigée contre d’autres variants préoccupants. De plus, l’immunisation de souris avec un vaccin à ARN messager basé sur Omicron (séquence RBD, domaine de liaison au récepteur) n’entraîne qu’une réaction immunitaire ciblée sur ce variant. Enfin, une étude conduite sur des macaques rhésus a montré qu’un rappel avec un vaccin à ARN messager basé sur la séquence Omicron s’est montré moins efficace que le vaccin mRNA-1273 (celui de Moderna). Les titres en anticorps étaient moins élevés après administration d’un rappel avec un vaccin adapté à Omicron que lorsque celui-ci reposait à nouveau sur le vaccin mRNA-1273 (rappel homologue).
« Globalement, ces données suggèrent qu’un rappel avec un vaccin spécifique d’Omicron chez des individus, ayant ou non une immunité préexistante [du fait d’une infection antérieure] n’est sans doute pas supérieur aux vaccins actuellement existants », concluent les chercheurs sud-africains.
]]>Comment le variant Omicron BA.2 a repoussé les limites initiales du Covid-19
▻https://theconversation.com/comment-le-variant-omicron-ba-2-a-repousse-les-limites-initiales-du
Si l’épidémie de Covid est passée au second plan de l’actualité, elle n’en est pas finie pour autant. Le SARS-CoV-2 continue de circuler et d’évoluer rapidement. Chercheurs au sein de l’unité « Maladies infectieuses et vecteurs : Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle » (Université de Montpellier, CNRS, IRD), Mircea Sofonea, maître de conférences, et Samuel Alizon, directeur de recherche, spécialistes de l’épidémiologie et de l’évolution des maladies infectieuses, font le point sur Omicron maintenant qu’il a conquis le monde. Comment expliquer ses sous-variants, que sait-on désormais de ses capacités et de l’efficacité de notre système immunitaire face aux futurs variants ?
]]>Antigenic evolution will lead to new #SARS-CoV-2 #variants with unpredictable severity | Nature Reviews Microbiology
▻https://www.nature.com/articles/s41579-022-00722-z
The comparatively milder infections with the Omicron variant and higher levels of population immunity have raised hopes for a weakening of the pandemic. We argue that the lower severity of Omicron is a coincidence and that ongoing rapid antigenic evolution is likely to produce new variants that may escape immunity and be more severe.
]]>#Omicron : une biologie et une dynamique virale différentes de celles observées chez les précédents variants – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/02/09/omicron-une-biologie-et-une-dynamique-virale-differentes-de-celles-observees
Dans ce billet de blog, je vous invite, à travers les données issues d’articles publiés ces dernières semaines, à comprendre les moyens utilisés par la recherche pour explorer les propriétés biologiques et virologiques d’Omicron. Celles-ci révèlent en quoi ce nouveau variant du #SARS-CoV-2 est atypique.
L’objectif des chercheurs est de comprendre comment les multiples mutations présentes dans sa protéine spike altèrent la structure de cet élément clé de la particule virale et modifient la biologie de ce variant en comparaison avec les autres. La connaissance de ces mécanismes moléculaires – qui sous-tendent à la fois sa transmissibilité, son attachement au récepteur cellulaire, sa capacité d’échappement immunitaire – est d’une importance capitale pour concevoir et développer des stratégies thérapeutiques et vaccinales contre ce variant et ceux qui continueront à émerger.
Une origine hypothétique
Depuis le début de la pandémie Covid-19, aucun variant préoccupant du SARS-CoV-2 n’avait accumulé autant de mutations et entraîné un tel échappement immunitaire qu’Omicron. Ce nouveau variant renferme 37 mutations sur sa protéine spike, en comparaison avec le variant Gamma qui en comporte 12 et qui représentait jusqu’à présent le variant le plus muté.
Après avoir été identifié en novembre 2021 en Afrique australe, Omicron a rapidement diffusé à travers le monde, allant souvent jusqu’à prendre le pas sur Delta et infecter des personnes doublement vaccinées.
À ce jour, on ignore comment le variant Omicron a pu émerger. Plusieurs hypothèses ont été proposées. Selon la première, ce variant est apparu chez une personne atteinte d’une infection chronique par le SARS-CoV-2. Cette situation s’observe chez des individus immunodéprimés, notamment ceux infectés par le virus du sida (VIH) ou ayant reçu une greffe nécessitant la prise d’un traitement immunosuppresseur. Deux équipes sud-africaines indépendantes ont notamment décrit le cas de deux femmes atteintes de sida, âgées d’une trentaine d’années et de 22 ans et dont la maladie à VIH n’était pas contrôlée par les antirétroviraux. Chez ces patientes immunodéprimées, l’infection prolongée par le SARS-CoV-2 a conduit à l’accumulation dans le génome du coronavirus d’une vingtaine et d’une trentaine de mutations.
Autre hypothèse : Omicron serait la conséquence du passage du virus de l’homme à l’animal puis de l’animal à l’homme. (...)
]]>Nextstrain / ncov / gisaid / global / 2022-01-26
▻https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global/2022-01-26?branchLabel=none&f_clade_membership=21A%20%28Delta%29,21C%20%
« Il était dommage de représenter les résultats des trois catégories vaccinales avec des axes différents ; j’en ai profité pour réfléchir à une visualisation alternative de ces mêmes données DREES, mettant l’accent sur l#'efficacité-vaccinale, puis sur la #comparaison entre #variants »
Interesting report (in French) about the relative risk of hospitalisation / death associated to infection with Delta and Omicron.
Risk of death (in hospital). Upper panel: unvaxxed; middle: 2xdose; lower: 3xdose.
Please note Y axes not to scale (!)
