• #Microbes could survive on planets with all-hydrogen #atmospheres - ABC News
    https://abcnews.go.com/Technology/microbes-survive-planets-hydrogen-atmospheres/story?id=70581628

    In the new study, researchers investigated how well two different kinds of microbes grew in the lab in 100% hydrogen: the bacterium E. coli, which lacks a nucleus, and yeast, which has one. Although neither microorganism normally lives in environments dominated by hydrogen, the scientists found both could reproduce, switching from their preferred oxygen-consuming metabolism to less efficient anaerobic processes.

    Their growth rates were slower in hydrogen atmospheres, perhaps due to the lack of energy the microbes would normally get from oxygen. E. coli reached numbers roughly half those they would have in regular air, and yeast was hundreds of times less abundant than it would otherwise have been.

    #hydrogène #micro-organismes #vie #métabolisme

  • #Virus : quand les activités humaines sèment la #pandémie
    https://theconversation.com/virus-quand-les-activites-humaines-sement-la-pandemie-135907

    La vie que nous voyons s’organise autour d’une #diversité invisible (dark biodiversity) constituée de micro-organismes qui assurent des fonctions essentielles dans les #écosystèmes. Sans eux, ces derniers s’écroulent ou sont moins résilients aux aléas et aux crises environnementales et anthropiques.[..,]

    Faut-il dès lors explorer et décrire cette diversité microbienne afin d’identifier les possibles agents de futures #épidémies ? Nous le décririons [...] que des crises sanitaires se déclencheraient de manière insidieuse, avant même que ce travail titanesque ait pu faire un premier tour de toutes ces descriptions !

    Puisque la vie que nous observons s’organise et se régule grâce à ces myriades de micro-organismes, quelle est la part de responsabilité des activités humaines dans les dérèglements actuels ? Aurions-nous entrouvert le couvercle de la boîte de Pandore, laissant un flux plus conséquent de #micro-organismes s’échapper, avec des conséquences potentiellement désastreuses ?

    La réponse est affirmative.

  • Ces si (extra)ordinaires alchimistes du sol

    #micro-organismes #bactéries #sols #champignons #plantes #insectes #vers_de_terre #biodiversité #agriculture #pédologie #AgnesStienne #cartographie

    14 novembre 2017

    Petite visite en terre inconnue, dans ce repaire où, bien à l’abri des regards, un microcosme souterrain s’active à l’accomplissement du grand œuvre : fabriquer du sol et faire pousser des plantes... éternellement.
    par Agnès Stienne (@odilon)
    Artiste, cartographe


    Agnes Stienne est une artiste cartographe, c’est aussi une cartographe en colère qui défend la biodiversité et les pratiques agricoles respectueuses de l’environnement.

    Si la pédologie est une science obscure à vos yeux lisez son article et contemplez ses belles cartes et illustrations à la découverte des inconnus qui assurent l’équilibre et la fertilité de nos sols mis à mal par les pratiques de l’agriculture productiviste.
    Le site VisionsCarto nous propose un bel article sur le sujet à découvrir.
    https://visionscarto.net/ces-si-extra-ordinaires

  • A quoi ressemblerait la Terre sans #microbes ?
    http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2014/12/21/a-quoi-ressemblerait-la-terre-sans-microbes

    En l’absence des #procaryotes, toute la #chaîne_alimentaire imploserait.

    Commençons par le bas. Sans les #bactéries, qui jouent un rôle essentiel dans la fixation de l’#azote par les #plantes, la #photosynthèse cesserait dans l’année qui suivrait. L’humanité pourrait néanmoins parer le coup en nourrissant ses cultures avec des engrais azotés que l’on sait produire à bas coût. Mais pourrait-on également apporter ces compléments à toutes les grandes zones végétales sauvages du monde, à toutes les #forêts tropicales, à la #taïga, à la #savane, etc. ? On en doute. Passons à l’étage supérieur, celui des #herbivores et en particulier des ruminants qui nous fournissent leur #viande et leur #lait. Si nous ne voulons pas dire « adieu, veaux, vaches, moutons, chèvres », il faudra là encore, expliquent Gilbert et Neufeld, avoir recours au talent des chimistes humains pour que ces animaux se passent des services des bactéries et archées qui aident notre bétail à digérer la #cellulose des plantes.

    Ce n’est là que le début des problèmes. Il faudrait par exemple penser à donner à tous les animaux du monde (et notamment au #phytoplancton) de la vitamine B12 qui nous est fournie grâce à l’activité bactérienne. Cette dernière joue aussi un rôle important dans le recyclage de la biomasse. Ainsi, sans les bactéries, le #phosphore qui existe en quantité limitée à la surface de la planète et qui est contenu dans les êtres vivants, ne pourrait plus, une fois ceux-ci passés de vie à trépas, être restitué à la nature et viendrait progressivement à manquer, en particulier dans les #océans qui cesseraient de produire de la vie en quelques décennies, sauf à se dire que nos chimistes joueraient de nouveau les pompiers et ensemençant toutes les mers du globe en phosphore...

