coviiid/coviiid.github.io : graph for réa and dc, with maybe réa as a predictor of dc

TAC nous informe sur le stock de réas, en gros stable juste sous les 4000 depuis le 11 jan. ; pour le flux réa, « l’inversion de la courbe » c’était le 8 jan.

https://files.slack.com/files-pri/TSJDKS71D-F02UJUBEM2S/screenshot_20220119-222920.png?pub_secret=7feb8d7ecf

et cadeau, ptet empoisonné, une projection à 2 semaines en rallongeant les régresseur du jour :

https://files.slack.com/files-pri/TSJDKS71D-F0301DHTL1E/image.png?pub_secret=33cbf8d82d

mon job GitHub attend depuis 4h

▻https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/runs/2186165979?check_suite_focus=true

en attendant, dans le 94, ils ont pris cher, plus que les autres en IDF :

https://coviiid.github.io/s02/94.png

ah, c’est sorti, sans doute vers 23h, avec ce communiqué :

COVID-19 : chiffres clés et évolution – Santé publique France
►https://www.santepubliquefrance.fr/dossiers/coronavirus-covid-19/coronavirus-chiffres-cles-et-evolution-de-la-covid-19-en-france-

Information : suite à l’incident survenu hier sur le flux des données n’ayant pu être intégrées dans la base SI-DEP transmise à Santé publique France, le nombre total de cas confirmés publié ce jour est à la hausse car il intègre le rattrapage des données de la veille. Il n’est donc pas à interpréter comme une augmentation exponentielle du nombre de cas quotidiens bien qu’une tendance générale à la hausse soit néanmoins constatée. Cet incident n’a pas d’impact sur les indicateurs consolidés à J-3 disponibles sur la plateforme Géodes. Les 65 373 cas positifs sont des résultats de tests positifs en date de lundi 22/03 (37 572) ou mardi 23/03 (24 882) ou des jours précédents.

résultats, là ▻https://seenthis.net/messages/908059

▻https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/runs/2150194632?check_suite_focus=true

ça fait 4h qu’il attend :-)

►https://www.santepubliquefrance.fr/presse/2021/absence-exceptionnelle-de-publication-des-indicateurs

Suite à des incidents techniques détectés ce jour dans la chaine de remontée de données vers Santé publique France, les indicateurs épidémiologiques quotidiens ne peuvent être produits aujourd’hui.
Mis à jour le 19 mars 2021

Contacts presse

Santé publique France
presse@santepubliquefrance.fr
Vanessa Lemoine : 01 55 12 53 36
Marie Delibéros : 01 41 79 69 61
Stéphanie Champion : 01 41 79 67 48
Cynthia Bessarion : 01 71 80 15 66
Charlène Charbuy : 01 41 79 68 64

Ces incidents concernent les données issues des systèmes d’information Sidep et Vaccin Covid.

Concernant Sidep, des écarts ont été constatés entre les données reçues par Santé Publique France ce jour et celles observées dans les territoires notamment en lien avec ses cellules régionales. Les indicateurs issus de la base Vaccin Covid, quant à eux, n’ont pas pu être produits en raison d’une indisponibilité des données.

L’Agence a donc pris la décision de ne pas publier ces indicateurs.

Depuis le début de l’épidémie, grâce à un large réseau d’acteurs sur le terrain et de systèmes d’information construits dans des conditions exceptionnelles, les équipes de Santé publique France sont mobilisées pour assurer ses missions en termes de cohérence du système de surveillance, de recueil et d’analyse des données en temps réel, et de mise à disposition de tous d’une information expertisée et de référence.

L’Agence en a fait une priorité, ce qui se traduit par la publication quotidienne de plus de 140 indicateurs permettant de suivre la dynamique de l’épidémie.

Cette priorité s’accompagne d’une responsabilité : fournir des données vérifiées, consolidées et fiables. Cela implique aujourd’hui de communiquer en transparence sur cet incident ponctuel sur lequel l’Agence, en lien avec tous les acteurs concernés, est pleinement mobilisée.

