• Les #fourmis moissonneuses redessinent la steppe de Crau
    http://www.lemonde.fr/sciences/article/2014/04/28/les-fourmis-moissonneuses-redessinent-la-steppe-de-crau_4408545_1650684.html

    Précautionneusement, le chercheur soulève un galet. Le temps d’entrevoir, dans la cavité de terre rouge, une grappe de fourmis aux mandibules chargées de minuscules œufs laiteux. L’homme referme la cache, tout sourire. La greffe a pris ! Trois ans après la réintroduction de près de deux cents reines fécondées, la moitié des nids ont survécu. Dans quelques années, chacun comptera entre 8 000 et 20 000 ouvrières, dont la mission sera d’aider au retour de la végétation originelle. « Une première, encore tentée nulle part ailleurs », dit Thierry Dutoit, directeur de recherche à l’Institut méditerranéen de biologie et d’écologie (IMBE, CNRS, Universités d’Aix-Marseille et d’Avignon, IRD).

    C’est la tâche assignée aux fourmis moissonneuses (Messor barbarus), dont 169 reines ont été disséminées sur le site, à l’automne 2011, dans des niches obturées par un galet les préservant des prédateurs et régulant la température du nid. Il s’agit, cette fois, d’ingénierie écologique, consistant à « agir pour et par la biodiversité », explique le biologiste : « Plutôt que de faire appel aux ingénieurs des Mines ou des Ponts-et-Chaussées, utilisons les ingénieurs des écosystèmes ! »

    Ces insectes granivores, qui peuvent parcourir près de 40 mètres, plusieurs fois par jour, pour chercher leur subsistance et nourrir la colonie, laissent en effet en chemin des graines, qui s’accumulent aussi dans les greniers et les dépotoirs des fourmilières. On y trouve notamment les germes des plantes annuelles propres à la steppe. Ce qui laisse espérer que, d’ici quelques années, les coussouls de la Crau commenceront à recouvrer leur physionomie ancestrale.

    « La nature, très résiliente, n’a pas besoin de l’homme pour se régénérer spontanément, commente Thierry Dutoit. Mais il n’est pas sûr que, d’elle-même, elle redeviendrait, ici, la steppe née d’interactions millénaires. Nous lui donnons alors juste un coup de pouce. »

    • Recrutement réussi de fourmis moissonneuses
      http://www.cnrs.fr/inee/communication/breves/b043.htm

      Les fourmis moissonneuses (Messor barbarus) sont considérées comme des ingénieurs de l’écosystème car elles jouent un rôle essentiel dans la fertilité du sol et l’organisation de la végétation. Et pour cause, lorsqu’elles vont chercher des graines pour se nourrir, il n’est pas rare qu’elles perdent en route leur précieuse pitance et contribuent ainsi à la dissémination des espèces végétales. « Ces fourmis peuvent aller chercher des graines jusqu’à 30 m de distance, et ce, plusieurs fois par jour, précise Thierry Dutoit, directeur de recherches en écologie àl’ l’Institut méditerranéen de biodiversité et d’écologie marine et continentale (IMBE). Nous avons donc décidé de faire appel à ces fourmis pour aider à restaurer la steppe méditerranéenne sur deux sites de la Plaine de Crau ». Deux sites qui ont respectivement été dégradés par une période d’arboriculture intensive et une fuite d’hydrocarbures.

    • Restaurer la nature, un travail de fourmis ?
      27 septembre 2020
      Thierry Dutoit, Université d’Avignon ; François Mesleard, Université d’Avignon ; Olivier Blight, Université d’Avignon et Tania de Almeida, Université d’Avignon
      https://theconversation.com/restaurer-la-nature-un-travail-de-fourmis-142750

      Il faudra encore de bien longues années pour que l’ensemble du sol du site soit brassé par l’action de fourmis et que l’intégralité de la structure de la végétation steppique soit restaurée. Elle a elle-même mis plus de 6 000 ans à nous parvenir telle qu’elle est aujourd’hui sous l’action conjuguée du climat méditerranéen, du pâturage ovin et des feux pastoraux.

  • #Papillomavirus : controverse sur un #vaccin
    http://www.lemonde.fr/sciences/article/2014/04/14/papillomavirus-questions-sur-un-vaccin_4401036_1650684.html

    A quoi servent ces vaccins ?