    Même en imaginant que nous puissions, par notre chimie, empêcher la chaîne alimentaire de s’effondrer complètement, il est un domaine où l’absence de bactéries finirait par se faire cruellement sentir : celui de l’#oxygène que nous respirons. Sa production serait déjà bien entamée par la disparition prévisible d’une bonne partie des écosystèmes végétaux, terrestres ou marins, mais le phénomène serait aggravé parce qu’une partie de cet oxygène provient directement des #cyanobactéries ! Nous pourrions vivre sur les réserves probablement pendant plusieurs centaines de millénaires, calculent nos deux biologistes, mais celles-ci finiraient par s’épuiser.

    Il est de toute manière fort probable qu’avant d’arriver à l’asphyxie finale, l’humanité n’aura pas survécu à des périodes prolongées de famine et de guerres pour la nourriture dignes de certaines fictions apocalyptiques. Les auteurs soulignent que, même si la disparition subite des bactéries n’entraînait pas dans la foulée celle des plantes et animaux, « la survie à long terme des eucaryotes serait douteuse ». Bel euphémisme. Cette expérience de pensée a le mérite, en décortiquant la multitude de processus dans lesquels les #micro-organismes sont impliqués, de mettre en lumière à quel point ces minuscules êtres, que l’on regroupe un peu par dédain sous le terme de « microbes », sont en réalité les véritables maîtres de la #vie sur #Terre.

  • Ce #virus inconnu présent chez un humain sur deux
    http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2014/08/01/ce-virus-inconnu-present-chez-un-humain-sur-deux

    Il y a tout un monde dans nos boyaux. Le chiffre est souvent donné tellement il est éloquent : on estime que les cellules composant notre corps sont dix fois moins nombreuses que les cellules des #micro-organismes (bactéries, champignons, protistes, virus) qui peuplent notre système digestif. L’étude du #microbiote intestinal est en plein boom – on envisage par exemple des greffes de flore pour le traitement de l’obésité ou de maladies inflammatoires de l’intestin – mais, pour faire les choses dans l’ordre, cette exploration passe d’abord par l’identification des espèces qui nous colonisent le colon.

    Il faut bien l’admettre, c’est rempli d’inconnus là-dedans ! Au point que les chercheurs les considèrent comme la « matière noire » de la biologie, à l’instar de la matière noire de la cosmologie, cette importante composante de l’Univers dont on déduit la présence mais dont on ignore la nature. Le moyen le plus simple dont disposent les biologistes pour approcher les peuplades intestinales s’appelle la #métagénomique. Cela consiste à prendre un bout de milieu naturel (ici des matières fécales...) et à en cataloguer le contenu à partir des génomes qu’on y trouve. Plusieurs travaux de métagénomique ont déjà été consacrés au contenu des intestins et c’est sur ces précédents que s’est appuyée une équipe internationale qui s’est intéressée en particulier au virome intestinal, c’est-à-dire aux séquences génétiques appartenant aux virus, essentiellement des bactériophages (ou phages).

    Ses résultats viennent d’être publiés dans Nature Communications et le moins que l’on puisse dire, c’est qu’ils sont surprenants. Ces chercheurs sont partis d’un tout petit échantillon de douze femmes. Ils ont scruté le matériel génétique présent dans leurs excréments et se sont aperçus que, chez toutes les personnes en question, on retrouvait le génome d’un virus, 97 000 paires de bases ne correspondant à aucune entité connue. Un panel de douze individus n’étant pas vraiment représentatif de la population humaine, l’équipe a ensuite passé au crible d’autres articles de métagénomique ayant œuvré sur des centaines d’Homo sapiens provenant de divers continents et elle a notamment fouillé dans ces résultats de travaux dont on ne sait trop que faire et que l’on range dans le fourre-tout baptisé « Inconnus ». Comme le souligne, non sans une certaine ironie, l’étude de Nature Communications, « tout le monde est d’accord pour dire que les inconnus sont importants, cependant ceux-ci sont en général ignorés »...