▻https://drees.solidarites-sante.gouv.fr/sites/default/files/2022-01/2022-01-28%20-%20Appariements%20sivic-sidep-vacsi%20Dre…
▻https://twitter.com/BallouxFrancois/status/1487035279848390668
]]>#conjoncture_covid : samedi 15 janvier 2022
les journées se suivent sans se ressembler : correction à la hausse sur les 3 séries, plus marquée pour entrées en réanimation et décès
• séries corrigées des variations hebdomadaires
• les séries rejoignent l’extrapolation de référence,
en regardant les prolongations des MM7, on note bien les inflexions sur les 3 séries, en gros à partir de samedi dernier
pour les hospitalisations, un net ralentissement
pour les réanimations, une légère baisse
pour les décès, plutôt un plateau
BioNTech and AI start-up develop tool to predict high-risk coronavirus #variants | Financial Times
▻https://www.ft.com/content/dc8f8040-c9ce-43be-9b6c-c276930064d4
Thread by FLAHAULT on Thread Reader App – Thread Reader App
▻https://threadreaderapp.com/thread/1481379139391217679.html
1/10 - “A new early warning system can predict the highest-risk coronavirus variants simply from their genetic code, alerting health authorities and vaccine developers to the potential risks months before they spread, according to a study.”
ft.com/content/dc8f80…
2/10 - “The AI-based program, developed by BioNTech and north African AI start-up InstaDeep, identified more than 90% of VOCs, including the highly transmissible #Omicron strain, on average two months before their designation by the WHO.”
3/10 - “The results from the study show that the program can evaluate the risks of new variants from their spike proteins within minutes, and monitor them as they evolve nearly in real time.”
[…]
#IA
]]>Theo Sanderson sur Twitter : “Rise and fall of #SARS-CoV-2 dynasties” / Twitter
▻https://twitter.com/theosanderson/status/1480600931364442114
▻https://video.twimg.com/ext_tw_video/1480600881053802499/pu/vid/576x360/zbnID3srWvJ4Uyt1.mp4?tag=12
#Covid-19 : ce que l’on sait de la sévérité de l’infection à #Omicron – Marc Gozlan
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/01/03/covid-19-ce-que-lon-sait-de-la-severite-de-linfection-a-omicron
Quel impact le variant Omicron a-t-il sur le taux des admissions et des hospitalisations ? Ce nouveau variant, initialement identifié au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, est-il aussi dangereux que le précédent variant Delta ? Plusieurs études, en provenance d’Afrique du Sud et du Royaume-Uni, ont été publiées. L’occasion de faire un point épidémiologique sur ce que l’on sait et sur ce qui reste à déterminer.
en prenant pour indicateurs les hospitalisations, la réanimation, les décès plusieurs études donnent à penser qu’omicron pourrait être bien moins pathogène que les précédents, sous réserve des difficultés à évaluer cela en fonction du nombre de réinfection, des disparités de la couverture vaccinale, de pyramide des âges fort distinctes.
]]>Selon le directeur de l’OMS, de nouveaux #variants pourraient être « totalement résistants » aux vaccins actuels ou à une infection antérieure ▻https://www.forbes.fr/societe/selon-le-directeur-de-loms-de-nouveaux-variants-pourraient-etre-totalement-re
]]>US Army Creates Single Vaccine Against All #COVID & #SARS Variants, Researchers Say - Defense One
▻https://www.defenseone.com/technology/2021/12/us-army-creates-single-vaccine-effective-against-all-covid-sars-variants/360089
The achievement is the result of almost two years of work on the virus. The Army lab received its first DNA sequencing of the #COVID-19 virus in early 2020. Very early on, Walter Reed’s infectious diseases branch decided to focus on making a vaccine that would work against not just the existing strain but all of its potential #variants as well.
]]>Covid-19 : on vous explique pourquoi le nouveau variant détecté en Afrique du Sud est considéré comme « une menace majeure » - ladepeche.fr
▻https://www.ladepeche.fr/2021/11/25/covid-19-on-vous-explique-pourquoi-pour-le-nouveau-variant-detecte-en-afri
Le variant B.1.1.529 présente un nombre « extrêmement élevé » de mutations et « nous pouvons voir qu’il a un potentiel de propagation très rapide », a déclaré le virologue Tulio de Oliveira, lors d’une conférence de presse en ligne chapeautée par le ministère de la Santé. Son équipe de l’institut de recherche KRISP, adossé à l’Université du Kwazulu-Natal, avait déjà découvert l’année dernière le variant Beta, très contagieux.
]]>Les traitements #anti-Covid-19 vont-ils créer des virus mutants ?
▻https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-traitements-anti-covid-19-vont-ils-creer-virus-mutants-
Le #molnupiravir agit contre le virus en créant de multiples erreurs dans son ADN, ce qui est censé aboutir à un virus non fonctionnel. Mais pour William Haseltin, un virologue de l’université de Harvard connu notamment pour ses recherches sur le virus du Sida, ce médicament pourrait induire des mutations dangereuses et ainsi faire le lit de nouveaux #variants plus résistants. « Le molnupiravir a le potentiel mutagène pour altérer les fonctions du virus, mais pas pour l’empêcher de se répliquer et donner naissance à un futur variant dominant ».
]]>Nouveaux #variants du #Covid-19 : « Nous ne connaissons toujours pas le potentiel évolutif de ce virus » – Libération
▻https://www.liberation.fr/societe/sante/nouveaux-variants-du-covid-19-nous-ne-connaissons-toujours-pas-le-potenti
[Le virologue à l’Institut Pasteur] Etienne Simon-Lorière relève que « le risque d’apparition d’un #variant est réduit grâce à l’augmentation de la proportion de personnes immunisées. Les infections des personnes vaccinées – souvent plus de 5 ou 6 mois après la deuxième dose – sont de plus courte durée et intensité, ce qui réduit les occasions du virus de faire des erreurs et qu’un nouveau variant soit transmis ».
« Ceci est à pondérer avec une partie de la population mondiale qui n’a pas eu la chance d’avoir accès au vaccin. Ensuite, on ne sait pas encore si ce coronavirus pourra évoluer pour échapper suffisamment au système immunitaire tout en conservant une bonne capacité de transmissibilité, et se diffuser de façon significative dans la pandémie », poursuit-il.
Les variants alpha et delta avaient pour point commun d’être 50% plus transmissibles que le variant dominant. Est-il vraiment possible de voir arriver un variant 50% plus transmissible que delta ? .
« Il est difficile de répondre à cette question. Nous ne connaissons pas le potentiel évolutif de ce virus. Il est vrai que delta nous pose déjà beaucoup de problèmes. Plus le virus circule, plus le hasard peut générer des combinaisons de mutations et peut-être que l’une d’entre elles lui permettra de battre delta. Ou peut-être le pic a-t-il déjà été atteint… ».
Pour un spécialiste de l’évolution des génomes des virus comme vous, cette pandémie est une grande première. Jamais l’émergence d’un virus n’a été aussi documentée. Quelle leçon en tirez-vous ?.
