#microbiote

JIM.fr - #Microbiote fécal : recommandations de l’Académie de pharmacie
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Paris, le mardi 24 février 2015 - Le succès du transfert de microbiote fécal (TMF) dans les infections à #Clostridium_difficile multirécidivantes est largement confirmé par la littérature internationale et d’autres pathologies sont potentiellement concernées, telles que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, les troubles fonctionnels intestinaux, l’obésité, les maladies métaboliques et auto-immunes ou encore certains désordres neuropsychiatriques (1). Le microbiote fécal répond à la définition d’un médicament, dont la préparation relève de la responsabilité de la pharmacie à usage intérieur (PUI) d’un établissement de santé, indique l’Agence nationale de Sécurité du Médicament (ANSM) dans un rapport de mars 2014 qui a encadré cette pratique afin de garantir la sécurité des patients concernés. Ni caractérisable, ni évaluable, de composition complexe et variable selon les dons, ce médicament bien particulier relève de la qualification transitoire de médicament biologique « sui generis » soulignent le Pr Francis Mégerlin et ses confrères de l’Académie nationale de pharmacie et de la George Washington University (2).

Une préparation réglementée

L’Académie nationale de pharmacie vient de rendre publiques les recommandations préparées par son groupe de travail « Transfert de flore » du groupe « Projet Santé-environnement » concernant le TMF des infections récidivantes à C difficile. Concernant la préparation du TMF par les pharmaciens exerçant au sein d’une PUI, elle précise que, sous réserve d’une autorisation par l’Agence régionale de santé, elle doit être effectuée « dans des locaux adaptés et en conformité avec des bonnes pratiques nécessitant d’être complétées par des dispositions spécifiques ». Selon les circonstances, souligne l’Académie, « cette préparation peut faire appel à une sous-traitance formalisée des recueil, contrôle et traitement de la matière première par une autre PUI autorisée ou par des biologistes médicaux ». Et dans les deux cas, « le lot est libéré sous l’autorité du pharmacien ».

Objectif : traçabilité

En ce qui concerne la qualification du don en vue du TMF, l’Académie recommande « la pratique d’un questionnaire et, le cas échéant, d’un examen clinique » pour contribuer à la sécurisation du don, ainsi que la standardisation de cette procédure sur le plan national. Elle souhaite d’autre part que « les contrôles macroscopique, microscopique, biochimique et microbiologique soient déterminés et hiérarchisés en vue de l’élimination des risques pathogènes connus ».

L’académie prône l’élaboration d’ « un guide des bonnes pratiques de préparation spécifiques » pour la préparation à administrer, prenant en compte en particulier « le recueil, le traitement et la formulation de la matière première, ainsi que le contrôle microbiologique du don ». Les cas de sous-traitance sont à formaliser « par un service de pharmacie hospitalière ou de biologie médicale » selon l’organisation de l’établissement. Les académiciens insistent sur la nécessité de la traçabilité du don pour les cas d’éventuels effets secondaires. Ils conseillent des fichiers pour assurer « la mémoire des prélèvements et des dons effectués dans le cadre du TMF (pendant dix ans) », des échantillothèques pour conserver 3 ans à - 80°C des fèces et les préparations utilisées pour le TMF ; la mise en place d’un registre national ou européen des différents TMF réalisés « tant dans les cas d’infections récidivantes à C. difficile que pour d’autres applications en recherche biomédicale » ; et la structuration pour « évaluer les bénéfices et les risques du TMF » d’un réseau de retour d’expériences et de surveillance, « national, européen et international ».

Le #microbiote participe à la protection antipalustre
▻http://www.lequotidiendumedecin.fr/actualite/recherche-sciences/le-microbiote-participe-la-protection-antipalustre

En induisant la production de certains #anticorps naturels, le microbiote stimule une défense naturelle de l’organisme très efficace contre le #paludisme, selon une équipe portugaise de l’Instituto Gulbenkian de Ciencia. L’équipe dirigée par Miguel Soares a montré chez la souris que des taux élevés d’#anticorps #anti-alpha-gal sont capables de neutraliser le #parasite immédiatement après inoculation par le #moustique et de bloquer ainsi la transmission de l’#infection. Ces résultats ouvrent la voie à un nouveau type de #vaccin, notamment à visée des #enfants, sachant que les moins de 3 ans ont encore peu d’anticorps naturels anti-alpha-gal et présentent une plus grande vulnérabilité à l’infection palustre.