    Deux types de vaccins contre les papillomavirus humains (HPV) sont disponibles en France. Le #Gardasil est commercialisé depuis novembre 2006 par le laboratoire franco-américain Sanofi Pasteur MSD (Merck), avec 85 % de part de marché, et le #Cervarix, du laboratoire britannique GlaxoSmithKline (GSK), depuis 2007. Les HPV sont des infections fréquentes transmises par contact sexuel qui disparaissent spontanément dans la majorité des cas. Treize types de HPV sont hautement cancérigènes, dont les sous-types HPV 16 et 18 – inclus dans les vaccins –, responsables de deux tiers des cancers du col de l’utérus induits par ces virus. Les HPV sont aussi associés à d’autres cancers (pénis, anus, larynx…). Avec 3 000 nouveaux cas estimés en 2012, et 1 100 décès, le cancer de l’utérus se situe au 11e rang des cancers chez les femmes en France. Il est en revanche beaucoup plus fréquent dans les pays en voie de développement, faute de dépistage par frottis.

    La vaccination HPV n’est pas obligatoire, mais recommandée chez les filles de 11 à 14 ans, l’âge ayant été abaissé à 11 ans en avril 2013 par le Haut Conseil de la santé publique (HCSP). Un rattrapage est préconisé pour les jeunes filles de 15 à 19 ans non encore vaccinées. Point essentiel, cette vaccination doit être réalisée avant toute relation sexuelle. Jusqu’ici en trois doses, le schéma vaccinal est en voie de simplification à deux doses, sur la base d’études scientifiques.

    Ces vaccins ont-ils démontré leur efficacité ?

    Jusqu’ici, il n’y a pas de preuve directe que cette vaccination permette d’éviter les cancers du col de l’utérus. Le docteur Soizic Courcier, directrice médicale et des affaires réglementaires chez GSK France explique que « dans les études cliniques, ce n’est pas le cancer du col qui a été choisi comme critère d’évaluation car la lésion cancéreuse nécessitant en général 10 à 15 ans pour se développer/proliférer après une infection persistante à HPV, cela rend quasiment impossible la réalisation d’une telle étude. » La démonstration, si elle peut être faite, prendra de toute façon des années. Pour certains, les données existantes sont cependant déjà suffisantes. « Mise en œuvre dans des conditions optimales, cette vaccination prévient l’infection à papillomavirus et ses conséquences avec une efficacité proche de 100 % et constitue ainsi une mesure de prévention primaire du cancer du col de l’utérus et des lésions précancéreuses », écrit le professeur Olivier Graesslin, secrétaire général du CNGOF, sur le site de cette société savante. « Le vaccin réduit de façon drastique les dysplasies, les lésions précancéreuses du col de l’utérus. En combinant des stratégies de dépistage et de vaccination, ces cancers sont à 98 % évitables », estime ce gynécologue-obstétricien au CHU de Reims, qui ne déclare pas de lien d’intérêt avec les laboratoires concernés.

    Mais d’autres sont plus sceptiques. « Les vaccins anti-HPV n’ont pas prouvé leur efficacité, ils sont chers et ne dispensent pas de faire des frottis. De plus, il y a un doute sur leur innocuité. Si l’on doit faire des économies, autant dépenser l’argent de façon intéressante », estime Jean-Paul Hamon, président de la Fédération des médecins de France, signataire de la pétition. Pour ce généraliste, « la seule stratégie qui ait fait reculer le cancer du col de l’utérus, c’est le dépistage par frottis. C’est sur ce dépistage, auquel échappe presque une femme sur deux en France, qu’il faudrait faire porter les efforts ». « II y a beaucoup d’inconnues et d’incertitudes sur l’efficacité de ces vaccins », confirme Alice Touzaa, gynécologue libérale à Aix-en-Provence (Bouches-du-Rhône), elle aussi signataire de la pétition, en rappelant que beaucoup de lésions précancéreuses du col utérin, même de haut grade, n’évoluent pas vers un cancer invasif. « Il existe des inconnues dans la modélisation du bénéfice, juge aussi le professeur Bernard Bégaud (département de pharmacologie médicale, Bordeaux). Par exemple, quelle est la probabilité que des souches de HPV non pathogènes et non incluses dans le vaccin deviennent cancérigènes ? Quelle est exactement la part attribuable des papillomavirus dans les cancers du col, et que sera-t-elle dans vingt ou trente ans ? » Des interrogations que ce spécialiste met en balance avec la relative rareté des cancers du col, leur évolution lente, et les possibilités de dépistage et de traitement précoces.