Des investigations sont en cours avec l’ensemble de ces acteurs impliqués dans la chaine de production des données dans l’objectif de les rétablir dans les meilleurs délais.

Nous remercions chacun de ceux qui utilisent quotidiennement ces indicateurs de leur compréhension.

Nice Metz Marseille Paris

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/8230f3a/s02/06.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/8230f3a/s02/57.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/8230f3a/s02/13.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/8230f3a/s02/75.png

▻http://coviiid.free.fr?06,57,13,75,83,76,62,59,pc,gc

En fait, ça repart comme l’année dernière, avec des foyers épidémiques qui flambent, comme Dankerque ou Nice.

A Troyes ça repart fort et là ça y est premier cluster dans ma boite, avec le variant anglais à priori. Les deux tiers des effectifs sont en télétravail depuis octobre, ceux qui viennent ( choix perso ) c’est port du masque obligatoire et 2 max par bureaux.
Y a 10 jours une employée chope le virus anglais par la nounou de sa fille. Elle avait invité 2 collègues à manger le week-end d’avant, une des 2 est testée positive lundi, et hier 2 nouveaux cas positifs, plus 3 autres suspects dans la boîte.
On fait scrupuleusement respecter les consignes Covid mais ça n’a pas suffi
Inquiétant pour la suite, car les 2 premières vagues on avait été indemnes.
Y a peut-être eu un relâchement lors des pauses café (à confirmer) mais clairement avec les écoles au retour des vacances ça va être la berezina
A suivre..

Cela fait un an que le virus tourne, et pleins de gens en leur for intérieur sont persuadés que le virus n’existe pas vraiment. Pas de masque, masque sous le nez, dès qu’on est en privé, retrait du masque. Dans les bureaux, pareil, et parfois même, c’est l’autorité qui montre le contre-exemple, comme ce prof’ qui ne porte pas le masque, ou le patron qui l’interdit, tout simplement, « parce qu’on ne peut pas travailler si on ne voit pas l’autre ».
Et donc, cette prochaine vague, elle va passer. Et ceux qui se croyaient invulnérables et regardaient les gens stressés avec mépris/méchanceté/pitié, parce que les gens stressés, ça stresse pour rien, vont se le prendre dans la figure... et pouvoir découvrir les joies du covid-long. Ou pas. Parce que dans la majorité des cas, ça passe sans dégâts... et hélas, dans ces cas là, ces gens deviennent encore plus odieux, car si eux l’ont eu sans dégâts, c’est que les autres qui font les chochottes sont des perdants.
Je crois que je vire intolérant avec une large frange de l’humanité.

J’avais observé la même chose quand je co-gérais un forum de chômistes  : les gens sont d’autant plus odieux qu’ils sont convaincus que ceux qui sont touchés, c’est parce qu’ils le veulent bien ou sont des feignants et donc, eux, les bosseurs, ont toute autorité pour asséner leur vérité et leurs jugement de valeur.
Et puis un jour, ils sont rattrapés et là, ils gémissent  : « Pourquoi moi  ? C’est trop injuste. Je ne mérite pas ça… ».
Mais il faut vraiment qu’ils arrivent à la case RSA pour comprendre.

Et encore.

côté incidence, il n’y a plus que 4 métropoles qui ne soient pas en croissance (sur les 7 derniers jours) : Dijon, Tours, Nice et Montpellier. Aux deux extrémités du territoire, Brest et Strasbourg sont maintenant en (faible) croissance). Marseille et Toulon sont encore loin de Nice, mais la régularité de la hausse est impressionnante… Un peu derrière, Auvergne-Rhône-Alpes est à la hausse dans ses 4 métropoles.

https://dl.dropbox.com/s/4e8x43xbx6lgrxr/20210124_SPF_incidence1.png https://dl.dropbox.com/s/7ib7qco6wtld7wm/20210124_SPF_incidence2.png

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/32cc6e6/fig/met.png

les protégés des dieux du coviiid (grigris ou pas) :

le 21 et le 06 sont quand même bien au dessus de leur niveau de bruit ;
le 37 est quand même bien orienté à la hausse, x2 en 10j sur dc et 7j sur réa.