« Dans beaucoup de pays, les efforts de séquençage ont atteint un volume très élevé. A tel point que l’on voit les limites des outils que l’on utilisait jusqu’ici. Jusqu’à présent les plus gros jeux de données dont nous disposions pour le VIH, Ebola, ou la grippe comportaient seulement quelques milliers de séquences. Pour le #Sars-CoV-2, on en a déjà presque 5 millions ! On est obligé de développer des nouveaux outils ; la communauté scientifique se demande si l’on a vraiment besoin d’autant de séquences, ou si l’on peut capturer les mêmes paramètres épidémiologiques et d’évolution avec une fraction de ces données ».
]]>Evaluation of the relative virulence of novel #SARS-CoV-2 #variants: a retrospective cohort study in Ontario, Canada | CMAJ
▻https://www.cmaj.ca/content/early/2021/10/04/cmaj.211248
Results: Our cohort included 212 326 people. Compared with non-VOC SARS-CoV-2 strains, the adjusted elevation in risk associated with N501Y-positive variants was 52% (95% confidence interval [CI] 42%–63%) for hospitalization, 89% (95% CI 67%–117%) for ICU admission and 51% (95% CI 30%–78%) for death. Increased risk with the Delta variant was more pronounced at 108% (95% CI 78%–140%) for hospitalization, 235% (95% CI 160%–331%) for ICU admission and 133% (95% CI 54%–231%) for death.
Interpretation: The increasing #virulence of SARS-CoV-2 VOCs will lead to a considerably larger, and more deadly, pandemic than would have occurred in the absence of the emergence of VOCs.
]]>Effectiveness of mRNA BNT162b2 COVID-19 vaccine up to 6 months in a large integrated health system in the USA: a retrospective cohort study - The Lancet
▻https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02183-8/abstract
Findings
Between Dec 14, 2020, and Aug 8, 2021, of 4 920 549 individuals assessed for eligibility, we included 3 436 957 (median age 45 years [IQR 29–61]; 1 799 395 [52·4%] female and 1 637 394 [47·6%] male). For fully vaccinated individuals, effectiveness against #SARS-CoV-2 infections was 73% (95% CI 72–74) and against #COVID-19-related hospital admissions was 90% (89–92).
Effectiveness against infections declined from 88% (95% CI 86–89) during the first month after full vaccination to 47% (43–51) after 5 months. Among sequenced infections, vaccine effectiveness against infections of the #delta variant was high during the first month after full vaccination (93% [95% CI 85–97]) but declined to 53% [39–65] after 4 months.
Effectiveness against other (non-delta) #variants the first month after full vaccination was also high at 97% (95% CI 95–99), but waned to 67% (45–80) at 4–5 months.
Vaccine effectiveness against hospital admissions for infections with the delta variant for all ages was high overall (93% [95% CI 84–96]) up to 6 months.
Interpretation
Our results provide support for high effectiveness of BNT162b2 against hospital admissions up until around 6 months after being fully vaccinated, even in the face of widespread dissemination of the delta variant. Reduction in vaccine effectiveness against SARS-CoV-2 infections over time is probably primarily due to waning immunity with time rather than the delta variant escaping vaccine protection.
Funding
Pfizer.
]]>#Covid-19 : étude sur l’efficacité de la mémoire immunitaire après #vaccination ARNm pour reconnaître les variants du #SARS-CoV2 – Salle de presse | Inserm
▻https://presse.inserm.fr/covid-19-etude-sur-lefficacite-de-la-memoire-immunitaire-apres-vaccination-arnm-pour-reconnaitre-les-variants-du-sars-cov2/43817
Cette étude démontre que les patients infectés lors de la première vague maintiennent une réponse mémoire stable jusqu’à 12 mois, et développent, après une dose de vaccin, une excellente mémoire sérologique et cellulaire capable de reconnaitre et de neutraliser les #variants Beta et Delta du SARS-Cov-2.
Chez les patients « naïfs » de toute infection, c’est à dire n’ayant jamais été infectés par le virus, la qualité de la réponse sérologique est initialement moins efficace vis-à-vis de ces variants. Néanmoins le pool de cellules à mémoire généré après la vaccination s’améliore au cours du temps et surtout contient des cellules capables de reconnaître et de neutraliser les variants actuels du SARS-CoV-2.
Source : mRNA vaccination of naive and COVID-19-recovered individuals elicits potent memory B cells that recognize SARS-CoV-2 variants : Immunity
▻https://www.cell.com/immunity/abstract/S1074-7613(21)00396-4
Le problème est qu’il n’y a pas eu une étude de corrélation entre le taux d’infections/#réinfections ( et leur sévérité ) et ces données biologiques.
]]>Thread très intéressant de “OSS 117 : Helsinki se révolte”. Je vous mets la partie qui m’a intéressée, concernant l’immunité de groupe :
▻https://twitter.com/OSS117_Helsinki/status/1434954780443615238
[…]
Et il faut revenir sur le sketch que l’on nous fait sur l’immunité de groupe.
NON, LES SCIENTIFIQUES NE SE SONT PAS TROMPÉS SUR L’IMMUNITÉ DE GROUPE.
Faut arrêter avec ça aussi.
Déjà, l’immunité de groupe, par concept, est un taux pour lequel les non-vaccinés sont protégés par les vaccinés. Si vous êtes vaccinés, l’immunité de groupe, vous vous en moquez.
A 100% de vaccinés, l’immunité de groupe ça n’existe pas.
Donc les antivax qui ricanent sur l’absence d’immunité de groupe, en fait, c’est dommage pour vous car ça veut dire qu’il faudra vous faire vacciner car les vaccinés ne pourront pas compenser votre bêtise.
Vous riez encore ?
L’immunité de groupe était atteignable (atteinte ?) avec la souche ancestrale. Là les scientifiques ont vu juste.
Possiblement, elle l’était aussi avec les variants SudAf, britannique et brésilien. Pas avec l’indien
Et vous savez quoi ? Les scientifiques ne lisent pas l’avenir.
Quand le vaccin a été fabriqué, le variant indien n’existait pas. Ce n’est pas pour rien qu’on vous dit que c’est une course contre la montre et qu’il faut se faire vacciner pour empêcher l’apparition des variants. Sinon, on aura un train de retard à chaque fois.