    La question de la durée de la protection n’est pas non plus résolue. « Mon argumentaire n’est pas fondé sur les effets secondaires, mais sur son efficacité et son coût très élevé au regard de l’alternative du frottis, bien moins cher et de surcroît le seul moyen pour éviter le cancer de l’utérus », explique le docteur Philippe de Chazournes.

    « Dire que ce vaccin est inefficace est de la désinformation », souligne toutefois le professeur Floret. Selon lui, il est « clairement démontré que ça prévient des lésions précancéreuses ». Autre critique récurrente, le prix : 370 euros pour trois injections, remboursées à 65 %, contre 15 à 20 euros pour un frottis annuel. Ce coût élevé avait été signalé par le rapport de la Cour des comptes sur la politique vaccinale en France en 2012.

    Quels sont les risques ?

    Depuis leur mise sur le marché, le Gardasil et le Cervarix font l’objet d’un plan de gestion des risques (PGR) à l’échelle européenne et d’un suivi renforcé de pharmacovigilance au niveau national. Le dernier bilan, rendu public par l’ANSM jeudi 10 avril, n’est pas inquiétant selon l’agence. Les données concernent uniquement le Gardasil, dont les ventes sont 20 fois supérieures à celles du Cervarix. Depuis sa commercialisation en 2006 et jusqu’au 20 septembre 2013, 5,5 millions de doses de Gardasil ont été vendues en France. Pendant cette période, 2 092 notifications d’effets indésirables ont été recensées par le centre de pharmacovigilance de Bordeaux, qui assure ce suivi ; dont 503 considérés comme graves, soit 24 %, et 4 décès. Le rapport fait en particulier état de 127 maladies auto-immunes, dont 17 cas de sclérose en plaques (SEP). Le pourcentage d’effets indésirables graves est plus élevé qu’aux Etats-Unis (24 % versus 7,9 %), de même pour la proportion d’atteintes neurologiques.

    Des chiffres a priori impressionnants, mais à interpréter avec précaution. « Ces événements ne sont pas forcément imputables au vaccin mais peuvent être observés chez des jeunes filles non vaccinées. Ces nouvelles données de surveillance ne remettent pas en cause le rapport bénéfice-risque de ce vaccin, commente le docteur Mahmoud Zureik, directeur de la stratégie de l’ANSM. A ce stade, les études publiées, robustes sur le plan méthodologique, ne mettent pas en évidence une fréquence plus élevée de maladies auto-immunes chez les filles vaccinées avec le Gardasil que chez celles qui ne l’ont pas été. Quant aux décès, dont le dernier remonte à plus de trois ans, la responsabilité du vaccin n’est pas établie. »

    Le docteur Zureik précise toutefois que l’ANSM lance une nouvelle étude, à partir des bases de données de l’Assurance-maladie de ces trois dernières années, pour comparer l’occurrence des maladies auto-immunes et de SEP chez les jeunes filles vaccinées ou non. Les résultats devraient être disponibles d’ici la fin de l’année. « La première étude menée en France sur ce sujet ne montrait pas de sur-risque mais elle était préliminaire. Il faut la consolider, avec une méthodologie dans les règles de l’art », poursuit l’épidémiologiste.

    Une démarche qu’approuve le professeur Jean-Marc Léger (neurologue, hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Paris). « La question posée est celle d’un lien direct, de cause à effet, entre une vaccination et l’apparition de maladies auto-immunes, dont la SEP. Comme dans le cas du vaccin contre l’hépatite B, seules des études scientifiques indépendantes peuvent y répondre, explique-t-il. Les lanceurs d’alerte sont utiles, mais il faut rester prudent face à des cas individuels médiatisés et revenir à la science. »

    Les plaintes ont-elles une chance d’aboutir ?

    Les effets secondaires attribués aux vaccins suscitent en France des actions en justice. La première plainte au pénal a été déposée en novembre 2013 par maître Jean-Christophe Coubris, l’avocat de la famille de Marie-Océane Bourguignon, 18 ans, qui a développé une inflammation du système nerveux après une injection de Gardasil (Le Monde du 24 novembre 2013). Les experts de la commission de conciliation et d’indemnisation des accidents médicaux de Bordeaux avaient conclu à « une sclérose en plaques » et fait le « lien entre les deux injections de Gardasil et la survenue » de la maladie de l’adolescente. Jean-Christophe Coubris a reçu à ce jour une centaine de témoignages de victimes présumées. Parmi les pathologies les plus fréquemment évoquées figurent la SEP, le lupus, des inflammations du système nerveux central, etc. Vingt-cinq nouveaux dossiers devraient être déposés auprès du parquet du pôle de santé du tribunal de grande instance de Paris fin avril, contre Sanofi Pasteur MSD et l’agence du médicament (ANSM) pour « blessures involontaires, violation d’une obligation manifeste de sécurité et méconnaissance des principes de précaution et de prévention », précise Jean-Christophe Coubris.