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/32cc6e6/s02/21.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/32cc6e6/s02/37.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/32cc6e6/s02/06.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/32cc6e6/s02/34.png

Nous en présentons une sélection, qui dessine une photo très disparate de la situation dans l’Hexagone. Avec les mesures de contrôle déjà mises en oeuvre, l’augmentation de la concentration virale dans les eaux usées semble stoppée dans plusieurs agglomérations. Mais les quantités de génomes viraux retrouvées se maintiennent à un niveau élevé : « C’est inquiétant, car cela signifie que les hôpitaux vont continuer à se remplir », analyse le Pr Maréchal, une tension qui pourrait encore s’accroître avec l’émergence de nouveaux variants. Par ailleurs, plusieurs points de vigilance existent là où les concentrations en virus ont recommencé à s’inscrire à la hausse dans les derniers prélèvements, depuis les fêtes de fin d’année, comme à Marseille, Toulouse ou Dijon. Dans quelques zones en revanche, comme à Lille ou Strasbourg, la situation semble s’améliorer.

▻https://seenthis.net/messages/897435#message898159

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/32cc6e6/s02/59.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/32cc6e6/s02/67.png

Moyennes 7 jours :
– réa : plat
– dc : plat descendant /2 en 80j (vs 61 hier)

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/d5f1707b9cd7074b7fc8860df2615259816bf616/fig/met.png

les dc dans le 75 et dans le 73 sont bien orientés à la hausse et ont nettement explosé leurs niveau de bruit ; le 74 y arrive aussi.

▻http://coviiid.free.fr?75,73,74

De mon côté, je maintiens toujours ma courbe sur 21 jours :

https://i.imgur.com/qehJycc.jpg

Jusque là, c’était très « plat », avec une pente toujours légèrement baissière. Depuis deux jours, l’équation de la pente sur 3 semaines est (très légèrement) positive (à la hausse donc).

on a pas les mêmes pentes, mais c’est normal, je fais les régressions sur les [tronçons des] moyennes 7 jours glissants :-)

Moyennes 7 jours glissants : plat et/ou légère descente dc

– réa : plat
– dc : plat ou descente à /2 en 61 jours (selon comment on regarde)

_

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/86d8ea9/fig/met.png

avec découpage du tronçon de régression sur dc :

https://files.slack.com/files-pri/TSJDKS71D-F01J54J4R8B/image.png?pub_secret=991e7deec1

moyennes 7 jours glissants : plat

– réa : peut-être légèrement faux-plat montant
– dc : peut-être légèrement faux-plat descendant

cohérent avec Lavielle : ▻https://seenthis.net/messages/894350

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/3893667/fig/met.png

moyennes 7 jours : plat ; peut être une légère descente sur dc

mais, faut attendre lundi et mardi, sortie d’un long w.e. férié

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/0d41b1f/fig/met.png

dans le détail et si on zoome :
– dc : passe de 260 et 250 morts/j sur les 5 jours après Nöel (du 27 au 31)
– réa : stagne entre 160 et 170 admis/j depuis un peu avant Noël (du 22 au 31)
– dc : monte un poil du 23 au 27 décembre (x2 en 72 jours) et redescend un chouille jusqu’au 31 (/2 en 50 jours)

pour dc : la descente avant Noël est plutôt à /2 en 51 jours (si on coupe le tronçon un jour plus court) ; je pousse une mise à jour pour demain.

https://files.slack.com/files-pri/TSJDKS71D-F01HQ61TFKQ/image.png?pub_secret=29e0e48d9a https://files.slack.com/files-pri/TSJDKS71D-F01JLQ9A49W/image.png?pub_secret=ffae91e2da