Certaines #bactéries du microbiote, dont des souches spécifiques d’#E._coli, expriment à leur surface des saccharides, de type glycanes. Ces derniers sont reconnus par le système immunitaire et entraînent la production de taux élevés d’anticorps naturels circulants chez les adultes. À partir de là, les scientifiques portugais ont émis l’hypothèse que ces mêmes anticorps pourraient reconnaître des molécules similaires exprimées à la surface du pathogène.

Bahtiyar Yilmaz, l’un des chercheurs, a découvert que le #Plasmodium présente des molécules de surface appelées alpha-gal, qui sont aussi exprimées à la surface des E. coli du microbiote. Dans une série d’expériences chez la souris, ces alpha-gal bactériens étaient suffisants pour induire la production d’anticorps naturels, ceux-ci étant capables par ailleurs de reconnaître la même molécule exprimée à la surface du parasite. Le jeune chercheur ne s’est pas arrêté en si bon chemin. Il a montré ensuite que la liaison de ces anticorps anti-alpha-gal avait lieu immédiatement après l’inoculation par le moustique et déclenchait une réaction du système immunitaire via la cascade du complément. La destruction du parasite a lieu au niveau de la peau, avant même que le parasite n’ait pu gagner la circulation générale.

Seule une petite fraction des adultes exposés aux piqûres de moustiques contracte le paludisme tandis que les enfants de moins de 3-5 ans sont bien plus susceptibles à contracter la parasitose. Cet état de fait suggère qu’il existe un mécanisme naturel de défense chez les adultes. En analysant les données d’une population en zone d’endémie au Mali, les chercheurs portugais en collaboration avec des confrères américains et maliens ont mis en évidence une susceptibilité accrue à l’infection chez les individus ayant des taux faibles et a contrario une susceptibilité moindre chez ceux ayant des taux élevés. Les enfants ont une production encore insuffisante d’anticorps circulants, ce qui pourrait expliquer leur plus grande vulnérabilité.

Ces résultats ouvrent la voie à une nouvelle piste vaccinale. Chez la souris, le #vaccin qui s’est avéré de production relativement facile a pu générer des taux élevés d’anticorps anti-alpha-gal très protecteurs contre le Plasmodium. Il reste à savoir si le phénomène se vérifie chez l’homme, en particulier chez les jeunes enfants. Selon les estimations de l’OMS en 2012, environ 460 000 enfants africains meurent du paludisme avant leur 5e anniversaire.

#santé

Ce #virus inconnu présent chez un humain sur deux
▻http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2014/08/01/ce-virus-inconnu-present-chez-un-humain-sur-deux

Il y a tout un monde dans nos boyaux. Le chiffre est souvent donné tellement il est éloquent : on estime que les cellules composant notre corps sont dix fois moins nombreuses que les cellules des #micro-organismes (bactéries, champignons, protistes, virus) qui peuplent notre système digestif. L’étude du #microbiote intestinal est en plein boom – on envisage par exemple des greffes de flore pour le traitement de l’obésité ou de maladies inflammatoires de l’intestin – mais, pour faire les choses dans l’ordre, cette exploration passe d’abord par l’identification des espèces qui nous colonisent le colon.

Il faut bien l’admettre, c’est rempli d’inconnus là-dedans ! Au point que les chercheurs les considèrent comme la « matière noire » de la biologie, à l’instar de la matière noire de la cosmologie, cette importante composante de l’Univers dont on déduit la présence mais dont on ignore la nature. Le moyen le plus simple dont disposent les biologistes pour approcher les peuplades intestinales s’appelle la #métagénomique. Cela consiste à prendre un bout de milieu naturel (ici des matières fécales...) et à en cataloguer le contenu à partir des génomes qu’on y trouve. Plusieurs travaux de métagénomique ont déjà été consacrés au contenu des intestins et c’est sur ces précédents que s’est appuyée une équipe internationale qui s’est intéressée en particulier au virome intestinal, c’est-à-dire aux séquences génétiques appartenant aux virus, essentiellement des bactériophages (ou phages).