    La surprise vient du fait que ce génome de virus était systématiquement présent chez toutes les populations humaines testées. D’après les extrapolations effectuées par les chercheurs, un humain sur deux abriterait ce phage. « Cette observation, dit l’étude, s’élève contre l’opinion communément admise que le virome intestinal est unique à chaque individu et elle suggère que quelques phages pourraient être fréquents chez les humains de par le monde. » Etant donné qu’on ne le trouve pas chez les très jeunes bébés, on suppose que ce virus s’invite dans l’appareil digestif au cours de l’enfance. « Pour autant qu’on puisse en juger, explique l’un des auteurs de l’étude, Robert Edwards, chercheur à la San Diego State University, il est aussi vieux que le sont les humains. » Ainsi que l’explique un autre co-auteur, John Mokili, lui aussi de la San Diego State University, « il n’est pas inhabituel de partir en quête d’un nouveau virus et d’en trouver un. Mais c’est très inhabituel d’en trouver un qui soit commun à tant de gens. Il est étrange qu’il ait échappé si longtemps au radar. »

    Pour le moment, baptisé crAssphage (en référence au programme dit de « cross-assembly » qui a permis de déterminer sa présence), ce virus reste en quelque sorte virtuel. On sait qu’il est là, quelque part dans les intestins de milliards d’humains, mais on n’a pas encore vraiment mis la main dessus. Une fois qu’il sera isolé, les chercheurs espèrent déterminer à quelle bactérie de la flore intestinale il s’en prend et si cette attaque est bénéfique ou pas pour les hôtes.

  • Methanogenic burst in the end-Permian carbon cycle
    http://www.pnas.org/content/early/2014/03/26/1318106111.abstract?sid=9d83e4ae-89c3-4654-a7b8-1120519f760e

    Des #micro-organismes à l’origine de la plus grande #extinction terrestre ?
    http://www.maxisciences.com/micro-organisme/des-micro-organismes-a-l-039-origine-de-la-plus-grande-extinction-terr

    Dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences, des scientifiques exposent aujourd’hui une toute autre théorie. D’après eux, l’extinction aurait été causée par la multiplication considérable de #microbes producteurs de #méthane connus sous le nom de #Methanosarcina. En se multipliant, ces micro-organismes auraient commencé à produire des quantités énormes de ce puissant gaz à #effet_de_serre qui aurait alors modifié le #climat et la chimie des océans. 

    Du méthane au dioxyde de carbone

    Pour en arriver là, les chercheurs ont considéré un indice bien particulier : des éléments géochimiques ont montré une augmentation de la concentration de CO2 dans les océans à l’époque de l’extinction. Or, cette hausse très importante et rapide s’est faite de façon exponentielle et n’a pas été suivie d’une diminution. Des caractéristiques qui ne collent pas avec la théorie des éruptions volcaniques, expliquent les chercheurs.

    « Une injection rapide de CO2 provenant de volcans aurait été suivie d’une diminution graduelle. Or ce fut l’inverse, avec un accroissement rapide et continu qui laisse penser », à une explication plutôt biologique comme « une explosion de microbes producteurs de méthane », indique l’un des chercheurs, Gregory Fournier repris par l’AFP. En effet, les Methanosarcina ont la capacité de fabriquer du méthane à partir d’éléments à base de carbone.

    Or, une fois dans l’océan, ce gaz a pu être utilisé par d’autres micro-organismes qui l’ont converti en CO2 en captant de l’oxygène dans l’atmosphère. A grande échelle, cette réaction aurait peu à peu fait diminuer les concentrations d’oxygène dans l’air et causer une pénurie de l’élément pourtant indispensable. C’est ce manque qui aurait alors entrainé de grands changements dans les écosystèmes.

    Les volcans, un facteur déclencheur ?

    Cette théorie est renforcée par des indices génétiques mis en évidence par les scientifiques. En étudiant le génome des Methanosarcina, ces derniers ont estimé que la mutation génétique permettant de fabriquer du méthane avait dû apparaître il y a environ 250 millions d’années soit à peu près au moment de l’extinction. Mais pour produire autant de méthane, les microbes auraient eu besoin d’un élément supplémentaire, du nickel.

    Là encore, la théorie semble cohérente puisque une analyse des couches sédimentaires a montré un accroissement soudain du nickel exactement à la même période. D’après les chercheurs, l’élément aurait été libéré par des éruptions volcaniques, qui aurait également déclenché une première baisse d’oxygène dans l’atmosphère. Les Methanosarcina auraient alors profité de ces conditions pour commencer à prospérer. 

    « Le volcan a été le catalyseur ou l’amorce à la libération massive de CO2 qui a été causée biologiquement », a expliqué à Live Science Gregory Fournier, biologiste au Massachusetts Institute of Technology. Dans leur théorie, c’est cependant les micro-organismes qui ont joué le rôle le plus important en déclenchant une cascade d’évènements interdépendants conduisant à l’extinction catastrophique.

    Une perturbation à très long terme

    « Cela a pu être une perturbation successive à très long terme de tous les écosystèmes de la Terre », a ajouté Fournier. D’après les estimations, l’extinction du Permien se serait faite sur une période de 60.000 ans, un temps court à l’échelle géologique mais ces conséquences auraient perduré pendant bien plus longtemps.