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/c5f9d12be1b3681ea0e319e35962dca2b51d97ab/fig/met.png

réa : la moyenne 7 jours s’applatit à nouveau : x2 en 53, puis 60, puis 90 jours

moyennes 7 jours : j’ai coupé en deux les tronçons de régressions

pour métropole :
– réa : passe de « plat » à « légère croissance » (x2 en 50 jours)
– dc : passe de « légère descente » à « faux-plat montant » (x2 en plus de 90 jours)

la moyenne 7 jours glissants centrée, pour le tronçon du 21 au 25 décembre, est entre 250-260 morts/j

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/5f43367/fig/met.png

les dc semblent repartir à la hausse pour petite couronne (donc idf), 69, 76 (juste au raz du niveau de bruit), Marne, Meuse, Jura (grosse hausse) et 68 ; et les réa repartent fort à la hausse dans le 13 :

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/5f43367/s02/pc.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/5f43367/s02/69.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/5f43367/s02/76.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/5f43367/s02/68.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/5f43367/s02/39.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/5f43367/s02/13.png

moyennes 7 jours pour métropole :
– dc : ça commence à rebiquer à la hausse au national
– réa : toujours à plat - vers 170 admissions/j

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/27bbb41/fig/met.png

les endroits où dc remonte franchement : Nord, Grande couronne, Meurthe-et-Moselle, Marne, Meuse ; le 75 à stoppé net sa descente depuis 3 jours

▻http://coviiid.free.fr?59,gc,54,55,51,75,met

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/27bbb41/s02/59.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/27bbb41/s02/gc.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/27bbb41/s02/54.png https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/27bbb41/s02/75.png

moyennes 7 jours glissants :
– dc : descente de moins en moins rapide, /2 en 51 jours
– réa : poursuite du calme plat

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/cf36abe/fig/met.png

moyennes 7 jours glissants (centrées) :
– réa : toujours bien sage, à plat ventre
– dc : /2 en 44 jours - on se rapproche du /2 en 48 jours @simplicissimus )

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/21075e6/fig/met.png

moyennes 7 jours glissants centrées :
les courbes sont maintenant « en phase » avec les données brutes ; le "retard" de 3 jours introduit par la fenêtre de moyennage est "gommé" et on "perd" 3 jours en bout de courbe ; pour les amateurs de python-pandas : ▻https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/commit/68922ee9a

moyennes 7 jours pour métropole :
– réa : toujours calme plat (un peu moins de 170 admissions/j)
– dc : aplatit un peu sa descente, /2 en 44 jours (40 hier, 42 avant hier)

la moyenne pour dc est passée de 280 en début de semaine à 260

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/15a8a5e/fig/met.png

les moyennes 7 jours glissants : réa toujours plat vers 170 admissions / jour, et la descente dc passe à /2 en 40 jours - contre 42 hier.

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/b6dab30/fig/met.png

avec pas mal de retard, les chiffres de décès de la covid en EHPAD : 355 décès en 3 jours
après 483, en 4 jours ; un nombre stable autour de 120 décès par jour.

https://dl.dropbox.com/s/hilgls27450pqgo/20201218_SPF_EHPAD.png

Comme l’indique @colporteur ailleurs, depuis plus de 10 jours on est sur une base stable de 400 décès (260 hôpital + 120 EHPAD) quotidiens, pour un nombre habituellement – ie hors covid – tournant autour de 1600-1700 décès par jour. Soit 25 % de surmortalité.

Pas grave, c’est des vieux ; la diminution de l’espérance de vie plus que probable ne devrait donc qu’être assez limitée. Sauf à ce que la perte de chance ait été très importante pour la population générale.

Entre le 3 et le 17 décembre, on a recensé 5479 décès (hôpital + Ehpad), soit en moyenne 391 par jour, @Panda31808732
▻https://twitter.com/Panda31808732/status/1339695270016258048

La #mortalité a un peu décliné, mais reste à un niveau très élevé. Ces deux dernières semaines, entre le 3 et le 17 décembre, on a recensé 5479 décès (hôpital + Ehpad), soit en moyenne 391 par jour.

