• Covid-19 : sur la piste de l’origine animale
    https://www.franceculture.fr/sciences/covid-19-sur-la-piste-de-lorigine-animale

    Depuis le début de l’épidémie, tous les regards sont braqués sur la ville de Wuhan et son marché d’animaux vivants, d’où semble être partie la pandémie de Covid-19. Mais on n’a pas encore retrouvé le patient zéro, le premier humain infecté par le virus SARS-CoV-2, ni l’animal à l’origine de cette transmission.

    Depuis la crise du SRAS en 2002, qui a été suivie d’une seconde alerte en 2002/2003 (heureusement circonscrite immédiatement), les équipes chinoises sont sur le qui vive et ne cessent de chercher, dans la faune qui les entoure, les virus susceptibles de franchir la barrière des espèces pour pénétrer dans les cellules humaines.

    Il semble avéré que pour le SARS-CoV-2, le « réservoir » - c’est-à-dire l’animal qui héberge le virus - soit bien une chauve-souris. Mais on ignore encore précisément de quelle espèce. Quant au pangolin, il pourrait être « l’hôte intermédiaire » - autrement dit le deuxième maillon de la chaîne de contamination, qui permet au virus d’évoluer afin de parvenir à infecter l’espèce humaine. Mais là encore, ce n’est qu’une hypothèse et en réalité, les chercheurs n’ont pas encore identifié avec certitude l’animal qui joue ce rôle.

    Sur la piste du SARS-CoV-2, nous rencontrerons donc d’abord trois chauves-souris porteuses d’un cousin du virus, puis des pangolins bien malades, nous verrons comment les Rhinolophes mordent quand on les attrape au filet et qu’on mange au Laos de petites brochettes de leurs congénères. Mais nous comprendrons surtout que les équipes de recherche en sont au tout début du commencement.

    #covid-19 #zoonose #chauves-souris #pangolins

  • Qu’est-ce qu’il nous arrive ?
    Beaucoup de questions et quelques perspectives
    par temps de coronavirus

    Jérôme Baschet

    https://lavoiedujaguar.net/Beaucoup-de-questions-et-quelques-perspectives-par-temps-de-coronavi

    Il n’est sans doute pas faux de dire que le Covid-19 est une maladie du Capitalocène et qu’il nous fait entrer de plain-pied dans le XXIe siècle. Pour la première fois sans doute, il nous fait éprouver de façon tangible la véritable ampleur des catastrophes globales des temps à venir.

    Mais encore faut-il tenter de comprendre plus précisément ce qu’il nous arrive, en ce qui concerne tant l’épidémie provoquée par le SARS-CoV-2 que les politiques sanitaires adoptées pour l’endiguer, au prix d’une stupéfiante paralysie de l’économie ; car on ne peut, sans ces préalables, espérer identifier les opportunités qui pourraient s’ouvrir dans ces circonstances largement inédites. La démarche n’a cependant rien d’assurée. Pris dans le tourbillon d’informations chaque jour plus surprenantes ou déconcertantes que suscite l’événement, on titube. On n’en croit parfois ni ses yeux ni ses oreilles, ni nul autre de ses sens. Mieux vaut admettre que bien des certitudes vacillent. Bien des hypothèses aussi. Mais il faut bien commencer à tenter quelque chose, provisoirement et partiellement, en attendant que des élaborations collectives mieux assurées ne prennent le relais. (...)

    #Capitalocène #maladie #capitalisme #Covid-19 #Yuval_Harari #peste #épidémies #Amérique #colonisation #Anthropocène #zoonoses #Davos #Brésil #Mexique #États-Unis #Chine #Europe #France #Asie #Trump #Bolsonaro #López_Obrador #EZLN #zapatistes #Macron #FMI #auto-organisation

  • #Confinement : une opportunité pour la #biodiversité ?
    #Gilles-Boeuf, invité des Matin de #France-Culture le 09/04/20.
    https://www.franceculture.fr/emissions/linvite-des-matins/gilles-boeuf-est-linvite-des-matins