    Parallèlement, neuf autres victimes potentielles du Gardasil ont elles aussi déposé plainte contre X en décembre 2013 pour « atteinte involontaire à l’intégrité physique et tromperie aggravée » au tribunal de Bobigny (Seine-Saint-Denis). Ces jeunes femmes avaient en commun d’avoir contracté des maladies très invalidantes dans les semaines et les mois qui ont suivi la vaccination, souligne maître Camille Kouchner, leur conseil.

    « Nous avons privilégié la plainte contre X car il y a beaucoup d’intervenants et il faut chercher la responsabilité de chacun. Je ne suis pas du tout dans une politique antivaccins, mon combat c’est le Gardasil », précise la fille de l’ancien ministre de la santé. Elle a reçu à ce jour une cinquantaine de demandes de dépôt de plainte et doit en déposer cinq à dix dans les semaines à venir au tribunal de Bobigny.

    Faut-il vacciner ses enfants ?

    Alors que la vaccination des jeunes filles fait débat, le fabricant du Gardasil défend depuis le début l’idée d’inclure les garçons, pour prévenir certains cancers masculins et pour diminuer la circulation des HPV. Pour l’instant, seuls les Etats-Unis recommandent de le faire. « Il y a forte pression du laboratoire, mais un obstacle au niveau de l’Agence européenne du médicament [EMEA] car l’efficacité protectrice du vaccin n’est pas reconnue pour les cancers anaux, encore moins pour les cancers oropharyngés », explique Daniel Floret, sceptique sur une vaccination des garçons. Sanofi Pasteur MSD a déposé de nouvelles études à l’EMEA, qui devrait rendre une décision prochainement.

  • L’anonymat, un bien fragile
    http://www.lemonde.fr/sciences/article/2014/04/07/l-anonymat-un-bien-fragile_4397075_1650684.html

    Selon lui, 89 % des personnes hospitalisées une fois en 2008 et 100 % de celles hospitalisées deux fois sont théoriquement identifiables grâce au fichier PMSI (Programme de médicalisation des systèmes d’information), qui contient les données d’hospitalisation de plus de 23 millions de séjours à l’hôpital. Cette conclusion choc a été rappelée par Pierre-Louis Bras et André Loth dans leur rapport à la ministre de la santé en septembre 2013 sur la gouvernance et l’utilisation des données de santé. Le même Dominique Blum, auditionné en décembre 2013 par un groupe de travail réuni pour faire suite à ce rapport, a récidivé. Cette fois, il a démontré que le fichier des moyens séjours permet, lui aussi, de retrouver des informations cachées comme les dates de séjour, ouvrant la voie à des réidentifications.

    #passionnant sur l’identifiabilité ou désanonymisation
    avec les pistes actuelles de protection
    #statistical_disclosure_control
    #paywall_passoire

  • Saison mortelle en Antarctique
    http://www.lemonde.fr/sciences/article/2014/04/01/saison-mortelle-en-antarctique_4393667_1650684.html

    Pendant leur période de reproduction, ces oiseaux marins sont dépendants des conditions environnementales, à la fois en mer, où ils se nourrissent, et à terre, où ils prennent soin de leur progéniture. Ainsi, les deux parents alternent voyages en mer et présence à terre.

    Mais chez les manchots Adélie cette stratégie a été mise en échec, aucun poussin n’a survécu. Pour Thierry Raclot, chercheur au Département d’écologie, physiologie et éthologie de Strasbourg et spécialiste de cette espèce, « c’est du jamais-vu ». « Le succès reproducteur oscille en général entre 0,3 et 1,2 poussin par couple ». Sachant qu’il y a environ 15 000 couples sur la base, entre 4 500 à 18 000 auraient dû survivre !

    Après une explication détaillée des difficultés, la conclusion résume

    Si on récapitule, la polynie n’est apparue que très tard et la banquise n’a jamais débâclé. Deux ingrédients-clés à l’origine de l’hécatombe des manchots. Mais qu’est-ce qui régit l’état de la glace de mer ?