Ses résultats viennent d’être publiés dans Nature Communications et le moins que l’on puisse dire, c’est qu’ils sont surprenants. Ces chercheurs sont partis d’un tout petit échantillon de douze femmes. Ils ont scruté le matériel génétique présent dans leurs excréments et se sont aperçus que, chez toutes les personnes en question, on retrouvait le génome d’un virus, 97 000 paires de bases ne correspondant à aucune entité connue. Un panel de douze individus n’étant pas vraiment représentatif de la population humaine, l’équipe a ensuite passé au crible d’autres articles de métagénomique ayant œuvré sur des centaines d’Homo sapiens provenant de divers continents et elle a notamment fouillé dans ces résultats de travaux dont on ne sait trop que faire et que l’on range dans le fourre-tout baptisé « Inconnus ». Comme le souligne, non sans une certaine ironie, l’étude de Nature Communications, « tout le monde est d’accord pour dire que les inconnus sont importants, cependant ceux-ci sont en général ignorés »...

La surprise vient du fait que ce génome de virus était systématiquement présent chez toutes les populations humaines testées. D’après les extrapolations effectuées par les chercheurs, un humain sur deux abriterait ce phage. « Cette observation, dit l’étude, s’élève contre l’opinion communément admise que le virome intestinal est unique à chaque individu et elle suggère que quelques phages pourraient être fréquents chez les humains de par le monde. » Etant donné qu’on ne le trouve pas chez les très jeunes bébés, on suppose que ce virus s’invite dans l’appareil digestif au cours de l’enfance. « Pour autant qu’on puisse en juger, explique l’un des auteurs de l’étude, Robert Edwards, chercheur à la San Diego State University, il est aussi vieux que le sont les humains. » Ainsi que l’explique un autre co-auteur, John Mokili, lui aussi de la San Diego State University, « il n’est pas inhabituel de partir en quête d’un nouveau virus et d’en trouver un. Mais c’est très inhabituel d’en trouver un qui soit commun à tant de gens. Il est étrange qu’il ait échappé si longtemps au radar. »

Pour le moment, baptisé crAssphage (en référence au programme dit de « cross-assembly » qui a permis de déterminer sa présence), ce virus reste en quelque sorte virtuel. On sait qu’il est là, quelque part dans les intestins de milliards d’humains, mais on n’a pas encore vraiment mis la main dessus. Une fois qu’il sera isolé, les chercheurs espèrent déterminer à quelle bactérie de la flore intestinale il s’en prend et si cette attaque est bénéfique ou pas pour les hôtes.

Microbiote : des bactéries qui nous veulent du bien
▻https://lejournal.cnrs.fr/articles/microbiote-des-bacteries-qui-nous-veulent-du-bien

Il pèse entre un et cinq kilos, vit dans vos intestins et se nourrit de ce que vous avalez. Mais loin de vous être hostile, le microbiote est votre indispensable allié.

Lifestyle determines gut microbes
▻http://www.eurekalert.org/pub_releases/2014-04/m-ldg041514.php

An international team of researchers has for the first time deciphered the intestinal bacteria of present-day hunter-gatherers

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The research team, composed of anthropologists, microbial ecologists, molecular biologists, and analytical chemists, and led in part by Stephanie Schnorr and Amanda Henry of the Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, compared the Hadza gut microbiota to that of urban living Italians, representative of a “westernized” population. Their results, published recently in Nature Communications, show that the Hadza have a more diverse gut microbe ecosystem, i.e. more bacterial species compared to the Italians. “This is extremely relevant for human health”, says Stephanie Schnorr. “Several diseases emerging in industrialized countries, like IBS, colorectal cancer, obesity, type II diabetes, Crohn’s disease and others, are significantly associated with a reduction in gut microbial diversity.”

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The Hadza gut microbiota is well suited for processing indigestible fibres from a plant-rich diet and likely helps the Hadza get more energy from the fibrous foods that they consume. Surprisingly, Hadza men and women differed significantly in the type and amount of their gut microbiota, something never before seen in any other human population. Hadza men hunt game and collect honey, while Hadza women collect tubers and other plant foods. Though they share these foods, each sex eats slightly more of the foods they target. “The differences in gut microbiota between the sexes reflects this sexual division of labour”, says Stephanie Schnorr. “It appears that women have more bacteria to help process fibrous plant foods, which has direct implications for their fertility and reproductive success.” These findings support the key role of the gut microbiota as adaptive partners during the course of human evolution by aligning with differing diets.

Finally, the Hadza gut microbe community is a unique configuration with high levels of bacteria, like Treponema, that in western populations are often considered signs of disease, and low levels of other bacteria, like Bifidobacterium, that in western populations are considered “healthy”. However, the Hadza experience little to no autoimmune diseases that would result from gut bacteria imbalances. Therefore, we must redefine our notions of “healthy” and “unhealthy” bacteria, since these distinctions are clearly dependent on the environment we live in. Genetic diversity of bacteria is likely the most important criterion for the health and stability of the gut microbiome.