    « Nous sommes en guerre contre nos propres comportements. » et « Ce qui manque c’est l’amour. »
    Un entretien qui explique ce qui était prévisible (par rapport à la biodiversité) et où ça fait du bien d’entendre un invité dire « Je ne peux pas répondre à votre question, je ne sais pas. »
    #zoonose #coronavirus #radio #audio #radio-France #sciences

  • Coronavirus : « Nous offrons à des agents infectieux de nouvelles chaînes de transmission »
    Par Philippe Grandcolas

    https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/04/04/pandemies-nous-offrons-a-des-agents-infectieux-de-nouvelles-chaines-de-trans

    Les gens pensent que les virus ont toujours existé, que les épidémies n’ont rien à voir avec l’état de la biodiversité ou le changement climatique. Pourtant, depuis quelques décennies, elles augmentent. Elles n’ont pas l’impact énorme du Covid-19, mais leur fréquence s’accélère. La majorité sont des zoonoses : des maladies produites par la transmission d’un agent pathogène entre animaux et humains. Les pionniers des travaux sur les parasites les étudient depuis le début du XXe siècle. Mais la prise de conscience de leur lien avec l’écologie au sens scientifique du terme date d’il y a quarante à cinquante ans.

    Aujourd’hui, nous savons qu’il ne s’agit pas que d’un problème médical. L’émergence de ces maladies infectieuses correspond à notre emprise grandissante sur les milieux naturels. On déforeste, on met en contact des animaux sauvages chassés de leur habitat naturel avec des élevages domestiques dans des écosystèmes déséquilibrés, proches de zones périurbaines. On offre ainsi à des agents infectieux des nouvelles chaînes de transmission et de recompositions possibles.

    On peut citer le SRAS, ou syndrome respiratoire aigu sévère, dû à un coronavirus issu de la combinaison de virus d’une chauve-souris et d’un autre petit mammifère carnivore, relativement vite jugulé au début des années 2000. L’épidémie du sida, souvent caricaturée de manière malsaine, présente une trajectoire analogue : une contamination de primates, puis une transmission à des centaines de millions de personnes. Ebola fait un peu moins peur parce qu’on pense que son rayon d’action est limité à quelques zones endémiques. En réalité, sa virulence est si terrible que cette affection se propage moins facilement car la population meurt sur place. Là aussi, le point de départ est une chauve-souris.

    Une autre intervention de Philippe Grandcolas (plus complète) dans le cadre de la commission d’enquête de suivi du #covid-19 de la France Insoumise.
    https://lafranceinsoumise.fr/2020/04/01/commission-denquete-covid-19-audition-de-philippe-grandcolas

    #zoonose #épidémie #biodiversité

  • DES CHAUVE-SOURIS ET DES HOMMES : POLITIQUES ÉPIDÉMIQUES ET CORONAVIRUS

    Entretien avec l’anthropologue Frédéric Keck

    paru dans lundimatin#234, le 19 mars 2020

    "Les mesures de quarantaine, de confinement, et de surveillance
    arrivent toujours trop tard. Elles ne font qu’amoindrir des effets
    déjà actifs et envahissants, mais n’agissent en rien sur les causes du
    problème. Le Covid-19 est, rappelons-le, une zoonose : une maladie qui s’est transmise des animaux aux humains. C’est précisément dans nos rapports aux animaux qu’il faut chercher la raison de nombreuses crises sanitaires récentes : ESB, SRAS, grippes « aviaire » et « porcine ». Nous avons donc interrogé Frédéric Keck, un anthropologue qui travaille sur les normes de « biosécurité » appliquées aux humains et aux animaux, et sur les formes de prévision qu’elles produisent à l’égard des catastrophes sanitaires et écologiques.

    – Vous vous êtes illustré par vos recherches en anthropologie et en
    ethnologie sur les maladies zoonotiques (d’origine animale) et les
    pandémies. Comment avez-vous vécu personnellement la pandémie de coronavirus, depuis janvier jusqu’aux mesures de confinement annoncées ces derniers jours ?