La #deuxième_vague est déjà aussi meurtrière et elle n’est pas du tout terminée.

https://pbs.twimg.com/media/EpeNZTXXMAENIHL?format=jpg&name=900x900#.jpeg

Plateau déclinant aussi pour les décès en #Ehpad. Depuis le pic il y a 1 mois, le nombre de décès n’a même pas été divisé par 2…

https://pbs.twimg.com/media/EpeN1xlXMAgeiy4?format=jpg&name=large#.jpeg

L’excès de mortalité Insee avec les données de vendredi dernier (prochaine actualisation demain).

https://pbs.twimg.com/media/Eo9uI6MWMAIXAwP?format=jpg&name=medium#.jpeg

#covid-19 #plateau

les moyennes 7 jours sur dc et réa, avec nouveau découpage des tronçons de régression « exponentielles » ; pour essayer de faire apparaître une descende dc : ça ferait du /2 en 42 jours

la réponse, c’est 42 :-) mais c’est une régression sur 4 valeurs...

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/a143c7a/fig/met.png

en gros, en regardant les graphiques postés par @colporteur , les morts ehpad (ceux pas morts à l’hôpital, merci SPF...) ça fait entre +90 et +100 sur la moyenne hospi ?

Oui, sur les Ehpad, c’est l’ordre de grandeur actuel. Avec des signes/hypothèses de hausse de cette quantité.
Encore n’avons nous que peu de données sur les morts à domicile (vu quelques échanges de « pro » qui restent non concluants sur ce sujet), un phénomène qui pourrait être en hausse avec des hospitalisations à domicile plus nombreuses (encore que ça ça doit être compté quelque part, j’imagine...)

y a la colonne « lieu de décès » (LIEUDEC2) dans les donnée insee détaillées ; ça donne une idée :

"HopCli" = "hôpital ou clinique privée"
"HosMar" = "hospice ou maison de retraite ou EHPAD"
"Logem" = "logement"
"Autres" = "voie publique ou autre"
"Non renseigne" = "lieu de décès absent du bulletin de décès"

Les décès depuis début mars :

https://i.imgur.com/XybuN1j.jpg

Je suis vraiment sidéré par la très faible pente qu’on a actuellement. Il va falloir combien de temps, à ce rythme, pour redescendre ne serait-ce que sous les 100 morts par jour (hors Ehpad) ? Comment ça colle avec l’affirmation selon laquelle ce coup-ci on serait les champions du monde du R_0 ? Et comment on accepte de se contenter de ça ?

ce qui est sûr c’est que les décès ne baissent pas vraiment. On peut toujours se dire que c’est le bout de la chaîne et qu’il y a un retard par rapport à la propagation. Mais le stock d’hospitalisations, un peu plus en amont dans la chaîne ne baisse pas non plus.

Pour suivre la propagation, il faudrait suivre les contaminations (cas déclarés) ce que je ne fais pas car trop sujettes au changement de procédures (types de test, stratégies de test, disponibilité des tests, etc.).

Mais il semble bien qu’on « allège » alors que rien ne le justifie vraiment. Et toujours avec les mêmes acrobaties entre acceptabilité, laïcité et tout le toutim… (24/12, no prob, 31/12, no way)

les moyennes 7 jours sont toujours à plat, depuis 2 semaines ; on voit bien une très légère pente descendante, mais le temps de /2 reste >90 jours, aussi bien pour réa que pour dc.

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/01e67f5/fig/met.png

En Lorraine ça reprend sur dc : ▻http://coviiid.free.fr?54,57,88,met

une sélection de départements où les dc remontent :
▻http://coviiid.free.fr?met,78,57,67,90,88,68,54,gc

pour la métropole, toujours le calme plat sur les moyennes 7 jours réa et dc, malgré un joli pic de retour de w.e. sur dc

https://github.com/coviiid/coviiid.github.io/raw/bf07dd5/fig/met.png