#microbiote

The Fat Drug - NYTimes.com
▻http://www.nytimes.com/2014/03/09/opinion/sunday/the-fat-drug.html

Dusty agricultural journals attest to the ways in which the drugs [antibiotics] can act like a kind of superfood to produce cheap meat.

But what if that meat is us? Recently, a group of medical investigators have begun to wonder whether antibiotics might cause the same growth promotion in humans. New evidence shows that America’s obesity epidemic may be connected to our high consumption of these drugs. But before we get to those findings, it’s helpful to start at the beginning, in 1948, when the wonder drugs were new — and big was beautiful.

(...)

In 1954, Alexander Fleming — the Scottish biologist who discovered penicillin — visited the University of Minnesota. His American hosts proudly informed him that by feeding antibiotics to hogs, farmers had already saved millions of dollars in slop. But Fleming seemed disturbed by the thought of applying that logic to humans. “I can’t predict that feeding penicillin to babies will do society much good,” he said. “Making people larger might do more harm than good.”

Nonetheless, experiments were then being conducted on humans. In the 1950s, a team of scientists fed a steady diet of antibiotics to schoolchildren in Guatemala for more than a year,while Charles H. Carter, a doctor in Florida, tried a similar regimen on mentally disabled kids. Could the children, like the farm animals, grow larger? Yes, they could.

(...)

In 2002 Americans were about an inch taller and 24 pounds heavier than they were in the 1960s, and more than a third are now classified as obese. Of course, diet and lifestyle are prime culprits. But some scientists wonder whether there could be other reasons for this staggering transformation of the American body. Antibiotics might be the X factor — or one of them.

(...)

... scientists are racing to take a census of the bugs in the human gut and — even more difficult — to figure out what effects they have on us. What if we could identify which species minimize the risk of diabetes, or confer protection against obesity? And what if we could figure out how to protect these crucial bacteria from antibiotics, or replace them after they’re killed off?

The results could represent an entirely new pharmacopoeia, drugs beyond our wildest dreams: Think of them as “anti-antibiotics.” Instead of destroying bugs, these new medicines would implant creatures inside us, like more sophisticated probiotics.

#antibiotiques #expériences #obésité #Etats-Unis #microbiote

Le ventre, notre deuxième #cerveau | ARTE+7
▻http://www.arte.tv/guide/fr/048696-000/le-ventre-notre-deuxieme-cerveau?autoplay=1

Notre ventre contient 200 millions de neurones qui veillent à notre digestion et échangent avec notre cerveau. Les chercheurs commencent à peine à décrypter cette conversation secrète. L’uploading de notre conscience s’éloigne chaque jour un peu plus... car elle se révèle chaque jour un peu plus incarnée. Tags : internetactu internetactu2net fing cerveau #cognition

Actualité > Bien s’alimenter pour soigner sa flore intestinale
▻http://www.futura-sciences.com/magazines/sante/infos/actu/d/biologie-bien-alimenter-soigner-flore-intestinale-50906

Le microbiote digestif est un acteur incontestable de la santé. Dans une nouvelle étude, des chercheurs montrent que le régime alimentaire peut modifier très rapidement sa composition chez l’Homme. Cette découverte pourrait conduire au développement de thérapies basées sur l’alimentation pour soigner les pathologies influencées par les bactéries digestives.

http://fr.cdn.v5.futura-sciences.com/builds/images/combined/7/78695452441d05365e616b17859015d5-align-second-bottom-right.png

Ces dernières années, la littérature scientifique n’a cessé de démontrer le rôle décisif des bactéries intestinales sur la santé. Tour à tour, les études ont mis en lumière leur influence sur le développement de diverses maladies comme l’obésité, le diabète de type 2, la dépression et même… l’autisme, chez la souris en tout cas. Les probiotiques pourraient d’ailleurs représenter un moyen de traitement efficace contre certaines de ces pathologies.

En peu de temps, les microbes digestifs sont donc passés de simples locataires du tube digestif à des acteurs incontestables de la physiologie humaine et animale. Et il y a tout à parier que les chercheurs n’ont pas encore totalement éclairci tous leurs mystères. On en croirait presque que c’est eux qui possèdent le contrôle du corps et non l’inverse !......

#santé
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#nutrition
#diabète