    – Le 1er janvier, alors que nous fêtions la nouvelle année, un
    collègue britannique qui travaille avec moi sur l’anthropologie des
    épidémies m’a envoyé un SMS : « Tu as vu ces cas à Wuhan ? Cela
    pourrait être le début de la pandémie. » Je n’ai pas pu le croire,
    parce que je reçois ce genre de message à chaque fois qu’il y a un
    virus émergent (le H1N1 de grippe porcine en 2009, finalement beaucoup moins létal que prévu même s’il était très contagieux, le MERS-CoV en 2012, qui est resté limité à la péninsule arabique, où il se transmet par les dromadaires, et à la Corée du Sud). Mais cette fois, le scénario pandémique qui avait encadré la diffusion du SRAS en Asie et à Toronto en 2003 se réalise. J’ai pensé à l’analyse de la déclaration de guerre de 1914 par Henri Bergson : j’ai lu tant de récits sur ce scénario depuis quinze ans que lorsqu’il s’est réalisé, j’ai eu le sentiment que la pandémie était toujours déjà là, comme une présence familière. C’est en ce sens que le virtuel devient actuel.

    (…)

    – La pandémie de coronavirus vous semble-t-elle différente par rapport aux autres pandémies que vous avez étudiées ?

    – La contagiosité de ce nouveau coronavirus est étonnante et reste
    mystérieuse, alors que sa létalité est basse et que son ADN est stable
    (les coronavirus, à la différence des virus de grippe, mutent peu
    parce qu’ils sont beaucoup plus gros). Que ce virus puisse se diffuser
    de façon asymptomatique pendant si longtemps (peut-être des semaines), c’est très différent du SRAS, qui causait des symptômes respiratoires au bout de 48 heures. En ce sens, c’est le candidat parfait pour déclencher le scénario pandémique.

    – Selon les premières hypothèses, le Covid-19 aurait été transmis aux humains via un pangolin ou une chauve-souris. Quelles sont les
    caractéristiques des maladies d’origine animale, et comment se
    transmettent-elles ? Qu’est-ce qui explique qu’elles puissent prendre
    un caractère épidémique ou pandémique ?

    – Les maladies d’origine animale (ou zoonoses) mutent parmi les
    animaux avant de se transmettre aux humains en déclenchant des
    pathologies fortes parce que nous n’avons pas d’immunité contre elles.

    C’est ce qui explique la mobilisation des autorités sanitaires
    internationales contre ces maladies depuis une trentaine d’années
    (notamment depuis la fin de la guerre froide, qui a vu se croiser
    l’écologie des maladies infectieuses émergentes avec la peur du
    bioterrorisme). Les oiseaux sont le réservoir de virus de grippe parce
    qu’ils diffusent des virus par leurs déplacements (notamment les
    canards qui sont asymptomatiques pour la grippe et « larguent » des
    virus en vol). Les chauve-souris sont un réservoir de nombreux virus
    (rage, Hendra, Nipa, SRAS-Cov, MERS-Cov, SRAS-Cov2) parce qu’elles vivent dans des colonies où coexistent de nombreuses espèces, et parce qu’elles ont développé un système immunitaire très performant pour le vol tout en restant « proches » de nous en tant que mammifères – la déforestation les conduisant à venir près des villes.

    – Vous dites, dans votre ouvrage à paraître aux éditions Zones
    Sensibles, Les sentinelles des pandémies, que la pandémie actuelle de coronavirus (Covid-19) nous reconduit au seuil de la domestication, là où les relations entre humains et animaux non humains peuvent être rejouées. Que voulez-vous dire ? Est-ce que la pandémie que nous vivons est liée à la forme moderne des rapports entre humains et animaux non humains ?

    – Cette pandémie a commencé par un cluster de cas de pneumonie
    atypique sur un marché aux animaux à Wuhan en décembre 2019. Le
    nouveau coronavirus qui se répand chez les humains à travers le monde est très proche d’un virus de chauve-souris qui a été séquencé à Wuhan en 2018. On ne sait pas exactement ce qui se vendait sur ce marché, mais il est probable que des marchands de pangolins aient transmis ce virus venu des chauve-souris – même si le contact n’est pas encore prouvé comme il le fut pour les civettes transmettant le SRAS dans larégion de Canton en 2003. La santé mondiale dépend donc de quelques gestes apparemment archaïques dans un marché du centre de la Chine. Il reste à comprendre ce qui se passe dans ces marchés aux animaux, car on y mélange des animaux sauvages et des animaux domestiques, des produits de chasse et des produits d’élevage : il y a des pangolins élevés pour leurs vertus dans la médecine chinoise traditionnelle, mais ils sont vendus en contrebande car ils disparaissent à l’état sauvage.