    Le nombre de microbes producteurs de méthane aurait lui, diminué après environ 100.000 ans. Toutefois, les dommages étaient faits : il aura fallu encore 30 millions d’années avant que la diversité de la vie ne refasse surface, a conclu Fournier.

  • Jusqu’où peut-on recourir au crédit sans les banques | Atlantico
    http://www.atlantico.fr/decryptage/jusqu-ou-peut-on-recourir-au-credit-sans-banques-bernard-marois-1008477.ht

    Atlantico : Entre plates-formes de financement participatif et recours à des micro-organismes de crédit, les banques sont loin d’avoir le monopole – notamment pour les petites sommes – pour le financement des projets. Ces nouveaux acteurs vous semblent-ils représenter une alternative crédible ? Les banques sont-elles en danger sur l’activité de crédit ?

    Bernard Marois : Dire que les banques sont en danger est excessif. Compte tenu des nouvelles règlementations bancaires de Bâle 3, avec l’obligation de reconstituer des capitaux propres, elles sont obligées de diminuer leur passif, donc le financement qu’elles apportent à l’économie. Et ce sont évidemment les petites et moyennes entreprises qui en souffrent. Donc le développement d’autres sources de financement est indispensable. Les banques, à la limite, l’acceptent relativement car elles ne peuvent pas faire autrement.
    Que trouvent chez ces nouveaux acteurs les chercheurs de crédits, et qu’ils ne trouvent plus chez les banques traditionnelles ? A l’inverse, ses organismes posent-ils des obstacles nouveaux pour les emprunteurs ?

    Pour les emprunteurs, il s’agit d’une diversification des sources de financement puisque le crowdfunding ou les financements par des fonds permettent de multiplier les prêteurs, ce qui est une bonne chose pour les entreprises. Cela évite d’avoir tous les risques du même côté, sur le secteur bancaire. On sait très bien aussi que le financement de l’économie par les banques – qui représente en France 70% – va aller en diminuant pour se rapprocher du modèle anglo-saxon où ce taux ne s’élève qu’à 30% du financement total, le reste étant principalement pris en charge par les marchés financiers.

    Un des obstacles majeurs, c’est le manque de méthode de calcul des risques – le « credit scoring » – ou l’absence d’agence de notation de type Standard & Poor’s qui puissent analyser ce type de crédit de montant souvent limité. Cela touche aussi bien les investisseurs que les emprunteurs, car cela ne va pas fluidifier le marché rapidement. Mais si le modèle de ces nouveaux organismes prêteurs continue de se développer, on verra apparaître des entreprises et des outils spécialisés dans l’analyse de ces nouveaux crédits.
    Ces nouveaux organismes financent essentiellement des projets aux budgets modestes. Peut-on envisager que les montants prêtés prennent de l’ampleur ? Y a-t-il une limite où la banque est le seul recours possible ?

    Je pense que la diversification est bonne pour les emprunteurs et le mouvement va sans doute se poursuivre pour compléter leurs emprunts bancaires. De plus, on assiste quand même à un développement important du potentiel de ces nouveaux acteurs même si évidemment, on partait de zéro à la base. Et surtout, concernant le potentiel de ces structures, il faut bien comprendre que certains organismes sont réellement important puisque vous avez par exemple tous ceux issus du monde de l’assurance, à travers des fonds de type Novo. Vous avez également les produits proposés par des fonds de pension. Il existe un éventail très large du particulier qui participe à un fond de crowdfunding jusqu’à l’assurance qui participe à un fond de financement privé.

    Des crédits souvent peu rémunérateurs sur des projets à risques de défaillance élevé, ces nouveaux acteurs ne font-ils pas le jeu des banques finalement ? Un système de crédit à deux vitesses va-t-il se pérenniser ?

    Pour reprendre une formule un peu caricaturale, je dirais que les banques préfèrent prêter à des sociétés en bonne santé pour garantir un risque faible, sauf que ces dernières n’ont pas forcément besoin de crédits. Mais, depuis quelques années, les banques sont focalisées sur la faiblesse du risque. Les nouveaux acteurs, eux, vont dans les projets plus risqués et plus rémunérateurs. Mais il ne s’agit pas d’une approche à deux vitesses, plutôt d’une continuité. En effet, même pour une start-up, il y a souvent un mélange de crédit bancaire et de prêts provenant de fonds privés. Et cela n’empêchera pas une entreprise ayant réussi à grandir de revenir vers un système bancaire traditionnel si elle y trouve des conditions plus favorables. Dans tous les cas, je pense qu’à l’avenir les compagnies d’assurance vont être amenées à jouer un rôle majeur.

    #économie
    #finance
    #banques
    #crédit
    #emprunts-bancaires
    #financement-participatif
    #micro-organismes de crédit
    #Crowdfunding