On demande donc au vaccin aujourd’hui d’être efficace sur un variant pour lequel il n’a pas été positionné. C’est du repositionnement en quelque sorte 😈 (Mode troll activé).
En attendant, les vaccins multivalents arrivent qui eux seront positionnés sur les variants. Là, il sera possible que l’on reparle à nouveau d’une immunité de groupe pour les non-vaccinés.
Conclusion : pour l’instant, les vaccinés ne peuvent pas protèger les non-vaccinés avec un vaccin ciblant la souche ancestrale, à cause du variant delta. Les politiques de santé publique visent donc le 100% de vaccinés.
Avec les multivalents, ces politiques pourrait être révisées
]]>#Mutation rate of #COVID-19 virus is at least 50 percent higher than previously thought
▻https://phys.org/news/2021-08-mutation-covid-virus-percent-higher.html
[…] according to a new study by scientists from the Universities of Bath and Edinburgh. Their findings indicate that new #variants could emerge more quickly than thought previously.
]]>#Belgique : Mouscron : les salles de sport belges attirent un public français dépourvu de pass sanitaire
▻https://www.rtbf.be/info/regions/hainaut/detail_mouscron-les-salles-de-sport-belges-attirent-un-public-francais-depourvu
Ils sont Français, fans de sport et ils n’ont pas de pass sanitaire. Dans leur pays, les salles de sport leur sont inaccessibles. Comme ils n’habitent pas trop loin de la frontière, ils la traversent pour venir faire leurs exercices dans des salles belges, comme à Mouscron. « C’est super pratique » nous explique une cliente de la chaîne Basic-Fit. « Mon abonnement est également valable en Belgique. Je peux continuer à me maintenir en forme en venant ici. Sinon j’aurais dû résilier mon abonnement ».
Cet afflux de Français ne concerne qu’"un nombre très limité de clubs frontaliers", précise Kevin Ayeni, responsable marketing Benelux de la célèbre chaîne de salles de sport. Dans ces lieux-là, les créneaux horaires se remplissent plus rapidement. "J’ai remarqué qu’il y avait énormément de places en France, du côté de Tourcoing, par exemple, note une cliente qui vit en Belgique. Par contre, ici, à Mouscron, j’ai dû m’y prendre deux jours à l’avance pour avoir un créneau ce matin. C’est compliqué".
« Je me sens en sécurité »
C’est davantage ce délai qui pose problème aux clients belges qu’une question de sécurité. « Personnellement, je me sens en sécurité », poursuit notre interlocutrice. "Tout le monde désinfecte sa zone. Avant, après, tout le monde porte le masque. Un appareil sur deux ne fonctionne pas pour qu’on puisse avoir de l’espace…"
Chez Universal Fitness, une autre salle mouscronnoise, on accueille les nouveaux arrivants à bras ouverts : « On a des nouveaux inscrits pour la rentrée qui viennent de Lille ou même de plus loin », explique Deborah Devooght, propriétaire de l’établissement. "Certains sont prêts à faire près d’une heure de route pour faire leur sport sans pass sanitaire".
Patron de salle, pas gendarme
Ici, on sait que la frontière crée des appels d’air dans l’un ou l’autre sens. Et on ne voit pas pourquoi il faudrait faire preuve de discrimination avec ce public français. « On ne demande pas aux Belges s’ils sont vaccinés ou pas. Donc, les Français ne sont pas plus dangereux que les Belges. On ne va pas leur demander s’ils ont le pass ou pas. Ce n’est pas notre rôle d’enquêter. » Mais c’est leur responsabilité de limiter les risques de transmission. Et pour cela, « On appliquera des règles plus strictes, malgré les assouplissements en vigueur. »
#Fitness #pass_sanitaire #frontiéres #covid-19 #variants #vaccins #vaccination #sars-cov-2 #vaccin #variant #coronavirus #sars-cov2 #santé #covid
Quelle est l’origine des variants et des épidémies successives ?
▻https://www.youtube.com/watch?v=mS9VscGwad4
Impacts des #voyages et de la #mondialisation , élevages de #visons #Mayenne #épidémies successives
#covid-19 #variants #vaccins #vaccination #sars-cov-2 #vaccin #variant #coronavirus #sars-cov2 #santé #covid
Durability of mRNA-1273 vaccine–induced antibodies against #SARS-CoV-2 #variants | Science
▻https://science.sciencemag.org/content/early/2021/08/11/science.abj4176.full
SARS-CoV-2 #mutations may diminish vaccine-induced protective immune responses, particularly as antibody titers wane over time. Here, we assess the impact of SARS-CoV-2 variants B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1 (Gamma), B.1.429 (Epsilon), B.1.526 (Iota), and B.1.617.2 (Delta) on binding, neutralizing, and ACE2-competing antibodies elicited by the vaccine mRNA-1273 over seven months. Cross-reactive neutralizing responses were rare after a single dose. At the peak of response to the second vaccine dose, all individuals had responses to all variants. Binding and functional antibodies against variants persisted in most subjects, albeit at low levels, for 6-months after the primary series of the mRNA-1273 vaccine. Across all assays, B.1.351 had the lowest antibody recognition. These data complement ongoing studies to inform the potential need for additional boost vaccinations.
]]>A ‘mix and match’ approach to #SARS-CoV-2 #vaccination | Nature Medicine
▻https://www.nature.com/articles/s41591-021-01463-x
Although triggered by the unfortunate interruption in the use of adenovirus-based vaccines, cross-platform mixed-dosing strategies have demonstrated advantageous immunogenicity outcomes, as measured by both humoral responses and cellular responses to the original SARS-CoV-2 and its #variants. These innovative vaccine-dosing schedules may be required both as proof against vaccine supply interruptions and for maximizing immune responses, which in turn will help to reduce the transmission of emerging variants and protect immunocompromised people.
]]>Sortons du « pass » et de l’impasse sanitaire – Pétition
▻https://www.liberation.fr/idees-et-debats/tribunes/sortons-du-pass-et-de-limpasse-sanitaire-20210804_VDDY3DSABFH5JLL4BBKXWFQ
Dépassé, le gouvernement choisit d’imposer une vaccination tous azimuts qui laisse de côté les éternels oubliés. Une autre approche est possible : une politique de santé de proximité qui vise prioritairement les publics vulnérables, estiment la philosophe Barbara Stiegler, les députés François-Xavier Bellamy (LR) et François Ruffin (LFI) et des soignants.