    Cela rejoint les grands récits comme celui de Jared Diamond
    expliquant les nouvelles maladies infectieuses par une transformation majeure des relations entre humains et animaux depuis la révolution néolithique, après laquelle les espèces domestiquées par les humains leur ont transmis des maladies du fait de leur plus grande proximité.

    On estime que la révolution de l’élevage industriel (livestock
    revolution) qui a eu lieu dans les années 1960 a eu un effet
    comparable de production de nouvelles maladies.

    (…)

    – En quel sens dites-vous, de manière un peu contre-intuitive pour les écologistes, que l’épidémie de coronavirus (Covid-19) est une question écologique ?

    – L’écologie des maladies infectieuses a été inventée dans les années
    1970 par des biologistes comme l’Australien d’origine britannique
    Frank Macfarlane Burnet et l’Américain d’origine française René Dubos. Elle alerte sur l’émergence de nouvelles maladies infectieuses du fait des transformations que l’espèce humaine impose à son environnement : élevage industriel, déforestation, appauvrissement des sols – on ne parlait pas encore du réchauffement climatique, qui cause les pandémies de Zika ou de dengue en conduisant les populations de moustiques à se déplacer hors de leurs habitats. J’ai étudié la façon dont ces alertes ont été transcrites en scénarios catastrophe par les virologistes et les épidémiologistes à l’occasion de quelques crises en Chine.

    Il reste à comprendre en quoi la pandémie actuelle non
    seulement oblige l’humanité à changer son mode de vie en ralentissant la circulation des personnes et des marchandises, mais surtout accélère les scénarios catastrophe qui ont été construits à partir d’autres phénomènes écologiques en faisant peur aux gouvernements. On peut dire que les nouvelles épidémies forcent à poser collectivement les questions écologiques qui pouvaient sembler réservées à une minorité.

    – Est-ce que les techniques contemporaines de préparation aux
    catastrophes sont similaires dans le cas d’une épidémie et dans le
    domaine du réchauffement climatique, de l’extinction des espèces, etc.
     ?

    – La temporalité n’est pas la même : l’épidémie oblige à agir sur un
    temps très court, car elle se développe sur une année avec de vraies
    possibilités d’intervention. L’extinction d’espèces et le
    réchauffement climatique se déroulent sur des temporalités beaucoup plus longues, mais offrent également prise à une intervention. Mon hypothèse est que le « poulet grippé » ou la « chauve-souris porteuse de coronavirus » sont de bons opérateurs (je reprends cette notion à Claude Lévi-Strauss dans La pensée sauvage) pour penser les questions écologiques sur plusieurs échelles temporelles. Les techniques de préparation aux catastrophes ne sont pas similaires dans ces différentes temporalités, mais ces opérateurs permettent de les comparer dans des contextes locaux où ces temporalités transforment les relations entre humains et non-humains (pour reprendre des termes de Philippe Descola).

    – Quelles sont les « leçons » des épidémies précédentes qui pourraient nous être utiles pour la pandémie de coronavirus ?

    – La Chine a fait du SRAS un épisode fondateur comme l’est pour nous la Révolution Française ou l’Affaire Dreyfus : ce sont des histoires de héros qui se sacrifient, de ministres corrompus qui démissionnent, de scientifiques qui font triompher la vérité. Nous n’avons pas compris cet épisode en France parce que nous n’en avons perçu que les échos assourdis à travers la crise de la canicule et du chikungunya.