    Et bien, on n’en sait pas grand chose…

  • Data in widely heralded stem-cell research was falsified, Japan lab says | CTV News
    http://www.ctvnews.ca/sci-tech/data-in-widely-heralded-stem-cell-research-was-falsified-japan-lab-says-1.17

    Data in a widely heralded stem-cell research paper was falsified, a Japanese government-funded laboratory said Tuesday, as the lead researcher accused of the malpractice denied any wrongdoing.
    The research from the Riken Center for Development Biology in Kobe, western Japan, had been hailed as a possible breakthrough for growing tissue to treat illnesses such as diabetes and Parkinson’s disease using a simple lab procedure.
    But significant discrepancies in research published in January in scientific journal Nature led a panel of scientists at Riken to conclude they stemmed from falsified data.
    They said researcher Haruko Obokata, the lead author of the paper in Nature, had manipulated or falsified images of DNA fragments used in the research.
    The investigation committee has concluded that Ms. Obokata is responsible for manipulation and therefore for research malpractice,” said Shunsuke Ishii, the Riken scientist who led the committee charged with investigating allegations the work was falsified.
    Obokata vehemently objected to the committee’s findings.
    I was outraged and shocked by the committee’s report,” she said in a statement. “I cannot accept the finding, and I intend to make an appeal to Riken in coming days.
    Prime Minister Shinzo Abe has made greater gender equality and female advancement in the workforce a plank of his economic revival strategy for Japan. But the recognition of Obokata, a fashionable young woman, as a leading scientist still made waves in conservative, male-dominated Japan.

    • Dans La Croix

      Une biologiste japonaise accusée de fraude pour des travaux sur les cellules-souches | La-Croix.com
      http://www.la-croix.com/Actualite/Monde/Une-biologiste-japonaise-accusee-de-fraude-pour-des-travaux-sur-les-cellul

      Lors d’une conférence de presse, le président du comité a dénoncé son manque de « sens éthique », d’« humilité » et son « immaturité ». En cause : des images trafiquées et des données issues de deux expériences différentes publiées par la chercheuse et ses coauteurs dans la revue Nature fin janvier . Haruko Obokata se dit « surprise et en colère » et réfute les accusations de manipulation intentionnelle.

      Sur le fond, en attente de vérification ; sur la forme, attaque ad hominem en règle…
      #sexisme

    • Cellules souches : une affaire de fraude scientifique
      http://www.lemonde.fr/sciences/article/2014/04/07/cellules-souches-une-affaire-de-fraude-scientifique_4397084_1650684.html

      Directeur scientifique de l’I-Stem (unité Inserm 861) au Genopole d’Evry, Marc Peschanski s’agace de l’attitude de la revue Nature. « La technique proposée est testable en quinze jours. Il n’était donc pas très compliqué de vérifier la solidité de ces résultats, mais Nature a préféré faire un coup médiatique. Les grandes revues comme Nature, Science ou Cell publient des travaux présentés comme des évangiles sans prendre assez de précaution. Quand une publication représente une percée spectaculaire, cela justifie de vérifier deux fois plus. »

      Un avis que ne partage pas Laure Coulombel, directrice de recherche à l’Inserm (U935) et rédactrice en chef de Médecine/Sciences : « Répliquer les résultats d’une recherche publiée est essentiel, mais il paraît difficile que les revues l’organisent. Comment choisir ce qu’il faut répliquer ? Les articles étaient cosignés par des auteurs chevronnés. C’était à eux et au laboratoire auquel appartient la chercheuse de s’assurer de la solidité des résultats. »

      Marc Peschanski souligne un facteur nouveau dans ce type d’affaire : « Quand ces résultats ont été publiés, très vite de nombreuses équipes ont essayé de les répliquer, comme cela se fait classiquement. La différence est l’accélération considérable de la circulation de l’information sur les réseaux sociaux. Les premières équipes qui constataient que le procédé ne fonctionnait pas l’ont indiqué sur #Twitter en demandant si d’autres y parvenaient. Cela s’est propagé comme une traînée de poudre. »

      Pour Laure Coulombel, « cette affaire amène à réfléchir plus globalement à cet attrait du scoop immédiat, qui explique au moins pour partie l’augmentation du nombre d’articles qui font l’objet d’un retrait ».

      #paywall_passoire

    • Avec cette précision (que je n’avais pas vue)

      Mardi 1er avril, le centre [de recherches Riken] a annoncé que Haruko Obokata avait délibérément fabriqué les données permettant d’arriver aux résultats publiés dans Nature. Ces griefs s’appuyaient sur la base de ses « notes de recherches fragmentaires et non datées » et sur la réutilisation d’images déjà employées dans ses travaux pour son doctorat, sur un sujet différent.