Nous, soignants, acteurs et chercheurs en santé, nous, parlementaires et élus, nous, citoyens, appelons au retrait du « pass sanitaire » car il transgresse les principes fondamentaux de l’éthique biomédicale et du droit des personnes. Il fracture en outre le corps social en deux camps qu’il rend ennemis. En cela, il ignore les principes de santé publique. En cela, il n’a rien de « sanitaire » puisqu’il risque plutôt de nous conduire à une impasse en creusant encore davantage les inégalités et laissant les personnes les plus vulnérables à la fois sans protection face au virus et sans voix pour exprimer leurs doutes ou leurs inquiétudes. En réalité, il existe une autre option qui, jusqu’ici, n’a pas été prise : déployer une véritable politique de santé de proximité, dont la vaccination est un des outils indispensables, mais qui ne peut en aucun cas être présentée comme la panacée qu’il faudrait imposer à toutes et tous.
Les vaccins contre le Covid-19 ont fait la preuve de leur efficacité pour la plupart des personnes vulnérables – âgées ou avec des comorbidités. Mais en laissant chaque individu face à des applications numériques improvisées, en retirant l’acte de la vaccination aux médecins et professionnels de proximité, en évinçant l’expertise de santé publique dès le début de la crise (1), on ne s’est pas suffisamment donné les moyens d’« aller vers » les plus concernés. On ne s’est pas plus donné les moyens d’entendre les questions et les doutes des personnes, comme l’exige le « consentement libre et éclairé » inhérent à tout acte de soin, accroissant sans doute la méfiance actuelle des hésitants vaccinaux. Résultat : la France est la lanterne rouge de l’Europe de l’Ouest pour la vaccination des plus âgés (2).
Dépassé, le gouvernement choisit d’imposer une vaccination tous azimuts en faisant montre d’autorité, qui laisse de côté les éternels oubliés et arrose le reste de la population. Ainsi, le vaccin est érigé en remède miracle pour pallier l’absence de stratégie de santé publique. Celle-ci appellerait au contraire une priorisation, un accompagnement et l’association des populations aux décisions qui les concernent.
Raisonnement de classe favorisée
On se retrouve ainsi avec des millions de personnes à faible risque vaccinées et des millions de personnes fragilisées sans protection vaccinale. Or, sur ces derniers, le chantage au QR code est souvent inopérant : brandir la carotte du TGV, du théâtre ou du restaurant est un raisonnement de classe favorisée, inadapté pour beaucoup de publics âgés, précaires, marginalisés.
Toucher ces populations suppose de formuler et déployer une vaccination sans barrière d’accessibilité et dont les enjeux sont compris. Bref, c’est faire tout le contraire de ce que propose le gouvernement, un cocktail de technologisme, de répression et d’abandon des publics qui sont à la fois les plus fragiles face au virus et les moins vaccinés. Au lieu de cela, le « pass sanitaire » soumet, sans sommation, ces publics ainsi que les enfants et les jeunes, déjà durement éprouvés par les confinements successifs, à une logique de chantage et de punition, les obligeant à trouver « vite leur dose » – souvent introuvable – s’ils veulent avoir le droit de continuer à vivre normalement, voire de garder leur emploi ou d’accéder à l’éducation. Ceci est d’autant plus déroutant qu’il n’est à ce jour pas prouvé que la vaccination massive des populations jeunes en bonne santé soit une bonne stratégie. Il s’agit plutôt d’un pari (3) : celui de faire baisser la circulation virale pour protéger les non-vaccinés et éviter la multiplication des variants, pari que les dernières données israéliennes et américaines sur la contagiosité des vaccinés sont en train de remettre en cause.
Par ailleurs, les vaccins n’ont pas, au vu des données disponibles à ce jour, démontré une balance bénéfice-risque favorable en termes individuels chez les adolescents en bonne santé. Des effets indésirables ont été déclarés dans plusieurs pays, notamment des myocardites, inflammations du muscle cardiaque, dont l’incidence et les effets à long terme restent à déterminer. Or, du point de vue de l’éthique, un bénéfice collectif, lui-même hypothétique, ne constitue pas à lui seul un motif suffisant. Enfin, rappelons de plus que, parce que les vaccins ne bénéficient pour l’heure que d’une autorisation de mise sur le marché temporaire, aucun gouvernement ne peut prendre le risque juridique de rendre ces nouveaux vaccins obligatoires. Par le « pass sanitaire », qui conduit à une obligation déguisée, le gouvernement français déplace en réalité une responsabilité qu’il se garde bien d’assurer lui-même, en particulier sur les parents.
Levée des brevets
Une vraie stratégie de santé publique serait de laisser vivre les jeunes et de mobiliser tous les moyens en direction des publics vulnérables. C’est ce que l’on appelle une approche proportionnée aux besoins. Il faut associer à cela des mesures de réduction des risques, en particulier pour limiter les contaminations en lieu clos. Le tout-vaccination oublie en effet toutes ces stratégies qui permettent de vivre en diminuant le risque pour soi et pour les autres.
La réponse ne peut enfin pas être exclusivement nationale. Nous affrontons une pandémie qui nécessite une réponse mondiale. Les inégalités dans l’accès aux vaccins aboutissent à ce que moins de 2% des personnes en Afrique soient aujourd’hui vaccinées. Refuser l’accès d’une immense partie de la population mondiale à toutes les armes pour lutter contre cette pandémie est non seulement non éthique, mais c’est une ineptie d’un point de vue sanitaire. Pour répondre à cette crise, il faut notamment renforcer les capacités de production au niveau mondial, lever les barrières associées aux brevets et favoriser les transferts de technologies.
En conclusion, ce « pass sanitaire » crée un précédent qui pourra être invoqué à chaque crise écologique ou sanitaire. Des milliers de manifestants se dressent contre ces mesures. Ces protestations sont trop souvent réduites dans les médias au seul discours d’antivax, de complotistes ou d’extrême droite, qui n’ont jamais été du côté des libertés ni de la santé publique. Veillons à ce que l’arbre ne cache pas la forêt. Nous appelons tous les médias éclairés et les mouvements collectifs – partis, syndicats, ligues, associations – à s’opposer au « pass sanitaire » et à demander de toute urgence la mise en œuvre d’une autre option : au lieu de l’autoritarisme et de la panique, le déploiement d’une véritable politique de santé qui mobilise les données scientifiques et qui favorise l’implication des citoyennes et citoyens.