    Nous allons nous-mêmes devoir inventer des récits pour donner sens à l’épreuve sanitaire, économique et militaire qui vient. Mais nous
    avons aussi des ressources qui sont moins disponibles dans l’espace
    chinois, notamment le fait que les lanceurs d’alerte soient protégés.
    Peut-être que le « sacrifice » de Li Wenliang, ce jeune
    opthalmologiste qui est mort du Covid-19 en février après avoir donné l’alerte en décembre et soigné des patients en janvier, sera un
    tournant dans la défense des lanceurs d’alerte en Chine. Peut-être que cette pandémie sera l’occasion d’échanger nos récits fondateurs pour construire ensemble une politique écologique adaptée aux nouvelles maladies, par exemple en croisant notre tradition libérale
    destructrice de l’environnement et une tradition chinoise plus
    attentive aux cycles de la nature.

    – Pourquoi selon vous l’OMS a-t-elle rechigné si longtemps à parler de pandémie pour le coronavirus alors qu’elle avait accepté de le faire plus tôt pour le SRAS ?

    – En 2003, l’OMS a saisi l’occasion du SRAS pour s’imposer à l’échelle internationale alors que l’ONU avait été humiliée par l’intervention unilatérale des Etats-Unis en Irak. Elle l’a fait en profitant d’une période de transition politique au cours de laquelle le gouvernement chinois ne pouvait pas collaborer avec elle, ce qui a été perçu par lui comme une humiliation prolongeant deux siècles au cours desquels l’Occident a donné des leçons sanitaires à la Chine.
    D’où la volte-face de la Chine en avril 2003 lorsqu’elle prend les mesures qui s’imposent pour contrôler l’épidémie. En 2006, les autorités de Pékin soutiennent fortement la candidature de Margaret Chan à la tête de l’OMS, qui a géré les crises de grippe aviaire et de SRAS au Département de la Santé de Hong Kong, pour marquer leur volonté de suivre le Règlement Sanitaire International définissant les normes pour les pandémies.

    Et elles ont contrôlé également l’élection de son successeur parce qu’elles ont de forts intérêts économiques en Ethiopie. On peut donc dire, sans verser dans la théorie du complot, que la Chine a compris qu’il fallait avoir l’OMS avec elle plutôt que contre elle si elle veut s’imposer comme un leader mondial.

    C’est pourquoi l’OMS est plutôt conciliante avec la Chine depuis le début de cette épidémie, et le rapport qu’elle a publié le 28 février donne littéralement la Chine en modèle des mesures qu’il faut appliquer à cette pandémie.

    – Depuis début 2020, il ne se passe pas une heure sans que de
    nouvelles informations paraissent au sujet de l’épidémie. Covid-19
    est-elle la première épidémie vécue en temps réel ?

    – Le SRAS était la première épidémie vécue en temps réel par les
    scientifiques. Il y avait un véritable effort de partage
    d’informations coordonné par l’OMS grâce aux premiers développements d’Internet. Aujourd’hui la révolution du numérique permet à chacun de suivre l’épidémie en temps réel. Internet est à la fois un remède et un poison pour la diffusion de la pandémie : nous allons travailler en ligne pour rendre acceptable le confinement, mais la diffusion de fake news produit des comportements inadaptés à la gestion de la pandémie.

    – En parallèle de l’épidémie virale, il y a une « épidémie », virale
    elle aussi, d’informations et d’affects relatifs au virus. La viralité
    de l’information est devenue avec internet et les réseaux sociaux un
    véritable trait social de notre époque, depuis que les nouvelles
    technologies de communication permettent à l’information de circuler très rapidement et de se démultiplier. Y a-t-il un rapport entre ces deux formes de « viralité » ?

    – Un virus est un morceau d’information génétique qui cherche à se
    répliquer, ou, comme le dit l’immunologiste Peter Medawar, « une
    mauvaise nouvelle dans une capside ». La plupart du temps, les virus
    se répliquent dans nos cellules de façon asymptomatique. Mais parfois les virus font dérailler la machine à réplication en causant des
    paniques immunitaires ou un effondrement du système. Ce qui se passe au niveau moléculaire a des échos au niveau macro-politique.

    – Quel rôle jouent ceux que vous appelez les sentinelles et les
    lanceurs d’alerte dans la circulation de l’information sur le virus ?