]]>Protecting the Immune-Compromised Keeps Everyone Safe | WIRED
▻https://www.wired.com/story/protecting-the-immune-compromised-keeps-everyone-safe
This lack of consideration for immune-compromised people, from public health authorities and the public at large, is dangerous not only for the more than 10 million people with weakened immune systems but also for public health in general. The Alpha variant, as Science reported in December, almost certainly arose from an infection in an immune-compromised person whose prolonged battle against #Covid provided ample opportunity for the virus to evolve . Emerging evidence suggests that other #variants, possibly including Delta, could have evolved similarly, and a recent report from the UK warns of the potential for more variants to develop the same way.
]]>#SARS-CoV-2 #Variants and Vaccines | NEJM
▻https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMsr2105280
Given the emergence of immunity-evading variants even before vaccines were broadly deployed, it is hard to implicate vaccines or vaccine deployment strategies as the major drivers of immune evasion.
However, prolonged viral replication in the presence of partial immunity in immunocompromised persons or circumstances in which rapid transmission of high titers of virus occurs (e.g., crowded living conditions23) could have contributed to the development of variants that can at least partially escape human immune responses. The use of antibody-based treatments (e.g., monoclonal antibodies or convalescent plasma) in circumstances in which they are of limited or undemonstrated efficacy may further contribute to the evolution of variants of concern that could evade not only these but also other antibody responses.24 Partially effective interventions may therefore encourage viral evolution. In addition, the larger the number of infected persons, the greater the chance that new variants of concern will arise. Hence, effective public health strategies such as social distancing, the use of masks, and the targeted use of effective vaccines that reduce both infection and transmission can help to limit viral evolution. Limiting transmission in the general population is extremely important for slowing the emergence of additional variants of concern.
[…]
So far, there is no good evidence that currently identified variants of concern evade the most important vaccine effect — that of prevention of severe disease. describes key properties of and mutations in five selected variants. The fact that a few key amino acids in the spike protein have changed independently in variants identified in various parts of the world indicates that these are convergent changes and suggests that vaccines that incorporate these selected residues could cover several variants.
]]>The Coronavirus Variants Don’t Seem to Be Highly Variable So Far - Scientific American
▻https://www.scientificamerican.com/article/the-coronavirus-variants-dont-seem-to-be-highly-variable-so-far
No doubt you’ve heard about the novel coronavirus variants that are evolving around the world. There now appear to be more than a dozen versions of SARS-CoV-2, which are of varying degrees of concern because some are linked to increased infectivity and lethality while others are not. It’s easy to be overwhelmed by this diversity and to fear that we’ll never achieve herd immunity. Yet evidence is growing that these variants share similar combinations of mutations. This may not be the multifront war that many are dreading, with an infinite number of new viral versions.
I am an evolutionary microbiologist who studies how bacteria and viruses adapt to new environments or hosts. Like many microbiologists, my colleagues and I have turned our attention to understanding how SARS-CoV-2 is evolving adaptations for reproducing and transmitting in humans. Our favorite laboratory method is experimental evolution, where we grow multiple populations of microbes started from the same strain under identical conditions for weeks or months. We study problems like how antibiotic resistance evolves and how infections become chronic. The power of this method is that using multiple populations allows us to “replay the tape of life” and study how repeatable and ultimately predictable evolution might be.
One pattern we see is called convergent evolution, where the same trait emerges in different independent lineages over time, usually as they adapt to similar environments. Some of the best examples of convergent evolution include the sandy color of diverse desert animals; lobed swimming fins for whales, walruses, and manatees (which are actually distantly related); and even the ability for humans to digest lactose into adulthood, which arose several times in geographically isolated populations.
In the case of SARS-CoV-2, the complete genome sequences of viruses from thousands of patients enable us to look for convergent patterns. While most mutations are one-offs that go extinct, some establish new lineages that become more frequent as the virus succeeds in replicating and infecting many people. If the same part of the virus repeatedly mutates in different samples around the world and becomes more frequent, this mutation very likely encodes an adaptation that helps the virus reproduce and transmit.
With the benefit of increased genome surveillance of the coronavirus, several recent studies have identified signatures of convergent evolution. Here in the U.S. our laboratory found at least seven genetically independent lineages that acquired a mutation at one particular spot on the virus’s infamous spike protein, the one it uses to latch onto human cells. Spike has a sequence of linked amino acids, and the mutation occurs at position number 677. In the original SARS-CoV-2 this is the amino acid glutamine, abbreviated as Q.
In six lineages, this Q mutated to another amino acid, histidine (H) and is called 677H. In the seventh lineage, Q mutated to another amino acid, proline (P). Each lineage also has a mutation called S:614G, which was the first notable change in the virus to be identified several months ago and spread so widely it is now found in 90 percent of all infections. We named these seven U.S. lineages after common birds—“robin,” for example, and “pelican” —to help us distinguish and track them, and also to avoid creating prejudice by naming them after the areas where they were first detected.
Lineages outside the U.S. have also acquired 677H, including in Egypt, Denmark, India and a large cluster in Macedonia. A new variant of concern called B.1.525 also has 677H, as do several lineages that descended from B.1.1.7, one of the first worrisome versions to be spotted. The coincident, global emergence of S:677 mutations and their fivefold gain in prevalence offers strong evidence that these changes must improve viral fitness in some way. We don’t know how yet, but it is noteworthy that S:677 borders a region of the spike protein that helps the virus enter and infect human cells.
This is far from the only example of convergence in SARS-CoV-2. Mutations in at least eight different positions in the spike protein are simultaneously on the rise around the world, appearing in B.1.1.7 and in other major variants of concern known as B.1.351, P.1 and P.3. These variants share combinations of mutations at positions 18, 69–70, 417, 452, 501, 681 and a particularly concerning E484K mutation that evades neutralizing antibodies. For this reason, two of the leading scientific websites (▻http://covariants.org and ▻http://outbreak.info) that track variants now report these shared, defining mutations to simplify and consolidate our attention. The U.S. Centers for Disease Control and the media have been slow to follow the importance of these key mutations, but this is changing, because it is these changes that likely alter virus functions such as contagiousness or the ability to evade vaccines.
One way to envision this type of convergent evolution is as a game of Tetris, where a limited number of building blocks can be assembled in different ways, in different combinations, to achieve the same winning structures. For example, it is now known that the combination of mutations in B.1.1.7 make it especially contagious, and that the B.1.351 lineage can evade antibodies because of E484K.
Because many newly discovered variants appear to be resampling the mutations found in other established variants, we can speculate that the virus is beginning to run out of new, major adaptations. But this doesn’t mean that that the forces of evolution will stop as we begin to approach herd immunity and loosen restrictions. History tells us that viruses can evolve rapidly to evade barriers to transmission, especially when infections remain numerous. We must remember that the more infections there are, the more chance mutations will occur, and those that best help the virus to survive will proliferate. This is why stopping new infections is key. These viral adaptations are already rewriting our biology textbooks on convergent evolution; let’s strive to limit new material.
It’s also critical that we make significant investments in building an early-warning system to detect new #SARS-CoV-2 variants as well as many other emerging pathogens, both known and yet to be discovered. Viral genome surveillance and sequencing is the key. The reason why many variants have been detected in the U.K. is because of visionary investments by researchers and public health officials in these technologies.
In the U.S., a significant influx of money to the CDC from the new federal stimulus package is already increasing the frequency with which researchers can sequence and analyze virus samples. This must be sustained by building the public health expertise and research infrastructure to decode genetic changes in the virus and anticipate the need for future vaccine modifications. It was basic science that provided hope in this pandemic through new vaccine technology; and given renewed support it will also be our guardian against future threats.
]]>Une synthèse d’une étude chinoise sur le potentiel de transmission du variant delta et sur sur sa capacité à engendrer des mutations.
Covid-19 : une étude chinoise souligne l’ampleur de la charge virale à la phase précoce de l’infection par le variant Delta – Réalités Biomédicales
►https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/07/17/covid-19-une-etude-chinoise-souligne-lampleur-de-la-charge-virale-a-la-phase
Sur le plan épidémiologique, les chercheurs ont observé une différence notable avec les infections dues à la souche historique de Wuhan et d’autres variants préoccupants. Ils ont en effet observé un raccourcissement du temps moyen entre deux contaminations dans une chaîne de transmission, c’est-à-dire le temps qu’il faut pour qu’une personne nouvellement infectée en infecte une autre. Plus cet intervalle (appelé intervalle sériel) est court, plus la dynamique de l’épidémie est rapide. L’intervalle sériel n’était que de 2,3 jours en moyenne alors qu’il était, selon les études, compris entre 5,5 et 7,5 jours à Wuhan en 2020.
Yan Li, Jun Yuan, Jianfeng He, Jing Lu et leurs collègues ont ensuite évalué le niveau des charges virales lors du premier test PCR positif. Ils révèlent que les charges virales ont été 1 260 fois plus élevées que celles enregistrées lors des infections par les souches historiques 19A et 19B le jour où le SARS-CoV-2 a été pour la première fois détecté*
.../...
À partir des données du séquençage génomique, les chercheurs chinois ont évalué la diversité intra-hôte qui traduit la coexistence chez un même individu, à côté du virus dominant, de virus génétiquement distincts, appelés variants minoritaires. Ceci a été recherché chez 126 patients infectés lors de cette flambée épidémique d’une durée de vingt-six jours.
.../...
Les résultats obtenus montrent que des variants minoritaires (iSNV, pour intrahost single nucleotide variants) ont rapidement émergé, à bas niveau, lors de cette flambée épidémique. Quatre mutations (sur les 31 identifiées) ont été fixées dans la population des virus circulant lors de cette flambée épidémique. La transmission de ces variants minoritaires a été observée d’un sujet infecté à un autre. Elle a également été observée plusieurs fois entre un donneur et plusieurs receveurs. Dans un tel cas, la possibilité existe d’une transmission d’un virus doté d’une très forte transmissibilité ou capable d’échappement immunitaire, avec le risque que ces variants se pérennisent lorsque le virus est capable de diffuser rapidement et que l’épidémie n’est pas contrôlée.
]]>Covid-19 : que sait-on du variant Delta (et des autres) ?
▻https://theconversation.com/covid-19-que-sait-on-du-variant-delta-et-des-autres-163611
Comme tous les êtres vivants, le virus SARS-CoV-2 évolue. Au cours de chaque infection sont produits des milliards de nouvelles particules virales. Parmi ces nouveaux virus, certains sont porteurs de mutations.
Ce processus d’évolution et cette génération de mutants ont été étudiés en détail. On sait aujourd’hui que dans la majorité des cas, ces virus SARS-CoV-2 mutants sont soit non transmis à de nouveaux hôtes, soit « neutres », c’est-à-dire que les infections qu’ils causent sont semblables à celles causées par les virus non mutants (aussi appelé « sauvages » ou « historiques »).
Mais parfois certains de ces mutants se propagent et prennent le pas sur les virus existants. Les exemples les plus récents ont pour noms variants Alpha, Bêta, Gamma, et maintenant Delta. Ils ont émergé pour la première fois respectivement au Royaume-Uni, en Afrique du Sud, au Brésil ou en Inde. Pourquoi ? Que sait-on de leurs propriétés ? Que sait-on de leurs capacités à échapper à la vaccination ?
]]>Why the #delta #variant is causing an explosion of cases among the unvaccinated | PBS NewsHour
▻https://www.pbs.org/newshour/health/why-the-delta-variant-is-causing-an-explosion-of-cases-among-the-unvaccinated
De la nécessité de vacciner massivement beaucoup plus rapidement,
In counties where COVID rates are currently the highest, there is a direct correlation to the fact that the vast majority of residents are unvaccinated. More than 99 percent of the people who died from COVID-related causes in June were unvaccinated, Dr. Anthony Fauci said on Sunday, and the rise of delta means “we are seeing increased hospitalizations and deaths among unvaccinated individuals,” CDC director Dr. Rochelle Walensky said Thursday.
[...]
Data suggest this variant is three times as infectious as the original coronavirus strain, according to Dr. Tom Frieden, former CDC director who founded Resolve to Save Lives. But it remains unclear if this virus is deadlier or leads to more severe illness, said Dr. Yvonne Maldonado, chief of the Division of Pediatric Infectious Diseases at Stanford University School of Medicine. Some data suggest that symptoms associated with a delta variant infection — a runny nose and sore throat — may be slightly different than earlier in the pandemic. For example, the loss of one’s sense of smell is being reported less frequently.