    – Les sentinelles perçoivent les pathogènes dès leur transmission aux
    frontières entre les espèces : ce sont à la fois des animaux placés
    sur des lieux intenses d’émergence virale (hotspots), comme des
    volailles non vaccinées dans un élevage, et des territoires équipés
    pour percevoir ces signaux (comme Hong Kong, Taiwan ou Singapour dans le cas de la grippe aviaire, ou Wuhan pour les coronavirus). Les
    lanceurs d’alerte portent leurs signaux dans l’espace public pour
    prendre les mesures sanitaires adaptées, : Li Wenliang a joué ce rôle
    pour le Covid-19, mais le géographe militant Mike Davis a joué un rôle similaire aux Etats-Unis pour la grippe aviaire. Ce sont deux types d’acteurs très différents mais qui doivent travailler ensemble. La Chine a développé ses sentinelles mais peu ses lanceurs d’alerte. Nous avons fait le choix inverse.

    – Dans leurs manières de réagir face à la progression du virus, les
    gouvernements semblent pris entre deux impératifs difficilement
    conciliables, l’impératif du maintien de l’économie et l’impératif
    sanitaire, ce qui suscite différents types de réaction, même s’ils
    semblent converger actuellement dans le modèle chinois. Comment
    expliquez-vous le décalage temporel entre la France et la Chine, par
    exemple ?

    – La Chine semble en effet avoir inventé un modèle qui rend compatible la protection de l’économie et la mobilisation sanitaire, parce qu’elle a les moyens d’intervenir rapidement et massivement en cas de nouveau foyer épidémique. Notre tradition libérale va à l’encontre de ce genre de gouvernance sanitaire, parce que nous privilégions la liberté de circuler et les bienfaits politiques qui en découlent. Nous allons devoir trouver dans notre propre tradition libérale les moyens de justifier les mobilisations sanitaires qui s’imposeront face aux nouvelles épidémies causées par les transformations écologiques.

    – Y aurait-il une forme de réponse au coronavirus qui serait à la fois
    protectrice, mais qui ne signifie pas un surcroît de surveillance et
    de contrôle des populations ?

    – C’est tout l’enjeu des semaines qui viennent : un effort de
    mobilisation collective qui ne repose pas sur une surveillance et un
    contrôle de l’Etat mais sur une vigilance sanitaire et un partage
    d’informations dans la population.

    – En janvier, le coronavirus était une petite « grippe », et la France
    attribuait à l’incurie des dirigeants chinois la propagation de
    l’épidémie sur leur territoire. Aujourd’hui, la Chine apparaît comme
    un modèle de gestion de crise sanitaire, les pays européens sont
    dépassés par les progrès de la pandémie, et les « experts » médicaux
    ou scientifiques en France tiennent un discours beaucoup plus
    alarmiste. Que dire de ce revirement complet dans le discours
    scientifique et politicien ?

    – Cela dit beaucoup à la fois sur la difficulté de la France à tenir
    une place centrale sur un échiquier géopolitique bouleversé par
    l’entrée de la Chine il y a une quarantaine d’années, et sur la
    difficulté à gouverner un Etat lorsque les transformations écologiques
    produisent des pathogènes aussi imprévisibles que le SARS-Cov2.

    – Le président de la République vient d’annoncer des mesures d’une
    radicalité sans précédent pour contenir l’épidémie en France. Quels
    vont être les enjeux des prochaines semaines, mois, années ? Quelle
    est la nouveauté de cette pandémie selon vous ?

    – Toute la question est de savoir si le confinement, qui est une
    mesure inédite en France alors que les Chinois s’y préparent depuis
    2003, est compatible avec notre tradition libérale. Nous avons
    beaucoup critiqué les excès du libéralisme, dont cette crise est un
    des effets, mais nous allons voir dans les semaines qui viennent à
    quel degré minimal de liberté nous tenons. Les animaux domestiques ont très peu de liberté : nous les avons confinés et parfois abattus pour nous protéger d’eux et nous en nourrir depuis une trentaine d’années.

    Le coronavirus de chauve-souris nous pose la question : quel degré
    minimal de liberté fait que vous êtes différents des autres animaux ?

    https://lundi.am/Des-chauve-souris-et-des-hommes-politiques-epidemiques-et-coronavirus