[...]
Some estimates suggest that roughly 10 percent of the world’s population is currently immunized. In most countries, health care workers and at-risk populations are still exposed to potential infection, hospitalization and death due to the virus. A scenario health experts fear is that eventually, if transmission continues unfettered in many parts of the world, another variant could emerge that evades the highly effective vaccines we currently have.
To meet demand, Frieden said companies must share their intellectual property and technical know-how more broadly so that more countries around the globe can have access to vaccines, prevent deaths and reduce the virus’ spread.
“We need to move much faster than what we’re doing,” he said.
[...]
For the coming weeks and months ahead, Frieden warned of a dynamic we’re already seeing: “a tale of two countries — vaccinated and unvaccinated.” #COVID-19 infections will remain low, with occasional upticks, in highly vaccinated places. But in communities where most people remain unvaccinated, Frieden said, “you’re already seeing much higher rates — five, 10, 20 times higher.” He noted that’s lower “compared to the deadly spring,” but that cases are increasing rapidly.
“What the delta variant does is it shortens the fuse between the beginning of spread and explosive spread,” Frieden said.
“This variant is like tinder sitting in a dry forest” waiting for a spark among the unvaccinated, said Dr. F. Perry Wilson, an epidemiologist who directs the Clinical and Translational Research Accelerator at the Yale School of Medicine.
]]>Mass infection is not an option : we must do more to protect our young https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01589-0/fulltext
Editorial d’un groupe de scientifiques britanniques qui s’oppose à l’incroyable décision du gouvernement du #Royaume-Uni
Parmi 5 raisons,
[…] preliminary modelling data suggest the government’s strategy provides fertile ground for the emergence of vaccine-resistant #variants. This would place all at risk, including those already vaccinated, within the UK and globally.
]]>Impact of #SARS-CoV-2 variants on the total CD4+ and CD8+ T cell reactivity in infected or vaccinated individuals: Cell Reports Medicine
https://www.cell.com/cell-reports-medicine/abstract/S2666-3791(21)00204-4
#VARIANTS #COVID-19 : Nos #lymphocytes_T sont nos meilleurs alliés | santé log
https://www.santelog.com/actualites/variants-covid-19-nos-lymphocytes-t-sont-nos-meilleurs-allies
En pratique, si le virus submerge les anticorps, les cellules T peuvent probablement encore arrêter la variante et prévenir une forme sévère de la maladie.
]]>Structure-guided T cell vaccine design for #SARS-CoV-2 variants and sarbecoviruses
https://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(21)00797-2.pdf?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fr
#COVID-19 : Le #vaccin qui parie sur les #lymphocytes_T | santé log
https://www.santelog.com/actualites/covid-19-le-vaccin-qui-parie-sur-les-lymphocytes-t
311 épitopes du #SRAS-CoV-2 sont identifiés comme susceptibles d’être à la fois contraints par la mutation et reconnus par les cellules T CD8+.
« On peut comparer la structure d’un virus à la conception d’une maison. La stabilité d’une maison dépend de quelques éléments vitaux, comme les fondations et des poutres, qui soutiennent le reste de la maison. En termes biologiques, ces poutres de support seraient contraintes par mutation c’est-à-dire que tout changement important de taille ou de forme mettrait en danger l’intégrité structurelle de la maison et pourrait facilement conduire à son effondrement. Des mutations dans ces épitopes sont donc peu probables car elles compromettraient la capacité du virus à survivre".
53 épitopes sont finalement sélectionnés car présents en plus grande quantité, chacun représentant une cible en puissance pour un vaccin largement protecteur.
Des réponses des cellules T à ces épitopes en cas d’infection par les différents variants : les chercheurs confirment en effet, sur un échantillon de patients préalablement infectés par les différents variants que la moitié présentent des réponses des lymphocytes T à des épitopes hautement interconnectés parmi les épitopes identifiés. Cela confirme que ces épitopes identifiés sont bien capables d’induire une réaction immunitaire, ce qui en fait des candidats prometteurs pour une utilisation dans de futurs vaccins.
La preuve avec les différents variants : l’équipe a obtenu des séquences des variantes préoccupantes B.1.1.7 Alpha, B.1.351 Beta, P1 Gamma et B.1.617.2 Delta SARS-CoV-2 en circulation et comparé ces séquences avec celles de la souche originale de SRAS-CoV-2. De toutes les mutations identifiées chez ces variants, seules 3 s’avèrent affecter des épitopes identifiés comme cibles possibles.
Si les vaccins actuels offrent une forte protection contre le COVID-19, concluent les chercheurs dans leur communiqué, « il n’est pas clair que ces vaccins pourront fournir une protection aussi forte contre les variantes préoccupantes. Développer un vaccin qui appelle des réponses des cellules T permettrait d’assurer cette protection contre les futures variantes du SRAS-CoV-2 ».
]]>#COVID-19 : Le #variant « brésilien » Gamma consacré comme « plus mortel » | santé log
▻https://www.santelog.com/actualites/covid-19-le-variant-bresilien-gamma-consacre-comme-plus-mortel
Cette équipe de virologues et généticiens de la Harvard T.H. Chan School of Public Health utilise l’étude d’association pangénomique (GWAS : genome-wide association study) pour évaluer avec précision la virulence des différents #variants de #SARS-CoV-2. Cette méthodologie qui permet de comparer les mutations d’un grand nombre de souches, d’estimer leur #virulence et le risque de #mortalité identifie une variante du SRAS-CoV-2 comme particulièrement mortelle, le variant #P.1, apparu au Brésil et rebaptisé Gamma par l’Organisation mondiale de la Santé.
Au-delà, la méthodologie, documentée dans la revue Genetic Epidemiology, apparaît déjà précieuse pour la surveillance, dans l’avenir, des variantes qui doivent être contenues.
Source : Genome‐wide association analysis of COVID‐19 mortality risk in SARS‐CoV‐2 genomes identifies mutation in the SARS‐CoV‐2 spike protein that colocalizes with P.1 of the Brazilian strain - Hahn - - Genetic Epidemiology - Wiley Online Library
▻https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gepi.22421
@ashishkjha
▻https://mobile.twitter.com/ashishkjha/status/1408271081723600901
US has done well on #vaccinations
Will it be enough to ward off spike from #Delta #variant?
Let’s look to UK for to peek into our future
[…]
]]>